Moleculaire profilering bij prostaatkanker (ProProstate)

Deze studie omvat in formaline gefixeerd, in paraffine ingebed tumorweefsel (FFPE) van 250 patiënten met gemetastaseerde, recidiverende, lokaal gevorderde of "intermediate of high risk" (Gleason >7), operabele prostaatkanker. FFPE-tumorblokkades naast perifeer bloed zullen voor alle patiënten worden opgehaald uit Pathologie Laboratoria. Beschikbare FFPE-blokken zullen worden onderworpen aan histologische beoordeling door een ervaren patholoog om H&E-secties te evalueren voor bevestiging van diagnose, histologisch type, graad en tumorcelinhoud (TCC%), evenals het markeren van tumordichte gebieden voor handmatige macro-dissectie, voorafgaand aan DNA-extractie, om monsters te verrijken voor tumor-DNA. Klinisch-pathologische kenmerken van patiënten met prostaatkanker zullen worden opgehaald uit hun respectieve medische dossiers. De diagnose zal worden bevestigd door middel van pathologierapporten, die ook informatie zullen geven over de Gleason-score en het histologische subtype.

In alle gevallen zal het verzamelen van patiënteninformatie in overeenstemming zijn met de voorschriften van de bio-ethische commissies van de deelnemende ziekenhuizen. Het onderzoek zal worden uitgevoerd in overeenstemming met de principes van de Verklaring van de Rechten van de Mens van Helsinki.

Na handmatige macrodissectie wordt FFPE-tumorweefselmateriaal verwerkt voor DNA-extractie, volgens standaardprocedures met de QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Duitsland).

Sequentiebepaling zal worden uitgevoerd in het Laboratorium voor Moleculaire Oncologie, met behulp van een Ion Torrent Proton Sequencer (Life Technologies/Ion Torrent). Met het oog op gerichte NGS-genotypering van tumor- en beschikbare gematchte kiemlijn-DNA-monsters, hebben we een aangepast Ampliseq-panel ontworpen om zich te richten op de codering van relevante regio's van genen die betrokken zijn bij homologe recombinatie (HR), samen met verschillende andere.

Het ophalen van gegevens en het bellen naar de basis worden uitgevoerd op de Torrent-server (v5.8.0.8). Daarom zullen we dan de juiste Ion Reporter-workflows (versie 5.10) gebruiken om automatisch enkele nucleotidevarianten (SNV's), meerdere nucleotidevarianten (MNV's), kleine inserties/deleties (INDEL's) en kopienummervariaties (CNV's) te annoteren.