メチル化、マイクロバイオーム、栄養状態、および発育不全の子供の発達 (MINUTES)
2024年7月2日 更新者：Dr.Umi Fahmida、SEAMEO Regional Centre for Food and Nutrition
Covid-19パンデミック中に育った発育不全および発育不全の子供のDNAメチル化、マイクロバイオームプロファイル、栄養状態、および発達転帰：症例対照研究
調査官は、インドネシアの西ヌサテンガラにあるロンボクティムールの 2 歳未満の子供を対象に症例対照研究を実施します。
コホート研究では、エピジェネティック マーカーの変化を検出するために必要な検出力が十分でない可能性があります。
したがって、発育不全の子供と発育不全の子供の特定のケースコントロールデザインは、コホート研究のターゲットシーケンスを通じてさらに調査される潜在的なエピジェネティックマーカーを検出するために必要な力を提供します.
合計 150 人の発育阻害の子供が募集され、発育不全でない同性の 150 人の子供とマッチングされます。
これらの研究対象の評価には、1) 子供の遺伝的およびエピジェネティックなプロファイル、腸内微生物叢および栄養状態 (身体的要素)、2) 食料安全保障、水、衛生および衛生 (WASH) および乳幼児の摂食 ( IYCF) 実践 (ホームフード コンポーネント)、3) 子供の心理社会的ケアと認知的アウトカム (認知コンポーネント)。
調査の概要
詳細な説明
この研究は、Action Against Stunting Hub の一部です。これは、インド、インドネシア、セネガルの 3 か国におけるさまざまな視点からの発育阻害の要因の調査に基づいて証拠を構築し、さまざまな介入の影響を理解することを目的とした観察コホート研究です。
この研究は、インドネシアのヌサテンガラ州ロンボクティムールで Covid-19 パンデミックの期間中に成長する 2 歳未満の子供の発育阻害とその決定要因の概要を示すことを目的としています。
エピジェネティック マーカーの変化を検出するために必要な検出力は、コホート研究では十分ではない可能性があるため、発育不全の子供と発育不全でない子供のこの特定のケース コントロール デザインは、潜在的なエピジェネティック マーカーを検出するために必要な検出力も提供します。コホート研究のターゲット シーケンス。
この最初の研究の結果は、発育阻害の相互作用および/または原因メカニズムを証明するための最適な指標を決定する際に、さらなる研究、特に観察コホート研究をサポートすると予測されています。
研究の種類
観察的
入学 (推定)
300
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究場所
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Jakarta、インドネシア、10430
- Seameo Recfon
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
1年～1年 (子)
健康ボランティアの受け入れ
はい
サンプリング方法
非確率サンプル
調査対象母集団
合計 150 人の発育阻害の子供 (ケース) が募集され、同性の発育不全でない 150 人の子供 (コントロール) と照合されます。
上映時間前、18.0～23.9歳のお子様のデータ
Posyandu からの月がリストされます。
フィールドチームは助産師と連携して、子供とその保護者にスクリーニングを受けるように通知します.
適格基準のスクリーニングは、18.0 ～ 23.9 歳のすべての子供に対して行われます。
前回の訪問に記載されている月。
子供の身長測定と資格基準のチェックリストは、訓練を受けた調査員によって審査時間中に行われます。
適格基準を満たした後、列挙者は性別に基づいて一致する子供を決定する必要があります。
説明
包含基準:
- 18.0～23.9ヶ月
- 深刻な病気のない
- 母親が 18 歳から 40 歳の間に子供を出産した
- (5) リクルート時の年齢と性別の WHO 児童成長基準の中央値から、横臥長が <-2SD (発育不全グループの場合) および >-1SD (発育不全グループの場合) である。
除外基準:
- 双子の誕生
- 先天性奇形
- 血族関係
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
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スタント（ケース）
ケースグループでは、発育不全の子供 (<-2SD) (n=150) が募集されます。
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発育阻害なし (コントロール)
対照群では、発育阻害のない子供 (>-1SD) (n=150) が募集されます。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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発育阻害に関連するエピジェネティックス シグネチャ
時間枠：入学時
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エピジェネティックな状態 (DNA メチル化) の分析は、Illumina Infinium Methylation EPIC V.2.0 BeadChip を使用して実行され、シーケンシング手法によって強化され、ゲノム全体のカバレッジと高解像度分析の両方を提供します。
エピジェネティックな状態は、遺伝子発現と全体的なゲノム調節を大規模に制御しており、この研究は、発育阻害に関与する候補のエピジェネティックな状態と、エピゲノム全体の関連性に関連する結果に焦点を当てます。
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入学時
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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子供の認知結果（心理学者による）
時間枠：入学時
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認知発達は、訓練を受けた心理学者による乳幼児発達の完全なベイリースケール（BSID-4）を使用して評価されます。 BSID-4 は次のもので構成されています。認知スケール (COG)。言語尺度（LANG）、および運動尺度（MOT）。 各尺度の標準スコア (SS) の範囲は 40 ～ 160 で、スコアが高いほど良いことを意味します。 |
入学時
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子供の認知結果（介護者が報告）
時間枠：入学時
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認知発達は、介護者が報告したツール、すなわち訓練された列挙者によるINTERGROWTH-21st神経発達評価INTER-NDAを使用して評価されます。 INTER-NDA は次のもので構成されています。微細運動;総運動量;言語;ポジティブな行動;否定的な行動。 各スケールのスコアの範囲は 0 ～ 100 で、スコアが高いほど良いことを意味します。 |
入学時
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腸内微生物叢
時間枠：入学時
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糞便マイクロバイオームは、Illumina MiSeq プラットフォーム上の V4 領域の 16S RNA シーケンスを使用して分析されます。
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入学時
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
捜査官
- 主任研究者：Umi Fahmida, Dr.、Seameo Recfon
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Walker SP, Chang SM, Powell CA, Simonoff E, Grantham-McGregor SM. Early childhood stunting is associated with poor psychological functioning in late adolescence and effects are reduced by psychosocial stimulation. J Nutr. 2007 Nov;137(11):2464-9. doi: 10.1093/jn/137.11.2464.
- Hoddinott J, Behrman JR, Maluccio JA, Melgar P, Quisumbing AR, Ramirez-Zea M, Stein AD, Yount KM, Martorell R. Adult consequences of growth failure in early childhood. Am J Clin Nutr. 2013 Nov;98(5):1170-8. doi: 10.3945/ajcn.113.064584. Epub 2013 Sep 4.
- Olofin I, McDonald CM, Ezzati M, Flaxman S, Black RE, Fawzi WW, Caulfield LE, Danaei G; Nutrition Impact Model Study (anthropometry cohort pooling). Associations of suboptimal growth with all-cause and cause-specific mortality in children under five years: a pooled analysis of ten prospective studies. PLoS One. 2013 May 29;8(5):e64636. doi: 10.1371/journal.pone.0064636. Print 2013.
- Sudfeld CR, McCoy DC, Danaei G, Fink G, Ezzati M, Andrews KG, Fawzi WW. Linear growth and child development in low- and middle-income countries: a meta-analysis. Pediatrics. 2015 May;135(5):e1266-75. doi: 10.1542/peds.2014-3111. Epub 2015 Apr 6.
- Cryan JF, Dinan TG. Mind-altering microorganisms: the impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Nat Rev Neurosci. 2012 Oct;13(10):701-12. doi: 10.1038/nrn3346. Epub 2012 Sep 12.
- Stephenson LS, Latham MC, Ottesen EA. Malnutrition and parasitic helminth infections. Parasitology. 2000;121 Suppl:S23-38. doi: 10.1017/s0031182000006491.
- Haggarty P, Hoad G, Campbell DM, Horgan GW, Piyathilake C, McNeill G. Folate in pregnancy and imprinted gene and repeat element methylation in the offspring. Am J Clin Nutr. 2013 Jan;97(1):94-9. doi: 10.3945/ajcn.112.042572. Epub 2012 Nov 14.
- Masser DR, Stanford DR, Freeman WM. Targeted DNA methylation analysis by next-generation sequencing. J Vis Exp. 2015 Feb 24;(96):52488. doi: 10.3791/52488.
- MAL-ED Network Investigators. Childhood stunting in relation to the pre- and postnatal environment during the first 2 years of life: The MAL-ED longitudinal birth cohort study. PLoS Med. 2017 Oct 25;14(10):e1002408. doi: 10.1371/journal.pmed.1002408. eCollection 2017 Oct.
- Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, Nielsen T, Pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, Cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage P, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le Paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, Pelletier E, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Turner K, Zhu H, Yu C, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, Pedersen O, Parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT Consortium; Bork P, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010 Mar 4;464(7285):59-65. doi: 10.1038/nature08821.
- Aguilar-Farias N, Toledo-Vargas M, Miranda-Marquez S, Cortinez-O'Ryan A, Cristi-Montero C, Rodriguez-Rodriguez F, Martino-Fuentealba P, Okely AD, Del Pozo Cruz B. Sociodemographic Predictors of Changes in Physical Activity, Screen Time, and Sleep among Toddlers and Preschoolers in Chile during the COVID-19 Pandemic. Int J Environ Res Public Health. 2020 Dec 29;18(1):176. doi: 10.3390/ijerph18010176.
- Ansari I, Raddatz G, Gutekunst J, Ridnik M, Cohen D, Abu-Remaileh M, Tuganbaev T, Shapiro H, Pikarsky E, Elinav E, Lyko F, Bergman Y. The microbiota programs DNA methylation to control intestinal homeostasis and inflammation. Nat Microbiol. 2020 Apr;5(4):610-619. doi: 10.1038/s41564-019-0659-3. Epub 2020 Feb 3.
- Bosso M, Thanaraj TA, Abu-Farha M, Alanbaei M, Abubaker J, Al-Mulla F. The Two Faces of ACE2: The Role of ACE2 Receptor and Its Polymorphisms in Hypertension and COVID-19. Mol Ther Methods Clin Dev. 2020 Jun 25;18:321-327. doi: 10.1016/j.omtm.2020.06.017. eCollection 2020 Sep 11.
- Burchill E, Lymberopoulos E, Menozzi E, Budhdeo S, McIlroy JR, Macnaughtan J, Sharma N. The Unique Impact of COVID-19 on Human Gut Microbiome Research. Front Med (Lausanne). 2021 Mar 16;8:652464. doi: 10.3389/fmed.2021.652464. eCollection 2021.
- Campagna MP, Xavier A, Lechner-Scott J, Maltby V, Scott RJ, Butzkueven H, Jokubaitis VG, Lea RA. Epigenome-wide association studies: current knowledge, strategies and recommendations. Clin Epigenetics. 2021 Dec 4;13(1):214. doi: 10.1186/s13148-021-01200-8.
- Carroll N, Sadowski A, Laila A, Hruska V, Nixon M, Ma DWL, Haines J, On Behalf Of The Guelph Family Health Study. The Impact of COVID-19 on Health Behavior, Stress, Financial and Food Security among Middle to High Income Canadian Families with Young Children. Nutrients. 2020 Aug 7;12(8):2352. doi: 10.3390/nu12082352.
- Development Initiatives (2018). 2018 Global Nutrition Report: Shining a light to spur action on nutrition. Bristol, UK: Development Initiatives.
- Development Initiatives Poverty Research. 2020. 2020 Global Nutrition Report: Action on equity to end malnutrition. Bristol, UK: Development Initiatives.
- Haggarty, P., K. Harrison and Haggarty (2017). Population Epigenetics, Springer.
- Hannon E, Schendel D, Ladd-Acosta C, Grove J, Hansen CS, Hougaard DM, Bresnahan M, Mors O, Hollegaard MV, Baekvad-Hansen M, Hornig M, Mortensen PB, Borglum AD, Werge T, Pedersen MG, Nordentoft M; iPSYCH-Broad ASD Group; Buxbaum JD, Daniele Fallin M, Bybjerg-Grauholm J, Reichenberg A, Mill J. Variable DNA methylation in neonates mediates the association between prenatal smoking and birth weight. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2019 Apr 15;374(1770):20180120. doi: 10.1098/rstb.2018.0120.
- Harpham T, Reichenheim M, Oser R, Thomas E, Hamid N, Jaswal S, Ludermir A, Aidoo M. Measuring mental health in a cost-effective manner. Health Policy Plan. 2003 Sep;18(3):344-9. doi: 10.1093/heapol/czg041.
- He J, Lu YP, Li J, Li TY, Chen X, Liang XJ, Chen WJ, Pi SN, Hocher B, Chen YP. Fetal But Not Maternal Angiotensin Converting Enzyme (ACE)-2 Gene Rs2074192 Polymorphism is Associated with Increased Risk of Being a Small For Gestational Age (SGA) Newborn. Kidney Blood Press Res. 2018;43(5):1596-1606. doi: 10.1159/000494449. Epub 2018 Oct 22.
- Huang M, Liu J, Liu K, Chen J, Wei Z, Feng Z, Wu Y, Fong M, Tian R, Wang B, Budjan C, Zhuang P, Wan G, Kong XJ. Microbiome-Specific Statistical Modeling Identifies Interplay Between Gastrointestinal Microbiome and Neurobehavioral Outcomes in Patients With Autism: A Case Control Study. Front Psychiatry. 2021 Oct 20;12:682454. doi: 10.3389/fpsyt.2021.682454. eCollection 2021.
- James P, Sajjadi S, Tomar AS, Saffari A, Fall CHD, Prentice AM, Shrestha S, Issarapu P, Yadav DK, Kaur L, Lillycrop K, Silver M, Chandak GR; EMPHASIS study group. Candidate genes linking maternal nutrient exposure to offspring health via DNA methylation: a review of existing evidence in humans with specific focus on one-carbon metabolism. Int J Epidemiol. 2018 Dec 1;47(6):1910-1937. doi: 10.1093/ije/dyy153.
- Littlejohn P, Finlay BB. When a pandemic and an epidemic collide: COVID-19, gut microbiota, and the double burden of malnutrition. BMC Med. 2021 Jan 28;19(1):31. doi: 10.1186/s12916-021-01910-z.
- Lima RS, Rocha LPC, Moreira PR. Genetic and epigenetic control of ACE2 expression and its possible role in COVID-19. Cell Biochem Funct. 2021 Aug;39(6):713-726. doi: 10.1002/cbf.3648. Epub 2021 Jun 1.
- Lozupone CA, Stombaugh J, Gonzalez A, Ackermann G, Wendel D, Vazquez-Baeza Y, Jansson JK, Gordon JI, Knight R. Meta-analyses of studies of the human microbiota. Genome Res. 2013 Oct;23(10):1704-14. doi: 10.1101/gr.151803.112. Epub 2013 Jul 16.
- Mansell G, Gorrie-Stone TJ, Bao Y, Kumari M, Schalkwyk LS, Mill J, Hannon E. Guidance for DNA methylation studies: statistical insights from the Illumina EPIC array. BMC Genomics. 2019 May 14;20(1):366. doi: 10.1186/s12864-019-5761-7.
- McArthur, BA., Browne, D., Tough, S., and Madigan, S. (2020). Trajectories of screen use during early childhood: Predictors and associated behavior and learning outcomes. Computers in Human Behavior 113: 106501.
- Miguel PM, Pereira LO, Silveira PP, Meaney MJ. Early environmental influences on the development of children's brain structure and function. Dev Med Child Neurol. 2019 Oct;61(10):1127-1133. doi: 10.1111/dmcn.14182. Epub 2019 Feb 11.
- Ministry of Health RI. 2021. Indonesia Nutritional Status Study 2021. (disseminated study through national event)
- Neumann, C., D. M. Harris and L. M. Rogers (2002). Contribution of animal source foods in improving diet quality and function in children in the developing world. Nutrition research 22(1-2): 193-220.
- Ngure FM, Reid BM, Humphrey JH, Mbuya MN, Pelto G, Stoltzfus RJ. Water, sanitation, and hygiene (WASH), environmental enteropathy, nutrition, and early child development: making the links. Ann N Y Acad Sci. 2014 Jan;1308:118-128. doi: 10.1111/nyas.12330.
- Noor N, Cardenas A, Rifas-Shiman SL, Pan H, Dreyfuss JM, Oken E, Hivert MF, James-Todd T, Patti ME, Isganaitis E. Association of Periconception Paternal Body Mass Index With Persistent Changes in DNA Methylation of Offspring in Childhood. JAMA Netw Open. 2019 Dec 2;2(12):e1916777. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2019.16777.
- Nwosu BU, Lee MM. Evaluation of short and tall stature in children. Am Fam Physician. 2008 Sep 1;78(5):597-604.
- Ozaltin E, Hill K, Subramanian SV. Association of maternal stature with offspring mortality, underweight, and stunting in low- to middle-income countries. JAMA. 2010 Apr 21;303(15):1507-16. doi: 10.1001/jama.2010.450.
- Rinninella E, Raoul P, Cintoni M, Franceschi F, Miggiano GAD, Gasbarrini A, Mele MC. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms. 2019 Jan 10;7(1):14. doi: 10.3390/microorganisms7010014.
- Riskesdas (2018). Departemen Kesehatan Republik Indonesia, Laporan Hasil Riset Kesehatan Dasar Indonesia (Riskesdas) 2018. Jakarta, Republic of Indonesia.
- Robertson RC, Manges AR, Finlay BB, Prendergast AJ. The Human Microbiome and Child Growth - First 1000 Days and Beyond. Trends Microbiol. 2019 Feb;27(2):131-147. doi: 10.1016/j.tim.2018.09.008. Epub 2018 Oct 24.
- Stewart CP, Iannotti L, Dewey KG, Michaelsen KF, Onyango AW. Contextualising complementary feeding in a broader framework for stunting prevention. Matern Child Nutr. 2013 Sep;9 Suppl 2(Suppl 2):27-45. doi: 10.1111/mcn.12088.
- Tian Y, Morris TJ, Webster AP, Yang Z, Beck S, Feber A, Teschendorff AE. ChAMP: updated methylation analysis pipeline for Illumina BeadChips. Bioinformatics. 2017 Dec 15;33(24):3982-3984. doi: 10.1093/bioinformatics/btx513.
- UNICEF. COVID-19 and Children in Indonesia.An Agenda for Action to Address Socio-Economic Challenges. 11 May 2020
- Williams AM, Suchdev PS. Assessing and Improving Childhood Nutrition and Growth Globally. Pediatr Clin North Am. 2017 Aug;64(4):755-768. doi: 10.1016/j.pcl.2017.03.001.
- Ye J, Wu W, Li Y, Li L. Influences of the Gut Microbiota on DNA Methylation and Histone Modification. Dig Dis Sci. 2017 May;62(5):1155-1164. doi: 10.1007/s10620-017-4538-6. Epub 2017 Mar 24.
- Yu G, Wang LG, Han Y, He QY. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS. 2012 May;16(5):284-7. doi: 10.1089/omi.2011.0118. Epub 2012 Mar 28.
- Zemrani B, Gehri M, Masserey E, Knob C, Pellaton R. A hidden side of the COVID-19 pandemic in children: the double burden of undernutrition and overnutrition. Int J Equity Health. 2021 Jan 22;20(1):44. doi: 10.1186/s12939-021-01390-w.
- Osendarp S, Akuoku JK, Black RE, Headey D, Ruel M, Scott N, Shekar M, Walker N, Flory A, Haddad L, Laborde D, Stegmuller A, Thomas M, Heidkamp R. The COVID-19 crisis will exacerbate maternal and child undernutrition and child mortality in low- and middle-income countries. Nat Food. 2021 Jul;2(7):476-484. doi: 10.1038/s43016-021-00319-4. Epub 2021 Jul 19.
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2023年4月5日
一次修了 (実際)
2023年12月31日
研究の完了 (推定)
2024年9月1日
試験登録日
最初に提出
2023年2月6日
QC基準を満たした最初の提出物
2023年3月9日
最初の投稿 (実際)
2023年3月22日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2024年7月3日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2024年7月2日
最終確認日
2024年7月1日
詳しくは
本研究に関する用語
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
いいえ
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
いいえ
米国FDA規制機器製品の研究
いいえ
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