Methylace, mikrobiom, nutriční stav a vývoj zakrnělých dětí (MINUTES)
2. července 2024 aktualizováno: Dr.Umi Fahmida, SEAMEO Regional Centre for Food and Nutrition
Methylace DNA, profil mikrobiomu, stav výživy a výsledky vývoje zakrnělých a nezakrnělých dětí vyrůstajících během pandemie Covid-19: případová kontrolní studie
Vyšetřovatelé provedou případovou kontrolní studii u dětí mladších dvou let v Lomboku Timur, West Nusa Tenggara, Indonésie.
Síla potřebná k detekci změn epigenetických markerů nemusí být v kohortové studii dostatečná.
Specifický návrh případové kontroly u zakrnělých vs. nezakrnělých dětí proto poskytne požadovanou sílu k detekci potenciálních epigenetických markerů, které budou dále zkoumány prostřednictvím cíleného sekvenování kohortové studie.
Celkem bude nabráno 150 zakrnělých dětí a poté bude spárováno se 150 nezakrnělými dětmi stejného pohlaví.
Hodnocení těchto studijních předmětů bude zahrnovat: 1) genetický a epigenetický profil dětí, střevní mikroflóru a stav výživy (fyzická složka), 2) potravinovou bezpečnost, vodu, sanitaci a hygienu (WASH) a výživu kojenců a malých dětí ( IYCF) praxe (složka Home-Food), 3) Dětská psychosociální péče a kognitivní výsledky (komponenta Cognition).
Přehled studie
Postavení
Aktivní, ne nábor
Podmínky
Detailní popis
Tato studie je součástí Action Against Stunting Hub, observační kohortové studie, jejímž cílem je vytvořit důkazy založené na zkoumání příčin zakrnění z různých perspektiv a pochopení dopadu různých intervencí ve třech zemích: Indii, Indonésii a Senegalu.
Tato studie má podat přehled o zakrnění a jeho determinantech u dětí mladších dvou let vyrůstajících v období pandemie Covid-19 na Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat, Indonésie.
Vzhledem k tomu, že síla potřebná k detekci změn v epigenetických markerech nemusí být v kohortové studii dostatečná, tento specifický případ-kontrolní design zakrnělých a nezakrnělých dětí také poskytne požadovanou sílu k detekci potenciálních epigenetických markerů, které budou dále zkoumány prostřednictvím cílené sekvenování kohortové studie.
Předpokládá se, že výsledky této počáteční studie podpoří další studii, zejména observační kohortovou studii, při určování nejvhodnějších ukazatelů k prokázání interakce a/nebo kauzálních mechanismů zakrnění.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
300
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
-
Jakarta, Indonésie, 10430
- Seameo Recfon
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
1 rok až 1 rok (Dítě)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ano
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Celkem bude nabráno 150 zakrnělých dětí (případ) a poté bude přiřazeno 150 nezakrnělých dětí (kontrola) stejného pohlaví.
Před časem promítání údaje o dětech ve věku 18,0-23,9
měsíce od Posyandu budou uvedeny.
Terénní tým bude koordinovat s porodními asistentkami, aby informovaly děti a jejich opatrovníka, aby byli vyšetřeni.
Screening kritérií způsobilosti bude proveden u všech dětí ve věku 18,0-23,9 let
měsíce, které byly uvedeny v předchozí návštěvě.
Měření délky pro děti a kontrolní seznam kritérií způsobilosti provedou během promítání vyškolení sčítači.
Po splnění kritérií způsobilosti musí sčítací komisaři určit shodné děti na základě jejich pohlaví.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- ve věku 18,0 - 23,9 měsíců
- bez vážných nemocí
- matka porodila děti ve věku 18-40 let
- má etnicitu Sasak, (5) délku vleže <-2SD (pro zakrnělou skupinu) a >-1SD (pro nezakrnělou skupinu) z mediánu WHO Child Growth Standards pro jejich věk a pohlaví při náboru.
Kritéria vyloučení:
- porod dvojčat
- vrozená vývojová vada
- příbuzenství
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
|---|
|
Zakrnělý (případ)
V případě skupiny budou přijaty zakrnělé děti (<-2SD) (n=150).
|
|
Nezakrnělý (kontrola)
V kontrolní skupině budou přijaty nezakrnělé děti (>-1SD) (n=150).
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Epigenetický podpis související se zakrněním
Časové okno: při zápisu
|
Analýza epigenetických stavů (DNA metylace) bude provedena pomocí Illumina Infinium Methylation EPIC V.2.0 BeadChip, rozšířeného o sekvenační metodiky, aby bylo zajištěno jak široké pokrytí genomu, tak analýza s vysokým rozlišením.
Epigenetický stav řídí genovou expresi a celkovou regulaci genomu ve velkém měřítku a studie se zaměří na kandidátské epigenetické stavy zapojené do zakrnění a jeho důsledků spolu s epigenomovou širokou asociací.
|
při zápisu
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Výsledky dětské kondice (od psychologů)
Časové okno: při zápisu
|
Kognitivní vývoj bude hodnocen pomocí úplných Bayleyových škál rozvoje kojenců a batolat (BSID-4) vyškolenými psychology. BSID-4 se skládá z: Cognitive Scale (COG); Jazyková škála (LANG) a motorická škála (MOT). Rozsah standardního skóre (SS) každé stupnice je 40-160, ve kterém vyšší skóre znamená lepší. |
při zápisu
|
|
Výsledky poznávání dítěte (nahlášeno pečovatelem)
Časové okno: při zápisu
|
Kognitivní vývoj bude posuzován pomocí nástroje vykazovaného poskytovatelem péče, tj. INTERGROWTH-21st Neurodevelopment assessment INTER-NDA vyškolenými sčítači. INTER-NDA se skládá z: Kognitivní; Dobrý motor; Hrubý motor; Jazyk; Pozitivní chování; Negativní chování. Rozsah skóre na každé škále je 0 - 100, ve kterém vyšší skóre znamená lepší. |
při zápisu
|
|
Střevní mikrobiom
Časové okno: při zápisu
|
Fekální mikrobiom by byl analyzován pomocí sekvenování 16S RNA oblasti V4 na platformě Illumina MiSeq
|
při zápisu
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Umi Fahmida, Dr., Seameo Recfon
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Walker SP, Chang SM, Powell CA, Simonoff E, Grantham-McGregor SM. Early childhood stunting is associated with poor psychological functioning in late adolescence and effects are reduced by psychosocial stimulation. J Nutr. 2007 Nov;137(11):2464-9. doi: 10.1093/jn/137.11.2464.
- Hoddinott J, Behrman JR, Maluccio JA, Melgar P, Quisumbing AR, Ramirez-Zea M, Stein AD, Yount KM, Martorell R. Adult consequences of growth failure in early childhood. Am J Clin Nutr. 2013 Nov;98(5):1170-8. doi: 10.3945/ajcn.113.064584. Epub 2013 Sep 4.
- Olofin I, McDonald CM, Ezzati M, Flaxman S, Black RE, Fawzi WW, Caulfield LE, Danaei G; Nutrition Impact Model Study (anthropometry cohort pooling). Associations of suboptimal growth with all-cause and cause-specific mortality in children under five years: a pooled analysis of ten prospective studies. PLoS One. 2013 May 29;8(5):e64636. doi: 10.1371/journal.pone.0064636. Print 2013.
- Sudfeld CR, McCoy DC, Danaei G, Fink G, Ezzati M, Andrews KG, Fawzi WW. Linear growth and child development in low- and middle-income countries: a meta-analysis. Pediatrics. 2015 May;135(5):e1266-75. doi: 10.1542/peds.2014-3111. Epub 2015 Apr 6.
- Cryan JF, Dinan TG. Mind-altering microorganisms: the impact of the gut microbiota on brain and behaviour. Nat Rev Neurosci. 2012 Oct;13(10):701-12. doi: 10.1038/nrn3346. Epub 2012 Sep 12.
- Stephenson LS, Latham MC, Ottesen EA. Malnutrition and parasitic helminth infections. Parasitology. 2000;121 Suppl:S23-38. doi: 10.1017/s0031182000006491.
- Haggarty P, Hoad G, Campbell DM, Horgan GW, Piyathilake C, McNeill G. Folate in pregnancy and imprinted gene and repeat element methylation in the offspring. Am J Clin Nutr. 2013 Jan;97(1):94-9. doi: 10.3945/ajcn.112.042572. Epub 2012 Nov 14.
- Masser DR, Stanford DR, Freeman WM. Targeted DNA methylation analysis by next-generation sequencing. J Vis Exp. 2015 Feb 24;(96):52488. doi: 10.3791/52488.
- MAL-ED Network Investigators. Childhood stunting in relation to the pre- and postnatal environment during the first 2 years of life: The MAL-ED longitudinal birth cohort study. PLoS Med. 2017 Oct 25;14(10):e1002408. doi: 10.1371/journal.pmed.1002408. eCollection 2017 Oct.
- Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, Nielsen T, Pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, Cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage P, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le Paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, Pelletier E, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Turner K, Zhu H, Yu C, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, Pedersen O, Parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT Consortium; Bork P, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010 Mar 4;464(7285):59-65. doi: 10.1038/nature08821.
- Aguilar-Farias N, Toledo-Vargas M, Miranda-Marquez S, Cortinez-O'Ryan A, Cristi-Montero C, Rodriguez-Rodriguez F, Martino-Fuentealba P, Okely AD, Del Pozo Cruz B. Sociodemographic Predictors of Changes in Physical Activity, Screen Time, and Sleep among Toddlers and Preschoolers in Chile during the COVID-19 Pandemic. Int J Environ Res Public Health. 2020 Dec 29;18(1):176. doi: 10.3390/ijerph18010176.
- Ansari I, Raddatz G, Gutekunst J, Ridnik M, Cohen D, Abu-Remaileh M, Tuganbaev T, Shapiro H, Pikarsky E, Elinav E, Lyko F, Bergman Y. The microbiota programs DNA methylation to control intestinal homeostasis and inflammation. Nat Microbiol. 2020 Apr;5(4):610-619. doi: 10.1038/s41564-019-0659-3. Epub 2020 Feb 3.
- Bosso M, Thanaraj TA, Abu-Farha M, Alanbaei M, Abubaker J, Al-Mulla F. The Two Faces of ACE2: The Role of ACE2 Receptor and Its Polymorphisms in Hypertension and COVID-19. Mol Ther Methods Clin Dev. 2020 Jun 25;18:321-327. doi: 10.1016/j.omtm.2020.06.017. eCollection 2020 Sep 11.
- Burchill E, Lymberopoulos E, Menozzi E, Budhdeo S, McIlroy JR, Macnaughtan J, Sharma N. The Unique Impact of COVID-19 on Human Gut Microbiome Research. Front Med (Lausanne). 2021 Mar 16;8:652464. doi: 10.3389/fmed.2021.652464. eCollection 2021.
- Campagna MP, Xavier A, Lechner-Scott J, Maltby V, Scott RJ, Butzkueven H, Jokubaitis VG, Lea RA. Epigenome-wide association studies: current knowledge, strategies and recommendations. Clin Epigenetics. 2021 Dec 4;13(1):214. doi: 10.1186/s13148-021-01200-8.
- Carroll N, Sadowski A, Laila A, Hruska V, Nixon M, Ma DWL, Haines J, On Behalf Of The Guelph Family Health Study. The Impact of COVID-19 on Health Behavior, Stress, Financial and Food Security among Middle to High Income Canadian Families with Young Children. Nutrients. 2020 Aug 7;12(8):2352. doi: 10.3390/nu12082352.
- Development Initiatives (2018). 2018 Global Nutrition Report: Shining a light to spur action on nutrition. Bristol, UK: Development Initiatives.
- Development Initiatives Poverty Research. 2020. 2020 Global Nutrition Report: Action on equity to end malnutrition. Bristol, UK: Development Initiatives.
- Haggarty, P., K. Harrison and Haggarty (2017). Population Epigenetics, Springer.
- Hannon E, Schendel D, Ladd-Acosta C, Grove J, Hansen CS, Hougaard DM, Bresnahan M, Mors O, Hollegaard MV, Baekvad-Hansen M, Hornig M, Mortensen PB, Borglum AD, Werge T, Pedersen MG, Nordentoft M; iPSYCH-Broad ASD Group; Buxbaum JD, Daniele Fallin M, Bybjerg-Grauholm J, Reichenberg A, Mill J. Variable DNA methylation in neonates mediates the association between prenatal smoking and birth weight. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2019 Apr 15;374(1770):20180120. doi: 10.1098/rstb.2018.0120.
- Harpham T, Reichenheim M, Oser R, Thomas E, Hamid N, Jaswal S, Ludermir A, Aidoo M. Measuring mental health in a cost-effective manner. Health Policy Plan. 2003 Sep;18(3):344-9. doi: 10.1093/heapol/czg041.
- He J, Lu YP, Li J, Li TY, Chen X, Liang XJ, Chen WJ, Pi SN, Hocher B, Chen YP. Fetal But Not Maternal Angiotensin Converting Enzyme (ACE)-2 Gene Rs2074192 Polymorphism is Associated with Increased Risk of Being a Small For Gestational Age (SGA) Newborn. Kidney Blood Press Res. 2018;43(5):1596-1606. doi: 10.1159/000494449. Epub 2018 Oct 22.
- Huang M, Liu J, Liu K, Chen J, Wei Z, Feng Z, Wu Y, Fong M, Tian R, Wang B, Budjan C, Zhuang P, Wan G, Kong XJ. Microbiome-Specific Statistical Modeling Identifies Interplay Between Gastrointestinal Microbiome and Neurobehavioral Outcomes in Patients With Autism: A Case Control Study. Front Psychiatry. 2021 Oct 20;12:682454. doi: 10.3389/fpsyt.2021.682454. eCollection 2021.
- James P, Sajjadi S, Tomar AS, Saffari A, Fall CHD, Prentice AM, Shrestha S, Issarapu P, Yadav DK, Kaur L, Lillycrop K, Silver M, Chandak GR; EMPHASIS study group. Candidate genes linking maternal nutrient exposure to offspring health via DNA methylation: a review of existing evidence in humans with specific focus on one-carbon metabolism. Int J Epidemiol. 2018 Dec 1;47(6):1910-1937. doi: 10.1093/ije/dyy153.
- Littlejohn P, Finlay BB. When a pandemic and an epidemic collide: COVID-19, gut microbiota, and the double burden of malnutrition. BMC Med. 2021 Jan 28;19(1):31. doi: 10.1186/s12916-021-01910-z.
- Lima RS, Rocha LPC, Moreira PR. Genetic and epigenetic control of ACE2 expression and its possible role in COVID-19. Cell Biochem Funct. 2021 Aug;39(6):713-726. doi: 10.1002/cbf.3648. Epub 2021 Jun 1.
- Lozupone CA, Stombaugh J, Gonzalez A, Ackermann G, Wendel D, Vazquez-Baeza Y, Jansson JK, Gordon JI, Knight R. Meta-analyses of studies of the human microbiota. Genome Res. 2013 Oct;23(10):1704-14. doi: 10.1101/gr.151803.112. Epub 2013 Jul 16.
- Mansell G, Gorrie-Stone TJ, Bao Y, Kumari M, Schalkwyk LS, Mill J, Hannon E. Guidance for DNA methylation studies: statistical insights from the Illumina EPIC array. BMC Genomics. 2019 May 14;20(1):366. doi: 10.1186/s12864-019-5761-7.
- McArthur, BA., Browne, D., Tough, S., and Madigan, S. (2020). Trajectories of screen use during early childhood: Predictors and associated behavior and learning outcomes. Computers in Human Behavior 113: 106501.
- Miguel PM, Pereira LO, Silveira PP, Meaney MJ. Early environmental influences on the development of children's brain structure and function. Dev Med Child Neurol. 2019 Oct;61(10):1127-1133. doi: 10.1111/dmcn.14182. Epub 2019 Feb 11.
- Ministry of Health RI. 2021. Indonesia Nutritional Status Study 2021. (disseminated study through national event)
- Neumann, C., D. M. Harris and L. M. Rogers (2002). Contribution of animal source foods in improving diet quality and function in children in the developing world. Nutrition research 22(1-2): 193-220.
- Ngure FM, Reid BM, Humphrey JH, Mbuya MN, Pelto G, Stoltzfus RJ. Water, sanitation, and hygiene (WASH), environmental enteropathy, nutrition, and early child development: making the links. Ann N Y Acad Sci. 2014 Jan;1308:118-128. doi: 10.1111/nyas.12330.
- Noor N, Cardenas A, Rifas-Shiman SL, Pan H, Dreyfuss JM, Oken E, Hivert MF, James-Todd T, Patti ME, Isganaitis E. Association of Periconception Paternal Body Mass Index With Persistent Changes in DNA Methylation of Offspring in Childhood. JAMA Netw Open. 2019 Dec 2;2(12):e1916777. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2019.16777.
- Nwosu BU, Lee MM. Evaluation of short and tall stature in children. Am Fam Physician. 2008 Sep 1;78(5):597-604.
- Ozaltin E, Hill K, Subramanian SV. Association of maternal stature with offspring mortality, underweight, and stunting in low- to middle-income countries. JAMA. 2010 Apr 21;303(15):1507-16. doi: 10.1001/jama.2010.450.
- Rinninella E, Raoul P, Cintoni M, Franceschi F, Miggiano GAD, Gasbarrini A, Mele MC. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms. 2019 Jan 10;7(1):14. doi: 10.3390/microorganisms7010014.
- Riskesdas (2018). Departemen Kesehatan Republik Indonesia, Laporan Hasil Riset Kesehatan Dasar Indonesia (Riskesdas) 2018. Jakarta, Republic of Indonesia.
- Robertson RC, Manges AR, Finlay BB, Prendergast AJ. The Human Microbiome and Child Growth - First 1000 Days and Beyond. Trends Microbiol. 2019 Feb;27(2):131-147. doi: 10.1016/j.tim.2018.09.008. Epub 2018 Oct 24.
- Stewart CP, Iannotti L, Dewey KG, Michaelsen KF, Onyango AW. Contextualising complementary feeding in a broader framework for stunting prevention. Matern Child Nutr. 2013 Sep;9 Suppl 2(Suppl 2):27-45. doi: 10.1111/mcn.12088.
- Tian Y, Morris TJ, Webster AP, Yang Z, Beck S, Feber A, Teschendorff AE. ChAMP: updated methylation analysis pipeline for Illumina BeadChips. Bioinformatics. 2017 Dec 15;33(24):3982-3984. doi: 10.1093/bioinformatics/btx513.
- UNICEF. COVID-19 and Children in Indonesia.An Agenda for Action to Address Socio-Economic Challenges. 11 May 2020
- Williams AM, Suchdev PS. Assessing and Improving Childhood Nutrition and Growth Globally. Pediatr Clin North Am. 2017 Aug;64(4):755-768. doi: 10.1016/j.pcl.2017.03.001.
- Ye J, Wu W, Li Y, Li L. Influences of the Gut Microbiota on DNA Methylation and Histone Modification. Dig Dis Sci. 2017 May;62(5):1155-1164. doi: 10.1007/s10620-017-4538-6. Epub 2017 Mar 24.
- Yu G, Wang LG, Han Y, He QY. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS. 2012 May;16(5):284-7. doi: 10.1089/omi.2011.0118. Epub 2012 Mar 28.
- Zemrani B, Gehri M, Masserey E, Knob C, Pellaton R. A hidden side of the COVID-19 pandemic in children: the double burden of undernutrition and overnutrition. Int J Equity Health. 2021 Jan 22;20(1):44. doi: 10.1186/s12939-021-01390-w.
- Osendarp S, Akuoku JK, Black RE, Headey D, Ruel M, Scott N, Shekar M, Walker N, Flory A, Haddad L, Laborde D, Stegmuller A, Thomas M, Heidkamp R. The COVID-19 crisis will exacerbate maternal and child undernutrition and child mortality in low- and middle-income countries. Nat Food. 2021 Jul;2(7):476-484. doi: 10.1038/s43016-021-00319-4. Epub 2021 Jul 19.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
5. dubna 2023
Primární dokončení (Aktuální)
31. prosince 2023
Dokončení studie (Odhadovaný)
1. září 2024
Termíny zápisu do studia
První předloženo
6. února 2023
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
9. března 2023
První zveřejněno (Aktuální)
22. března 2023
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
3. července 2024
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
2. července 2024
Naposledy ověřeno
1. července 2024
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- AASH Early Year Study
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .