アマゾン熱帯雨林における人間の宿主と病原体の相互作用を解明するためのゲノムアプローチ (PATHO-NAT)
この観察研究は、ゲノム研究で著しく過小評価されているメスティーソ・アマゾン人と比較して、ネイティブ・アマゾン人における免疫反応の変動に対する宿主の遺伝学と病原環境の影響を、マルチオミック・アプローチで特徴づけることを目的としています。
参加者からは、血液、尿、唾液などのさまざまなサンプルが採取されます。血液サンプルから末梢血単核球が得られ、アマゾン住民の免疫反応の違いの違いに関する情報が得られます。 他のサンプルからは、参加者の免疫反応の違いに関連する危険因子に関する追加情報を得ることができます。
調査の概要
状態
条件
詳細な説明
アマゾンの熱帯雨林は、不利な気候条件と多種多様な病原微生物を特徴としており、その結果、人間の免疫反応に選択的圧力がかかり、死亡率に大きな影響を与えると考えられます。 人間の遺伝的適応の最もよく特徴づけられた例のいくつかは感染症に関連しています。たとえば、鎌状赤血球貧血、サラセミア、マラリアを引き起こす対立遺伝子です。 さらに、15世紀のスペイン植民地時代の「旧世界」からの感染症の導入と、ここ数世紀のアマゾンの都市化も急速な適応を引き起こし、免疫反応の変動を引き起こす可能性がある。 しかし、この地域における前述の現象や出来事に対する人間の防御の適応に寄与した進化のメカニズムはほとんど理解されていません。 このため、在来個体群におけるこれらのヒトの遺伝的メカニズムを研究することで、感染症に対する耐性に関連する新しい遺伝子を特定することができ、またアマゾンの個体群がその歴史を通じてさらされてきた環境への急速な適応の兆候を探ることも可能になるでしょう。 。
私たちは、アマゾンの集団における免疫系の変動を研究することを提案します。さまざまなアプローチ、つまり宿主とウイルスエクスポソームのゲノム、エピゲノム、トランスクリプトームを用いて多様性の程度を一緒に研究し、社会人口学的特徴と併存疾患を考慮し、それがアマゾンの人口を形作る可能性があることを提案します。免疫反応。 この研究は、免疫応答に影響を与えるヒトゲノムの変異について新たな洞察を提供し、それによって主に熱帯感染症などの免疫関連疾患の病因と感受性についての理解が深まると考えられます。 ネイティブアメリカン集団では人間の遺伝子研究が過小評価されているため、得られた知識は、ネイティブ集団と非ネイティブ集団の間の健康知識における既存の不平等を軽減するでしょう。
研究の種類
入学 (推定)
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前:Meddly Santoalla, PhD
- 電話番号:+51 914068043
- メール:meddly.santolalla.r@upch.pe
参加基準
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- 研究への参加に同意し、インフォームドコンセントに署名した18歳以上の人
- 両親や祖父母がペルーのアマゾンで生まれた人々。
- 両親と祖父母が同じ先住民コミュニティに属している先住民コミュニティのボランティア向け。
除外基準:
- 40mLの採血を希望されない方
- 発熱性疾患(登録日までの5日間以内に発熱)のある方。
- 妊娠中の女性
- 65歳以上の人
- 授乳中の女性。
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
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アマゾン先住民のグループ
ペルーのアマゾンにある先住民コミュニティに属するアマゾン族
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都会のアマゾンのメスティーソグループ
ペルーのアマゾンの市街地に住むアマゾンのメスティーソ族
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この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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環境、遺伝的祖先、過去のウイルス曝露に応じて異なる転写プロファイルとメチル化パターンを示す遺伝子
時間枠:ベースライン
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我々は、(i) この地域の主要な公衆衛生上の負担であるデング熱ウイルス、(ii) トール様受容体 7 を活性化するイミダゾキノキサリン化合物であるガージキモドで 6 時間刺激した後、末梢血単核細胞におけるゲノムワイドな発現プロファイルを測定します。受容体8のようなトールは、ウイルスや細胞内病原体を感知することができます。 (iii) ウイルスや細菌に対する反応の全体像を得るために、トール様受容体 4 アゴニストであるリポ多糖。 遺伝子発現プロファイルは、RNA-seq を使用して測定されます。 |
ベースライン
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アマゾン人口の遺伝的およびエピジェネティックな多様性
時間枠:ベースライン
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参加者の唾液を DNA ソースとして使用し、8 ~ 10 倍のカバー率で全ゲノム シーケンス (WGS) を実行します。
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ベースライン
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微生物への曝露が免疫反応に及ぼす影響
時間枠:ベースライン
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ウイルスエクスポソームは、「VirScan」と呼ばれる新しいツールを使用して300人のドナーの特徴付けが行われます。このツールは、デング熱、肝炎など、アマゾンで非常に蔓延しているウイルス(1,200以上のウイルス株)を含む600以上の病原体およびアレルゲンに対する抗体を特定します。 B/C/D、またはマヤロウイルス。
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ベースライン
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免疫活性化への転写反応とDNAメチル化変異に関連する遺伝子変異
時間枠:ベースライン
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私たちは、発現量的形質遺伝子座とメチル化量的形質遺伝子座 (それぞれ eQTL とメチル化 eQTL) をマッピングすることにより、転写応答とメチル化 DNA レベルを制御する宿主遺伝因子を評価します。
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ベースライン
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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アマゾン人口の人口動態と混合の歴史
時間枠:ベースライン
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参加者の唾液を DNA ソースとして使用し、8 ~ 10 倍のカバー率で全ゲノム シーケンス (WGS) を実行します。
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ベースライン
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アマゾン住民の免疫応答の変動形成における自然選択の役割
時間枠:ベースライン
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我々は、特定の細胞型または条件に関連する eQTL が選択のターゲットとなっているかどうかをテストするために、濃縮アプローチを採用します。
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ベースライン
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協力者と研究者
出版物と役立つリンク
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (推定)
一次修了 (推定)
研究の完了 (推定)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
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