Enfoques genómicos para diseccionar las interacciones humano-huésped-patógeno en la selva amazónica (PATHO-NAT)
Este estudio observacional tiene como objetivo caracterizar con un enfoque multiómico, el impacto de la genética del huésped y el ambiente patógeno en la variación de la respuesta inmune en los indígenas amazónicos en comparación con los mestizos amazónicos, una población gravemente subrepresentada en los estudios genómicos.
Se tomarán varias muestras de los participantes, incluyendo sangre, orina, saliva, etc. De la muestra de sangre se obtendrán células mononucleares de sangre periférica que nos darán información sobre las diferencias en la variación de la respuesta inmune de la población amazónica. De las otras muestras podremos obtener información adicional sobre los factores de riesgo relacionados con la diferencia en la respuesta inmune de los participantes.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Descripción detallada
La selva amazónica se caracteriza por condiciones climáticas adversas y una gran diversidad de microorganismos patógenos que, en consecuencia, generarían una presión selectiva sobre la respuesta inmune humana con un alto impacto en la mortalidad. Algunos de los ejemplos mejor caracterizados de adaptación genética humana se han relacionado con infecciones; por ejemplo, los alelos que causan anemia de células falciformes, talasemia y malaria. Además, la introducción de enfermedades infecciosas del "viejo mundo" durante la colonización española en el siglo XV y la urbanización de los últimos siglos en la Amazonía también ha generado una rápida adaptación que podría impulsar la variación en la respuesta inmune. Sin embargo, los mecanismos evolutivos que contribuyeron a la adaptación de la defensa humana frente a los fenómenos y eventos antes mencionados en esta región son poco conocidos. Por ello, estudiar estos mecanismos genéticos humanos en poblaciones nativas permitiría identificar nuevos genes que estarían asociados a la resistencia a infecciones, así como explorar los signos de rápida adaptación al medio al que han estado expuestas las poblaciones amazónicas a lo largo de su historia. .
Proponemos estudiar la variación del sistema inmune en poblaciones amazónicas, estudiando en conjunto el grado de diversidad con diferentes enfoques: genómico, epi-genómico y transcriptómico del huésped y exposoma viral, tomando en consideración características sociodemográficas y comorbilidades, que pueden conformar la respuesta inmune. Este estudio proporcionará nuevos conocimientos sobre las variantes en el genoma humano que afectan la respuesta inmunitaria, aumentando así nuestra comprensión de la etiología y la susceptibilidad a las enfermedades relacionadas con el sistema inmunitario, principalmente las enfermedades infecciosas tropicales. Debido a que los estudios de genética humana están subrepresentados en las poblaciones nativas americanas, el conocimiento obtenido reduciría la desigualdad existente en el conocimiento de la salud entre las poblaciones nativas y no nativas.
Tipo de estudio
Inscripción (Estimado)
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: Meddly Santoalla, PhD
- Número de teléfono: +51 914068043
- Correo electrónico: meddly.santolalla.r@upch.pe
Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Mayores de 18 años que acepten participar en el estudio y firmen el consentimiento informado
- Personas cuyos padres y abuelos nacieron en la Amazonía peruana.
- Para voluntarios de comunidades nativas, cuyos padres y abuelos pertenezcan a la misma comunidad nativa.
Criterio de exclusión:
- Personas que no desean que se les extraiga 40 ml de sangre
- Personas que estén pasando por una enfermedad febril (fiebre durante los últimos 5 días a la fecha de inscripción).
- Mujeres embarazadas
- Personas mayores de 65 años
- Mujeres lactantes.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
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Grupo nativo amazónico
Pueblo amazónico que pertenece a una comunidad indígena ubicada en la Amazonía peruana
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Grupo de mestizos amazónicos urbanos
Pueblo mestizo amazónico que vive en un distrito urbano de la Amazonía peruana
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Genes que muestran diferentes perfiles transcripcionales y patrones de metilación según el entorno, la ascendencia genética y la exposición viral pasada
Periodo de tiempo: Base
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Mediremos los perfiles de expresión de todo el genoma en células mononucleares de sangre periférica después de la estimulación durante 6 horas con: (i) virus del dengue, una importante carga de salud pública en la región, (ii) gardiquimod, un compuesto de imidazoquinoxalina que activa toll como receptor 7/ toll como el receptor 8, capaz de detectar virus y patógenos intracelulares; y (iii) lipopolisacárido, un agonista del receptor 4 similar a toll, para obtener una visión general de las respuestas a virus y bacterias. Los perfiles de expresión génica se medirán utilizando RNA-seq. |
Base
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Diversidad genética y epigenética de la población amazónica
Periodo de tiempo: Base
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Utilizando la saliva de los participantes como fuente de ADN, realizaremos la secuenciación del genoma completo (WGS) con una cobertura de 8-10x.
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Base
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Impacto de las exposiciones microbianas en la respuesta inmune
Periodo de tiempo: Base
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Se caracterizará el exposoma viral en los 300 donantes mediante una nueva herramienta llamada "VirScan", que identifica anticuerpos contra >600 patógenos y alérgenos, incluidos virus (>1.200 cepas virales) de alta prevalencia en la Amazonía, como dengue, hepatitis B/C/D, o virus Mayaro.
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Base
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Variantes genéticas asociadas con la respuesta transcripcional a la activación inmune y la variación de la metilación del ADN
Periodo de tiempo: Base
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Evaluaremos los factores genéticos del huésped que controlan las respuestas transcripcionales y los niveles de ADN metilado mediante el mapeo de los loci de rasgos cuantitativos de expresión y metilación (eQTL y eQTL metilados, respectivamente).
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Base
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Historia demográfica y mestizaje de la población amazónica
Periodo de tiempo: Base
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Utilizando la saliva de los participantes como fuente de ADN, realizaremos la secuenciación del genoma completo (WGS) con una cobertura de 8-10x.
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Base
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El papel de la selección natural en la configuración de la variación de la respuesta inmune en los amazónicos
Periodo de tiempo: Base
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Emplearemos un enfoque de enriquecimiento para probar si los eQTL, asociados a condiciones o tipos de células específicos, han sido seleccionados como objetivo preferencial.
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Base
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Publicaciones y enlaces útiles
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Estimado)
Finalización primaria (Estimado)
Finalización del estudio (Estimado)
Fechas de registro del estudio
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Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
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Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Otros números de identificación del estudio
- 210828
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
Datos del estudio/Documentos
-
Protocolo de estudio
Comentarios de información: Enlace de Google Drive para visualizar el protocolo de estudio en español e inglés
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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