Approcci genomici per sezionare le interazioni ospite-patogeno umano nella foresta pluviale amazzonica (PATHO-NAT)
Questo studio osservazionale, mira a caratterizzare con un approccio multi-omico, l'impatto della genetica dell'ospite e dell'ambiente patogeno sulla variazione della risposta immunitaria negli amazzonici nativi rispetto all'amazzonia meticcia, una popolazione gravemente sottorappresentata negli studi genomici.
Verranno prelevati vari campioni dai partecipanti, inclusi sangue, urina, saliva, ecc. Dal campione di sangue, verranno ottenute cellule mononucleari del sangue periferico e ci daranno informazioni sulle differenze tra la variazione della risposta immunitaria della popolazione amazzonica. Dagli altri campioni potremo ottenere ulteriori informazioni sui fattori di rischio legati alla differenza nella risposta immunitaria dei partecipanti.
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Descrizione dettagliata
La foresta amazzonica è caratterizzata da condizioni climatiche avverse e da una grande diversità di microrganismi patogeni che, di conseguenza, genererebbero una pressione selettiva sulla risposta immunitaria umana con un elevato impatto sulla mortalità. Alcuni degli esempi meglio caratterizzati di adattamento genetico umano sono stati correlati alle infezioni; per esempio, gli alleli che causano l'anemia falciforme, la talassemia e la malaria. Inoltre, l'introduzione di malattie infettive dal "vecchio mondo" durante la colonizzazione spagnola nel XV secolo e l'urbanizzazione degli ultimi secoli in Amazzonia hanno anche generato un rapido adattamento che potrebbe guidare la variazione della risposta immunitaria. Tuttavia, i meccanismi evolutivi che hanno contribuito all'adattamento della difesa umana contro i suddetti fenomeni ed eventi in questa regione sono poco conosciuti. Per questo motivo, lo studio di questi meccanismi genetici umani nelle popolazioni autoctone ci permetterebbe di identificare nuovi geni che sarebbero associati alla resistenza alle infezioni, e anche di esplorare i segni del rapido adattamento all'ambiente a cui le popolazioni amazzoniche sono state esposte nel corso della loro storia .
Ci proponiamo di studiare la variazione del sistema immunitario nelle popolazioni amazzoniche, studiando insieme il grado di diversità con diversi approcci: genomico, epigenomico e trascrittomico dell'ospite e dell'esposoma virale, prendendo in considerazione le caratteristiche sociodemografiche e le comorbilità, che possono modellare il risposta immunitaria. Questo studio fornirà nuove informazioni sulle varianti nel genoma umano che influenzano la risposta immunitaria, aumentando così la nostra comprensione dell'eziologia e della suscettibilità alle malattie immuno-correlate, principalmente alle malattie infettive tropicali. Poiché gli studi genetici umani sono sottorappresentati nelle popolazioni native americane, la conoscenza acquisita ridurrebbe la disuguaglianza esistente nella conoscenza della salute tra popolazioni native e non native.
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Contatti e Sedi
Contatto studio
- Nome: Meddly Santoalla, PhD
- Numero di telefono: +51 914068043
- Email: meddly.santolalla.r@upch.pe
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Persone di età superiore ai 18 anni che accettano di partecipare allo studio e firmano il consenso informato
- Persone i cui genitori e nonni sono nati nell'Amazzonia peruviana.
- Per i volontari delle comunità indigene, i cui genitori e nonni appartengono alla stessa comunità indigena.
Criteri di esclusione:
- Persone che non desiderano prelevare 40 ml di sangue
- Persone che stanno attraversando una malattia febbrile (febbre negli ultimi 5 giorni dalla data di iscrizione).
- Donne incinte
- Persone con più di 65 anni
- Donne che allattano.
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
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Gruppo nativo dell'Amazzonia
Popolo amazzonico che appartiene a una comunità indigena situata nell'Amazzonia peruviana
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Gruppo di meticci amazzonici urbani
Popolo meticcio amazzonico che vive in un distretto urbano nell'Amazzonia peruviana
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Geni che mostrano diversi profili trascrizionali e pattern di metilazione a seconda dell'ambiente, della discendenza genetica e dell'esposizione virale passata
Lasso di tempo: Linea di base
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Misureremo i profili di espressione dell'intero genoma nelle cellule mononucleate del sangue periferico dopo stimolazione per 6 ore con: (i) virus della dengue, un importante onere per la salute pubblica nella regione, (ii) gardiquimod, un composto di imidazochinossalina che attiva il recettore Toll-like 7/ toll come il recettore 8, in grado di rilevare virus e agenti patogeni intracellulari; e (iii) lipopolisaccaride, un agonista del recettore 4 simile a Toll, per ottenere una visione generale delle risposte a virus e batteri. I profili di espressione genica saranno misurati utilizzando RNA-seq. |
Linea di base
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Diversità genetica ed epigenetica della popolazione amazzonica
Lasso di tempo: Linea di base
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Utilizzando la saliva dei partecipanti come fonte di DNA, eseguiremo il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) a 8-10 volte la copertura.
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Linea di base
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Impatto delle esposizioni microbiche sulla risposta immunitaria
Lasso di tempo: Linea di base
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L'esposoma virale sarà caratterizzato nei 300 donatori utilizzando un nuovo strumento chiamato "VirScan", che identifica gli anticorpi contro >600 agenti patogeni e allergeni, compresi i virus (>1.200 ceppi virali) che sono altamente prevalenti nell'Amazzonia, come dengue, epatite B/C/D o virus Mayaro.
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Linea di base
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Varianti genetiche associate alla risposta trascrizionale all'attivazione immunitaria e alla variazione della metilazione del DNA
Lasso di tempo: Linea di base
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Valuteremo i fattori genetici dell'ospite che controllano le risposte trascrizionali ei livelli di DNA metilato mappando i loci dei tratti quantitativi di espressione e di metilazione (eQTL e eQTL metilati, rispettivamente).
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Linea di base
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Storia demografica e di commistione della popolazione amazzonica
Lasso di tempo: Linea di base
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Utilizzando la saliva dei partecipanti come fonte di DNA, eseguiremo il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) a 8-10 volte la copertura.
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Linea di base
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Ruolo della selezione naturale nel plasmare la variazione della risposta immunitaria nelle amazzoniche
Lasso di tempo: Linea di base
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Utilizzeremo un approccio di arricchimento per testare se gli eQTL, associati a specifici tipi cellulari o condizioni, sono stati preferenzialmente presi di mira dalla selezione.
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Linea di base
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Collaboratori e investigatori
Collaboratori
Pubblicazioni e link utili
Collegamenti utili
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Inizio studio (Stimato)
Completamento primario (Stimato)
Completamento dello studio (Stimato)
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Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
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Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
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Parole chiave
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- 210828
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-
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