Approches génomiques pour disséquer les interactions hôte-pathogène humain dans la forêt amazonienne (PATHO-NAT)

La forêt amazonienne est caractérisée par des conditions climatiques défavorables et une grande diversité de micro-organismes pathogènes qui, par conséquent, généreraient une pression sélective sur la réponse immunitaire humaine avec un impact élevé sur la mortalité. Certains des exemples les mieux caractérisés d'adaptation génétique humaine ont été liés à des infections ; par exemple, les allèles responsables de la drépanocytose, de la thalassémie et du paludisme. De plus, l'introduction de maladies infectieuses du "vieux monde" lors de la colonisation espagnole au XVe siècle et l'urbanisation des derniers siècles en Amazonie ont également généré une adaptation rapide qui pourrait entraîner une variation de la réponse immunitaire. Cependant, les mécanismes évolutifs qui ont contribué à l'adaptation de la défense humaine contre les phénomènes et événements susmentionnés dans cette région sont mal compris. Pour cette raison, étudier ces mécanismes génétiques humains dans les populations indigènes permettrait d'identifier de nouveaux gènes qui seraient associés à la résistance aux infections, mais aussi d'explorer les signes d'adaptation rapide à l'environnement auxquels les populations amazoniennes ont été exposées tout au long de leur histoire. .

Nous proposons d'étudier la variation du système immunitaire dans les populations amazoniennes, en étudiant ensemble le degré de diversité avec différentes approches : génomique, épi-génomique et transcriptomique de l'hôte et de l'exposome viral, en tenant compte des caractéristiques sociodémographiques et des comorbidités, qui peuvent façonner la réponse immunitaire. Cette étude fournira de nouvelles informations sur les variantes du génome humain qui affectent la réponse immunitaire, améliorant ainsi notre compréhension de l'étiologie et de la sensibilité aux maladies d'origine immunitaire, principalement les maladies infectieuses tropicales. Parce que les études génétiques humaines sont sous-représentées dans les populations amérindiennes, les connaissances acquises réduiraient l'inégalité existante dans les connaissances sur la santé entre les populations autochtones et non autochtones.