Genomische benaderingen om interacties tussen menselijke gastheer en ziekteverwekker in het Amazone-regenwoud te ontleden (PATHO-NAT)
Deze observationele studie heeft tot doel om met een multi-omische benadering de impact van gastheergenetica en de pathogene omgeving op de immuunresponsvariatie bij inheemse Amazones te karakteriseren in vergelijking met Mestizo Amazonian, een sterk ondervertegenwoordigde populatie in genomische studies.
Er zullen verschillende monsters van de deelnemers worden genomen, waaronder bloed, urine, speeksel, enz. Uit het bloedmonster zullen perifere mononucleaire bloedcellen worden verkregen die ons informatie zullen geven over de verschillen tussen immuunresponsvariatie van de Amazone-bevolking. Van de andere monsters zullen we aanvullende informatie kunnen verkrijgen over de risicofactoren die verband houden met het verschil in immuunrespons van de deelnemers.
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Gedetailleerde beschrijving
Het Amazone-regenwoud wordt gekenmerkt door ongunstige klimatologische omstandigheden en een grote diversiteit aan pathogene micro-organismen die bijgevolg een selectieve druk zouden uitoefenen op de menselijke immuunrespons met een grote impact op de mortaliteit. Enkele van de best gekarakteriseerde voorbeelden van menselijke genetische aanpassing zijn gerelateerd aan infecties; bijvoorbeeld de allelen die sikkelcelanemie, thalassemie en malaria veroorzaken. Bovendien heeft de introductie van infectieziekten uit de "oude wereld" tijdens de Spaanse kolonisatie in de 15e eeuw en de verstedelijking van de laatste paar eeuwen in het Amazonegebied ook geleid tot een snelle aanpassing die variatie in de immuunrespons zou kunnen veroorzaken. De evolutionaire mechanismen die hebben bijgedragen aan de aanpassing van de menselijke verdediging tegen de bovengenoemde verschijnselen en gebeurtenissen in deze regio, worden echter slecht begrepen. Om deze reden zou het bestuderen van deze menselijke genetische mechanismen in inheemse populaties ons in staat stellen om nieuwe genen te identificeren die geassocieerd zouden kunnen worden met resistentie tegen infecties, en ook om de tekenen van snelle aanpassing aan de omgeving te onderzoeken waaraan Amazone-populaties gedurende hun hele geschiedenis zijn blootgesteld. .
We stellen voor om de variatie van het immuunsysteem in Amazone-populaties te bestuderen, waarbij we samen de mate van diversiteit bestuderen met verschillende benaderingen: genomische, epi-genomische en transcriptomische van de gastheer en viraal exposoom, rekening houdend met sociodemografische kenmerken en comorbiditeiten, die de immuun reactie. Deze studie zal nieuwe inzichten opleveren in varianten in het menselijk genoom die de immuunrespons beïnvloeden, waardoor we meer inzicht krijgen in de etiologie en vatbaarheid voor immuungerelateerde ziekten, voornamelijk tropische infectieziekten. Omdat menselijke genetische studies ondervertegenwoordigd zijn in inheemse Amerikaanse populaties, zou de opgedane kennis de bestaande ongelijkheid in gezondheidskennis tussen inheemse en niet-inheemse bevolkingsgroepen verminderen.
Studietype
Inschrijving (Geschat)
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: Meddly Santoalla, PhD
- Telefoonnummer: +51 914068043
- E-mail: meddly.santolalla.r@upch.pe
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Mensen ouder dan 18 jaar die ermee instemmen deel te nemen aan het onderzoek en de geïnformeerde toestemming ondertekenen
- Mensen wiens ouders en grootouders zijn geboren in de Peruaanse Amazone.
- Voor vrijwilligers uit inheemse gemeenschappen, waarvan de ouders en grootouders tot dezelfde inheemse gemeenschap behoren.
Uitsluitingscriteria:
- Mensen die geen 40 ml bloed willen laten afnemen
- Mensen die een koortsachtige ziekte doormaken (koorts gedurende de laatste 5 dagen tot de datum van inschrijving).
- Zwangere vrouw
- Mensen ouder dan 65 jaar
- Vrouwen die borstvoeding geven.
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
|---|
|
Inheemse Amazone-groep
Amazone-volk dat behoort tot een inheemse gemeenschap in de Peruaanse Amazone
|
|
Stedelijke mestiezengroep uit het Amazonegebied
Mestiezenvolk uit de Amazone dat leeft in een stadswijk in de Peruaanse Amazone
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Genen die verschillende transcriptionele profielen en methylatiepatronen vertonen, afhankelijk van omgeving, genetische afkomst en virale blootstelling in het verleden
Tijdsspanne: Basislijn
|
We zullen genoombrede expressieprofielen meten in perifere mononucleaire bloedcellen na stimulatie gedurende 6 uur met: (i) denguevirus, een grote belasting voor de volksgezondheid in de regio, (ii) gardiquimod, een imidazoquinoxaline-verbinding die toll like receptor 7/ tol zoals receptor 8, in staat om virussen en intracellulaire pathogenen waar te nemen; en (iii) lipopolysaccharide, een tolachtige receptor 4-agonist, om een algemeen beeld te krijgen van reacties op virussen en bacteriën. Genexpressieprofielen zullen worden gemeten met behulp van RNA-seq. |
Basislijn
|
|
Genetische en epigenetische diversiteit van de Amazone-bevolking
Tijdsspanne: Basislijn
|
Met speeksel van deelnemers als DNA-bron voeren we sequentiebepaling van het hele genoom (WGS) uit met een dekking van 8-10x.
|
Basislijn
|
|
Impact van microbiële blootstelling op de immuunrespons
Tijdsspanne: Basislijn
|
Het virale exposoom zal worden gekarakteriseerd bij de 300 donoren met behulp van een nieuwe tool genaamd "VirScan", die antilichamen identificeert tegen> 600 pathogenen en allergenen, waaronder virussen (> 1.200 virale stammen) die veel voorkomen in het Amazonegebied, zoals dengue, hepatitis B/C/D of Mayaro-virus.
|
Basislijn
|
|
Genetische varianten geassocieerd met transcriptionele respons op immuunactivatie en DNA-methyleringsvariatie
Tijdsspanne: Basislijn
|
We zullen de genetische factoren van de gastheer beoordelen die transcriptionele responsen en gemethyleerde DNA-niveaus beheersen door loci voor expressie en methylering van kwantitatieve kenmerken (respectievelijk eQTL en gemethyleerde eQTL's) in kaart te brengen.
|
Basislijn
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Demografische en vermengingsgeschiedenis van de Amazone-bevolking
Tijdsspanne: Basislijn
|
Met speeksel van deelnemers als DNA-bron voeren we sequentiebepaling van het hele genoom (WGS) uit met een dekking van 8-10x.
|
Basislijn
|
|
Natuurlijke selectie rol bij het vormgeven van variatie in immuunrespons bij Amazoniërs
Tijdsspanne: Basislijn
|
We zullen een verrijkingsbenadering gebruiken om te testen of eQTL's, geassocieerd met specifieke celtypen of aandoeningen, bij voorkeur het doelwit zijn van selectie.
|
Basislijn
|
Medewerkers en onderzoekers
Medewerkers
Publicaties en nuttige links
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Geschat)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Andere studie-ID-nummers
- 210828
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Bestudeer gegevens/documenten
-
Leerprotocool
Informatie opmerkingen: Google Drive-link om het studieprotocol in het Spaans en Engels te visualiseren
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .