아마존 열대우림에서 인간 숙주-병원체 상호작용을 해부하기 위한 게놈 접근법 (PATHO-NAT)
이 관찰 연구는 게놈 연구에서 심각하게 과소 대표되는 인구인 Mestizo Amazonian과 비교하여 원주민 Amazonians의 면역 반응 변이에 대한 숙주 유전학 및 병원성 환경의 영향인 다중 오믹 접근법을 특징으로 하는 것을 목표로 합니다.
혈액, 소변, 타액 등 참가자로부터 다양한 샘플을 채취합니다. 혈액 샘플에서 말초 혈액 단핵 세포를 채취하여 아마존 인구의 면역 반응 변화의 차이에 대한 정보를 제공합니다. 다른 샘플에서 참가자의 면역 반응 차이와 관련된 위험 요소에 대한 추가 정보를 얻을 수 있습니다.
연구 개요
상태
정황
상세 설명
아마존 열대우림은 불리한 기후 조건과 매우 다양한 병원성 미생물로 특징지어지며, 결과적으로 사망률에 큰 영향을 미치는 인간 면역 반응에 선택적 압력을 생성합니다. 인간의 유전적 적응의 가장 특징적인 예 중 일부는 감염과 관련되어 있습니다. 예를 들어 겸상 적혈구 빈혈, 지중해 빈혈 및 말라리아를 유발하는 대립 유전자. 또한, 15세기 스페인 식민화 기간 동안 "구세계"로부터 전염병이 유입되고 아마존에서 지난 몇 세기 동안 도시화가 이루어지면서 면역 반응의 변화를 가져올 수 있는 빠른 적응이 이루어졌습니다. 그러나 이 지역에서 앞서 언급한 현상과 사건에 대한 인간 방어의 적응에 기여한 진화 메커니즘은 잘 알려져 있지 않습니다. 이러한 이유로 원주민 인구에서 이러한 인간 유전 메커니즘을 연구하면 감염에 대한 저항성과 관련된 새로운 유전자를 식별하고 아마존 인구가 그들의 역사를 통해 노출된 환경에 대한 빠른 적응의 징후를 탐색할 수 있습니다. .
우리는 다양한 접근 방식으로 다양성의 정도를 함께 연구하여 아마존 인구의 면역 체계의 변이를 연구할 것을 제안합니다. 면역 반응. 이 연구는 면역 반응에 영향을 미치는 인간 게놈의 변이에 대한 새로운 통찰력을 제공하여 주로 열대 전염병과 같은 면역 관련 질병에 대한 병인 및 감수성에 대한 이해를 높일 것입니다. 인간 유전 연구는 아메리카 원주민 인구에서 과소 대표되기 때문에 얻은 지식은 원주민과 비 원주민 인구 사이의 건강 지식의 기존 불평등을 줄일 것입니다.
연구 유형
등록 (추정된)
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: Meddly Santoalla, PhD
- 전화번호: +51 914068043
- 이메일: meddly.santolalla.r@upch.pe
참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 연구 참여에 동의하고 정보에 입각한 동의서에 서명한 18세 이상의 사람
- 부모와 조부모가 페루 아마존에서 태어난 사람들.
- 부모와 조부모가 같은 원주민 커뮤니티에 속한 원주민 커뮤니티의 자원 봉사자를 위한 것입니다.
제외 기준:
- 40mL의 채혈을 원하지 않는 사람
- 발열병(입학일 기준 최근 5일간의 발열)을 앓고 있는 자.
- 임산부
- 만 65세 이상
- 모유 수유 여성.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
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원주민 아마존 그룹
페루 아마존에 위치한 원주민 공동체에 속한 아마존 사람들
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도시 아마존 메스티조 그룹
페루 아마존의 도시 지역에 사는 아마존 메스티조 사람들
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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환경, 유전적 조상 및 과거 바이러스 노출에 따라 다른 전사 프로파일 및 메틸화 패턴을 나타내는 유전자
기간: 기준선
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(i) 해당 지역의 주요 공중 보건 부담인 뎅기열 바이러스, (ii) 톨 유사 수용체 7을 활성화하는 이미다조퀴녹살린 화합물인 가디퀴모드/ 바이러스 및 세포내 병원체를 감지할 수 있는 톨 유사 수용체 8; 및 (iii) 바이러스 및 박테리아에 대한 반응의 일반적인 관점을 얻기 위한 톨 유사 수용체 4 작용제인 리포폴리사카라이드. 유전자 발현 프로필은 RNA-seq를 사용하여 측정됩니다. |
기준선
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아마존 인구의 유전적 및 후성적 다양성
기간: 기준선
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참가자의 타액을 DNA 소스로 사용하여 8-10xcoverage에서 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 수행합니다.
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기준선
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미생물 노출이 면역 반응에 미치는 영향
기간: 기준선
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바이러스성 엑스포솜은 "VirScan"이라는 새로운 도구를 사용하여 300명의 기증자에서 특성화될 것입니다. 이 도구는 뎅기열, 간염과 같이 아마존에서 널리 퍼진 바이러스(1,200개 이상의 바이러스 변종)를 포함하여 600개 이상의 병원체 및 알레르겐에 대한 항체를 식별합니다. B/C/D 또는 마야로 바이러스.
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기준선
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면역 활성화 및 DNA 메틸화 변이에 대한 전사 반응과 관련된 유전자 변이체
기간: 기준선
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발현 및 메틸화 정량적 특성 유전자좌(각각 eQTL 및 메틸화 eQTL)를 매핑하여 전사 반응 및 메틸화 DNA 수준을 제어하는 숙주 유전적 요인을 평가할 것입니다.
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기준선
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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아마존 인구의 인구 통계 및 혼합 역사
기간: 기준선
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참가자의 타액을 DNA 소스로 사용하여 8-10xcoverage에서 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 수행합니다.
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기준선
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Amazonians의 면역 반응 변형을 형성하는 자연 선택 역할
기간: 기준선
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우리는 특정 세포 유형 또는 조건과 관련된 eQTL이 선택에 의해 우선적으로 표적이 되었는지 여부를 테스트하기 위해 강화 접근법을 사용할 것입니다.
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기준선
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공동 작업자 및 조사자
간행물 및 유용한 링크
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (추정된)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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