Геномные подходы к анализу взаимодействия человека с патогеном в тропических лесах Амазонки (PATHO-NAT)
Это обсервационное исследование направлено на то, чтобы с помощью мультиомного подхода охарактеризовать влияние генетики хозяина и патогенной среды на вариации иммунного ответа у коренных амазонцев по сравнению с амазонскими метисами, популяция которых крайне недопредставлена в геномных исследованиях.
У участников будут взяты различные образцы, включая кровь, мочу, слюну и т. д. Из образца крови будут получены мононуклеарные клетки периферической крови, что даст нам информацию о различиях между вариациями иммунного ответа населения Амазонки. Из других образцов мы сможем получить дополнительную информацию о факторах риска, связанных с разницей в иммунном ответе участников.
Обзор исследования
Статус
Условия
Подробное описание
Тропические леса Амазонки характеризуются неблагоприятными климатическими условиями и большим разнообразием патогенных микроорганизмов, которые, следовательно, будут оказывать избирательное давление на иммунный ответ человека, оказывая большое влияние на смертность. Некоторые из наиболее характерных примеров генетической адаптации человека связаны с инфекциями; например, аллели, вызывающие серповидноклеточную анемию, талассемию и малярию. Кроме того, занос инфекционных заболеваний из «старого мира» во время испанской колонизации в 15 веке и урбанизация Амазонки за последние несколько столетий также вызвали быструю адаптацию, которая может привести к изменению иммунного ответа. Однако эволюционные механизмы, способствовавшие адаптации защиты человека от вышеперечисленных явлений и событий в этом регионе, мало изучены. По этой причине изучение этих генетических механизмов человека в местных популяциях позволило бы нам выявить новые гены, которые будут связаны с устойчивостью к инфекциям, а также изучить признаки быстрой адаптации к окружающей среде, которой амазонские популяции подвергались на протяжении всей своей истории. .
Мы предлагаем изучить изменчивость иммунной системы в амазонских популяциях, совместно изучая степень разнообразия с помощью различных подходов: геномного, эпигеномного и транскриптомного хозяина и вирусного экспозома, принимая во внимание социально-демографические характеристики и сопутствующие заболевания, которые могут формировать иммунная реакция. Это исследование позволит по-новому взглянуть на варианты генома человека, влияющие на иммунный ответ, тем самым расширив наше понимание этиологии и восприимчивости к заболеваниям, связанным с иммунитетом, в основном к тропическим инфекционным заболеваниям. Поскольку генетические исследования человека недостаточно представлены в популяциях коренных американцев, полученные знания уменьшат существующее неравенство в знаниях о здоровье между коренными и некоренными популяциями.
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Контакты и местонахождение
Контакты исследования
- Имя: Meddly Santoalla, PhD
- Номер телефона: +51 914068043
- Электронная почта: meddly.santolalla.r@upch.pe
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
- Лица старше 18 лет, давшие согласие на участие в исследовании и подписавшие информированное согласие
- Люди, чьи родители, бабушки и дедушки родились в перуанской Амазонии.
- Для волонтеров из коренных сообществ, чьи родители, бабушки и дедушки принадлежат к одному коренному сообществу.
Критерий исключения:
- Люди, которые не хотят сдавать 40 мл крови
- Люди, перенесшие лихорадочное заболевание (лихорадка в течение последних 5 дней до даты регистрации).
- Беременные женщины
- Люди старше 65 лет
- Кормящие женщины.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
Коренная амазонская группа
Амазонцы, принадлежащие к коренной общине перуанской Амазонки.
|
|
Группа городских амазонских метисов
Амазонские метисы, живущие в городском районе перуанской Амазонки.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Гены, демонстрирующие различные профили транскрипции и характер метилирования в зависимости от окружающей среды, генетического происхождения и прошлого воздействия вируса.
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Мы измерим полногеномные профили экспрессии в мононуклеарных клетках периферической крови после стимуляции в течение 6 часов с помощью: (i) вируса денге, серьезного бремени для общественного здравоохранения в регионе, (ii) гардиквимода, имидазохиноксалинового соединения, которое активирует толл-подобный рецептор 7/ толл-подобный рецептор 8, способный обнаруживать вирусы и внутриклеточные патогены; и (iii) липополисахарид, толл-подобный агонист рецептора 4, для получения общего представления о реакциях на вирусы и бактерии. Профили экспрессии генов будут измеряться с помощью RNA-seq. |
Базовый уровень
|
|
Генетическое и эпигенетическое разнообразие амазонской популяции
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Используя слюну участников в качестве источника ДНК, мы проведем полногеномное секвенирование (WGS) с 8-10-кратным охватом.
|
Базовый уровень
|
|
Влияние микробного воздействия на иммунный ответ
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Вирусная экспозома будет охарактеризована у 300 доноров с помощью нового инструмента под названием «VirScan», который идентифицирует антитела против более 600 патогенов и аллергенов, включая вирусы (> 1200 вирусных штаммов), широко распространенные в Амазонии, такие как лихорадка денге, гепатит B/C/D, или вирус Майаро.
|
Базовый уровень
|
|
Генетические варианты, связанные с транскрипционным ответом на иммунную активацию и изменением метилирования ДНК
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Мы будем оценивать генетические факторы хозяина, контролирующие транскрипционные ответы и уровни метилированной ДНК, путем картирования локусов количественных признаков экспрессии и метилирования (eQTL и метилированные eQTL соответственно).
|
Базовый уровень
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Демографическая и смешанная история населения Амазонки
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Используя слюну участников в качестве источника ДНК, мы проведем полногеномное секвенирование (WGS) с 8-10-кратным охватом.
|
Базовый уровень
|
|
Роль естественного отбора в формировании вариабельности иммунного ответа у амазонцев
Временное ограничение: Базовый уровень
|
Мы будем использовать подход обогащения, чтобы проверить, были ли eQTL, связанные с конкретными типами клеток или условиями, предпочтительными для отбора.
|
Базовый уровень
|
Соавторы и исследователи
Соавторы
Публикации и полезные ссылки
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Оцененный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Другие идентификационные номера исследования
- 210828
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Данные исследования/документы
-
Протокол исследования
Информационные комментарии: Ссылка на Google диск для визуализации протокола исследования на испанском и английском языках.
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .