剖析亚马逊雨林中人类宿主病原体相互作用的基因组方法 (PATHO-NAT)
这项观察性研究旨在采用多组学方法,与亚马逊混血人(在基因组研究中代表性严重不足的人群)相比,表征宿主遗传学和致病环境对亚马逊原住民免疫反应变化的影响。
将从参与者身上采集各种样本,包括血液、尿液、唾液等。从血液样本中,将获得外周血单核细胞,并为我们提供有关亚马逊人群免疫反应变异之间差异的信息。 从其他样本中,我们将能够获得有关与参与者免疫反应差异相关的风险因素的更多信息。
研究概览
地位
条件
详细说明
亚马逊雨林的特点是气候条件恶劣,病原微生物种类繁多,因此会对人体免疫反应产生选择性压力,对死亡率产生很大影响。 人类遗传适应的一些最典型的例子与感染有关。例如,导致镰状细胞性贫血、地中海贫血和疟疾的等位基因。 此外,15世纪西班牙殖民期间从“旧世界”引入的传染病以及亚马逊地区过去几个世纪的城市化也产生了快速适应,可能会导致免疫反应发生变化。 然而,人们对于该地区适应人类防御上述现象和事件的进化机制知之甚少。 因此,研究土著人群中的这些人类遗传机制将使我们能够识别与抵抗感染相关的新基因,并探索亚马逊人群在其整个历史中所暴露的环境的快速适应迹象。 。
我们建议研究亚马逊人群免疫系统的变化,用不同的方法共同研究多样性程度:宿主和病毒暴露组的基因组学、表观基因组学和转录组学,同时考虑到社会人口学特征和合并症,这可能会影响免疫反应。 这项研究将为影响免疫反应的人类基因组变异提供新的见解,从而增进我们对免疫相关疾病(主要是热带传染病)的病因学和易感性的了解。 由于人类遗传学研究在美洲原住民中代表性不足,因此获得的知识将减少原住民和非原住民之间现有的健康知识不平等。
研究类型
注册 (估计的)
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名:Meddly Santoalla, PhD
- 电话号码:+51 914068043
- 邮箱:meddly.santolalla.r@upch.pe
参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
描述
纳入标准:
- 年满18周岁同意参加研究并签署知情同意书的人士
- 父母和祖父母出生在秘鲁亚马逊地区的人。
- 对于来自原住民社区的志愿者,其父母和祖父母属于同一原住民社区。
排除标准:
- 不想采集 40 mL 血液的人
- 患有发热性疾病的人(截至报名之日起最近 5 天内发烧)。
- 孕妇
- 65岁以上人士
- 哺乳期妇女。
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
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亚马逊原住民群体
属于秘鲁亚马逊土著社区的亚马逊人
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城市亚马逊混血群体
居住在秘鲁亚马逊市区的亚马逊混血人
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研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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根据环境、遗传血统和过去的病毒暴露而显示不同转录谱和甲基化模式的基因
大体时间:基线
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我们将测量外周血单核细胞刺激 6 小时后的全基因组表达谱:(i) 登革热病毒,该地区的主要公共卫生负担,(ii) 加地喹莫特,一种咪唑喹喔啉化合物,可激活 Toll 样受体 7/ Toll样受体8,能够感知病毒和细胞内病原体; (iii) 脂多糖,一种 Toll 样受体 4 激动剂,以获得对病毒和细菌反应的总体看法。 将使用 RNA-seq 测量基因表达谱。 |
基线
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亚马逊种群的遗传和表观遗传多样性
大体时间:基线
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我们将使用参与者的唾液作为 DNA 来源,以 8-10 倍的覆盖率进行全基因组测序 (WGS)。
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基线
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微生物暴露对免疫反应的影响
大体时间:基线
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将使用名为“VirScan”的新工具对 300 名捐赠者的病毒暴露组进行表征,该工具可识别针对超过 600 种病原体和过敏原的抗体,包括亚马逊地区高度流行的病毒(>1,200 种病毒株),例如登革热、肝炎B/C/D,或 Mayaro 病毒。
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基线
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与免疫激活转录反应和 DNA 甲基化变异相关的遗传变异
大体时间:基线
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我们将通过绘制表达和甲基化数量性状位点(分别为 eQTL 和甲基化 eQTL)来评估控制转录反应和甲基化 DNA 水平的宿主遗传因素。
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基线
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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亚马逊人口的人口统计和混合历史
大体时间:基线
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我们将使用参与者的唾液作为 DNA 来源,以 8-10 倍的覆盖率进行全基因组测序 (WGS)。
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基线
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自然选择在塑造亚马逊人免疫反应变异中的作用
大体时间:基线
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我们将采用富集方法来测试与特定细胞类型或条件相关的 eQTL 是否已被优先选择为目标。
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基线
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合作者和调查者
出版物和有用的链接
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (估计的)
初级完成 (估计的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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