Abordagens genômicas para dissecar interações patógeno-hospedeiro humano na floresta amazônica (PATHO-NAT)
Este estudo observacional visa caracterizar, com uma abordagem multi-ômica, o impacto da genética do hospedeiro e do ambiente patogênico na variação da resposta imune em nativos amazônicos em comparação com mestiços amazônicos, uma população severamente sub-representada em estudos genômicos.
Várias amostras serão coletadas dos participantes, incluindo sangue, urina, saliva, etc. Da amostra de sangue, células mononucleares do sangue periférico serão obtidas e nos darão informações sobre as diferenças entre a variação da resposta imune da população amazônica. Das outras amostras poderemos obter informações adicionais sobre os fatores de risco relacionados à diferença na resposta imune dos participantes.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Descrição detalhada
A floresta amazônica é caracterizada por condições climáticas adversas e grande diversidade de microrganismos patogênicos que, conseqüentemente, gerariam uma pressão seletiva sobre a resposta imune humana com alto impacto na mortalidade. Alguns dos exemplos mais bem caracterizados de adaptação genética humana foram relacionados a infecções; por exemplo, os alelos que causam anemia falciforme, talassemia e malária. Além disso, a introdução de doenças infecciosas do "velho mundo" durante a colonização espanhola no século 15 e a urbanização dos últimos séculos na Amazônia também geraram uma rápida adaptação que pode levar a variações na resposta imune. No entanto, os mecanismos evolutivos que contribuíram para a adaptação da defesa humana contra os fenômenos e eventos mencionados nesta região são pouco compreendidos. Por isso, estudar esses mecanismos genéticos humanos em populações nativas nos permitiria identificar novos genes que estariam associados à resistência a infecções, bem como explorar os sinais de rápida adaptação ao ambiente ao qual as populações amazônicas foram expostas ao longo de sua história .
Propomos estudar a variação do sistema imunológico em populações amazônicas, estudando em conjunto o grau de diversidade com diferentes abordagens: genômica, epigenômica e transcriptômica do hospedeiro e expossoma viral, levando em consideração características sociodemográficas e comorbidades, que podem moldar a resposta imune. Este estudo fornecerá novos insights sobre variantes no genoma humano que afetam a resposta imune, aumentando assim nossa compreensão da etiologia e suscetibilidade a doenças relacionadas ao sistema imunológico, principalmente doenças infecciosas tropicais. Como os estudos genéticos humanos estão sub-representados nas populações nativas americanas, o conhecimento adquirido reduziria a desigualdade existente no conhecimento de saúde entre as populações nativas e não nativas.
Tipo de estudo
Inscrição (Estimado)
Contactos e Locais
Contato de estudo
- Nome: Meddly Santoalla, PhD
- Número de telefone: +51 914068043
- E-mail: meddly.santolalla.r@upch.pe
Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critério de inclusão:
- Pessoas maiores de 18 anos que concordem em participar do estudo e assinem o termo de consentimento livre e esclarecido
- Pessoas cujos pais e avós nasceram na Amazônia peruana.
- Para voluntários de comunidades nativas, cujos pais e avós pertencem à mesma comunidade nativa.
Critério de exclusão:
- Pessoas que não desejam colher 40 mL de sangue
- Pessoas que estejam passando por uma doença febril (febre nos últimos 5 dias até a data da inscrição).
- mulheres grávidas
- Pessoas com mais de 65 anos
- Mulheres que amamentam.
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
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Grupo nativo amazônico
Povo amazônico que pertence a uma comunidade indígena localizada na Amazônia peruana
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Grupo de mestiços urbanos amazônicos
Povo mestiço amazônico que vive em um distrito urbano na Amazônia peruana
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Genes mostrando diferentes perfis de transcrição e padrão de metilação de acordo com o ambiente, ancestralidade genética e exposição viral passada
Prazo: Linha de base
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Mediremos os perfis de expressão do genoma em células mononucleares do sangue periférico após estimulação por 6 horas com: (i) vírus da dengue, um grande problema de saúde pública na região, (ii) gardiquimod, um composto de imidazoquinoxalina que ativa o receptor toll like 7/ toll like receptor 8, capaz de detectar vírus e patógenos intracelulares; e (iii) lipopolissacarídeo, um agonista do receptor toll like 4, para obter uma visão geral das respostas a vírus e bactérias. Os perfis de expressão gênica serão medidos usando RNA-seq. |
Linha de base
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Diversidade genética e epigenética da população amazônica
Prazo: Linha de base
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Usando a saliva dos participantes como fonte de DNA, realizaremos o sequenciamento do genoma completo (WGS) com cobertura de 8-10x.
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Linha de base
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Impacto das exposições microbianas na resposta imune
Prazo: Linha de base
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A exposição viral será caracterizada nos 300 doadores por meio de uma nova ferramenta chamada "VirScan", que identifica anticorpos contra >600 patógenos e alérgenos, incluindo vírus (>1.200 cepas virais) altamente prevalentes na Amazônia, como dengue, hepatite B/C/D ou vírus Mayaro.
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Linha de base
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Variantes genéticas associadas à resposta transcricional à ativação imune e variação da metilação do DNA
Prazo: Linha de base
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Avaliaremos os fatores genéticos do hospedeiro que controlam as respostas transcricionais e os níveis de DNA metilado por meio do mapeamento de loci de traços quantitativos de expressão e metilação (eQTL e eQTLs metilados, respectivamente).
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Linha de base
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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História demográfica e mestiça da população amazônica
Prazo: Linha de base
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Usando a saliva dos participantes como fonte de DNA, realizaremos o sequenciamento do genoma completo (WGS) com cobertura de 8-10x.
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Linha de base
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Papel da seleção natural na formação da variação da resposta imune na Amazônia
Prazo: Linha de base
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Empregaremos uma abordagem de enriquecimento para testar se eQTLs, associados a tipos de células ou condições específicas, foram preferencialmente alvo de seleção.
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Linha de base
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Publicações e links úteis
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Estimado)
Conclusão Primária (Estimado)
Conclusão do estudo (Estimado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Outros números de identificação do estudo
- 210828
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Dados/documentos do estudo
-
Protocolo de estudo
Comentários informativos: Link do Google drive para visualizar o protocolo de estudo em espanhol e inglês
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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