Podejścia genomowe do analizy interakcji między ludzkim żywicielem a patogenem w amazońskim lesie deszczowym (PATHO-NAT)
To badanie obserwacyjne ma na celu scharakteryzowanie, za pomocą podejścia multiomicznego, wpływu genetyki żywiciela i środowiska patogennego na zmienność odpowiedzi immunologicznej u rdzennych mieszkańców Amazonii w porównaniu z amazończykami z Mestizo, populacją znacznie niedostatecznie reprezentowaną w badaniach genomicznych.
Od uczestników zostaną pobrane różne próbki, m.in. krew, mocz, ślina itp. Z próbki krwi pobrane zostaną jednojądrzaste komórki krwi obwodowej, które dadzą nam informacje o różnicach w zmienności odpowiedzi immunologicznej populacji Amazonii. Z pozostałych próbek będziemy mogli uzyskać dodatkowe informacje na temat czynników ryzyka związanych z różnicą w odpowiedzi immunologicznej uczestników.
Przegląd badań
Status
Warunki
Szczegółowy opis
Lasy deszczowe Amazonii charakteryzują się niekorzystnymi warunkami klimatycznymi i dużą różnorodnością mikroorganizmów chorobotwórczych, które w konsekwencji generowałyby selektywną presję na odpowiedź immunologiczną człowieka, co ma duży wpływ na śmiertelność. Niektóre z najlepiej scharakteryzowanych przykładów adaptacji genetycznej człowieka były związane z infekcjami; na przykład allele powodujące anemię sierpowatą, talasemię i malarię. Ponadto wprowadzenie chorób zakaźnych ze „starego świata” podczas hiszpańskiej kolonizacji w XV wieku i urbanizacja Amazonii w ciągu ostatnich kilku stuleci również wygenerowały szybką adaptację, która może napędzać zmienność odpowiedzi immunologicznej. Jednak mechanizmy ewolucyjne, które przyczyniły się do przystosowania obrony człowieka przed wspomnianymi zjawiskami i zdarzeniami w tym regionie są słabo poznane. Z tego powodu badanie tych ludzkich mechanizmów genetycznych w rodzimych populacjach pozwoliłoby nam zidentyfikować nowe geny, które byłyby związane z odpornością na infekcje, a także zbadać oznaki szybkiej adaptacji do środowiska, na które populacje amazońskie były narażone przez całą swoją historię .
Proponujemy zbadanie zmienności układu odpornościowego w populacjach amazońskich, wspólnie badając stopień zróżnicowania z różnymi podejściami: genomowym, epigenomicznym i transkryptomicznym żywiciela oraz ekspozomu wirusowego, biorąc pod uwagę cechy socjodemograficzne i choroby współistniejące, które mogą kształtować odpowiedź immunologiczna. Badanie to zapewni nowy wgląd w warianty ludzkiego genomu, które wpływają na odpowiedź immunologiczną, zwiększając w ten sposób nasze zrozumienie etiologii i podatności na choroby o podłożu immunologicznym, głównie tropikalne choroby zakaźne. Ponieważ badania genetyczne ludzi są niedostatecznie reprezentowane w populacjach rdzennych Amerykanów, zdobyta wiedza zmniejszyłaby istniejące nierówności w wiedzy zdrowotnej między populacjami rdzennymi i nie-rdzennymi.
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Meddly Santoalla, PhD
- Numer telefonu: +51 914068043
- E-mail: meddly.santolalla.r@upch.pe
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Osoby powyżej 18 roku życia, które wyrażą zgodę na udział w badaniu i podpiszą świadomą zgodę
- Ludzie, których rodzice i dziadkowie urodzili się w peruwiańskiej Amazonii.
- Dla wolontariuszy ze społeczności tubylczych, których rodzice i dziadkowie należą do tej samej społeczności tubylczej.
Kryteria wyłączenia:
- Osoby, które nie chcą pobrać 40 ml krwi
- Osoby, które przechodzą chorobę przebiegającą z gorączką (gorączka w ciągu ostatnich 5 dni do daty zapisania).
- Kobiety w ciąży
- Osoby powyżej 65 roku życia
- Kobiety karmiące piersią.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
|---|
|
Rdzenna grupa amazońska
Mieszkańcy Amazonii należący do rdzennej społeczności zamieszkującej peruwiańską Amazonię
|
|
Miejska amazońska grupa metysów
Amazońscy metysi mieszkający w dzielnicy miejskiej w peruwiańskiej Amazonii
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Geny wykazujące różne profile transkrypcyjne i wzór metylacji w zależności od środowiska, pochodzenia genetycznego i wcześniejszej ekspozycji na wirusy
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Zmierzymy profile ekspresji całego genomu w komórkach jednojądrzastych krwi obwodowej po 6-godzinnej stymulacji: (i) wirusem dengi, głównym obciążeniem dla zdrowia publicznego w regionie, (ii) gardikwimodem, związkiem imidazochinoksaliny, który aktywuje receptor Toll-podobny 7/ płatny receptor 8, zdolny do wykrywania wirusów i patogenów wewnątrzkomórkowych; oraz (iii) lipopolisacharyd, agonista receptora typu 4, w celu uzyskania ogólnego obrazu odpowiedzi na wirusy i bakterie. Profile ekspresji genów będą mierzone przy użyciu RNA-seq. |
Linia bazowa
|
|
Zróżnicowanie genetyczne i epigenetyczne populacji amazońskiej
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Wykorzystując ślinę uczestników jako źródło DNA, przeprowadzimy sekwencjonowanie całego genomu (WGS) przy 8-10-krotnym pokryciu.
|
Linia bazowa
|
|
Wpływ ekspozycji drobnoustrojów na odpowiedź immunologiczną
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Wirusowy eksposom zostanie scharakteryzowany u 300 dawców za pomocą nowego narzędzia o nazwie „VirScan”, które identyfikuje przeciwciała przeciwko ponad 600 patogenom i alergenom, w tym wirusom (>1200 szczepów wirusowych) bardzo rozpowszechnionym w Amazonii, takim jak denga, zapalenie wątroby wirus B/C/D lub Mayaro.
|
Linia bazowa
|
|
Warianty genetyczne związane z odpowiedzią transkrypcyjną na aktywację immunologiczną i zmienność metylacji DNA
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Ocenimy czynniki genetyczne gospodarza kontrolujące odpowiedzi transkrypcyjne i poziomy zmetylowanego DNA poprzez mapowanie loci cech ilościowych ekspresji i metylacji (odpowiednio eQTL i metylowane eQTL).
|
Linia bazowa
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Historia demograficzna i domieszkowa populacji amazońskiej
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Wykorzystując ślinę uczestników jako źródło DNA, przeprowadzimy sekwencjonowanie całego genomu (WGS) przy 8-10-krotnym pokryciu.
|
Linia bazowa
|
|
Rola doboru naturalnego w kształtowaniu zmienności odpowiedzi immunologicznej u Amazonek
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Zastosujemy podejście wzbogacania, aby sprawdzić, czy eQTL, związane z określonymi typami komórek lub stanami, zostały preferencyjnie ukierunkowane przez selekcję.
|
Linia bazowa
|
Współpracownicy i badacze
Współpracownicy
Publikacje i pomocne linki
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Szacowany)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Inne numery identyfikacyjne badania
- 210828
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Badanie danych/dokumentów
-
Protokół badania
Komentarze do informacji: Link do dysku Google do wizualizacji protokołu badania w języku hiszpańskim i angielskim
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .