反応を評価するための上部消化管腫瘍のバイオバンキング (ベーコン入りバーガー)

この研究は 3 つのコホートに分割されます。1) コホート A。免疫チェックポイント阻害剤または化学療法単独による治療前に被験者を登録します。 2) コホート B: Pro00059349 に基づいて黒色腫患者から収集されたサンプルを分析します。 3) コホート C、データおよびアーカイブされた組織の収集を可能にする遡及的部分。

コホートA: ICIで治療されたGE被験者

参加対象は、免疫療法不適格コホートの場合、免疫チェックポイント阻害剤または化学療法単独を含むレジメンによる治療を開始する前に登録される。 保存されているホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）腫瘍組織は、入手可能な場合はすべての被験者から収集されます。 安全な生検が可能な病変がある場合、患者はオプションで新鮮な研究のみの生検を受け、その後の研究のために凍結されます。 さらに、患者が研究中に行われる標準治療の生検から余分な組織が収集され、急速冷凍される場合があります。 これらの患者に対する客観的な反応評価は、標準治療の CT または MRI 断面画像に基づいた MD 評価によって行われます。 血液および/または組織標本は、以下の時点で適宜採取されます。

ベースライン (前処理):

患者は研究用の採血を受けます。 被験者が同意後、抗PD-1療法を開始する前に標準治療の生検を受ける場合、研究目的でこの生検から組織を採取するあらゆる試みが行われます。 この期間中に患者に標準治療の生検が予定されていない場合は、採血のみが行われます。

治療中:

患者は、最初の再ステージングスキャン時に抗PD-1療法を受けている間に、オプションで研究用組織生検と研究用採血を受けることになります。 患者は、抗PD-1療法を受けている間に、2回目の再ステージングスキャン時に再度研究採血を受ける予定です。 以前に生検された病変は、治療生検で優先されます。 放射線療法を受けた組織はサンプリングの対象とはなりません。 安定した疾患または反応の証拠がある患者は、PI の裁量により、2 回目の病期分類スキャンを超えた時点で再採血を受ける場合があります。 患者が 12 か月を超えて抗 PD-1 療法を受け続ける場合、PI は 12 か月の治療後に追加の採血を要求する場合があります。

治療後：

毒性または病気の進行により抗 PD-1 療法が中止される場合、患者は採血を受けます。 患者が進行時に標準治療の生検を受けている場合、この生検からの余剰組織が研究のために採取されます。

サンプルの取得、処理、および保管:

保存されたホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）腫瘍組織は、すべての被験者から収集されます（入手可能な場合）。 利用可能な組織ブロックが評価され、IHC、DNA、RNA 抽出のために最大 40 枚のスライドが収集されます。 治療中の腫瘍生検は、安全な生検が可能な腫瘍病変を有する患者にのみ実施され、急速冷凍されます。 凍結検体は、全腫瘍 RNA とその後の転写分析のために処理されます。 外部機関に保管されていると特定されたこれらの組織標本は、研究チームによって要請され、ハンクス研究室に保管されます。 腫瘍組織スライドには、認定病理学者による病理学的検査が必要であり、スライドあたり推定最小 10% の腫瘍組織が確認されます。

利用可能な組織が枯渇する結果となる組織ブロックの使用は、患者がもう生きていないことが確認されない限り避けられます。

全血を含む患者検体は、デュークがんセンター研究所 (CCRL) 内で収集および処理されます。 4 本の 10 mL EDTA チューブは、ダブルスピンされた貧血小板血漿および末梢血単核球 (PBMC) に使用されます。 4 本の 10 mL EDTA チューブすべてをバフィーコートの分離に使用します。 ゲノム DNA 単離のためのこの準備中に収集されたバフィーコートは、将来のゲノム DNA 配列決定研究のためにハンクス研究所 (LSRC、C164-167) に輸送され、-80°C で保管されます。 血漿は分離され、その後の複数分析物の ELISA 研究、ctDNA 分析、ctRNA 分析、および/またはエキソソームの分離と分析のためにハンクス研究所で -80°C で保存されます。 PBMC には 3 本の 8.5 mL ACD チューブが使用されます。 これらは、Substrate Services Core and Research Support (SSCRS) によって処理および保存されます。 PBMC は、ケント・ワインホールド博士の指導の下、デューク免疫プロファイリング・コア施設によって分析されます。

提案された研究:

1. コホート A には最大 70 人の患者が登録されます。

2. 血液検体は以下について検査される場合があります。

   1. 血漿 EDTA サンプルは、循環腫瘍 DNA のゲノム プロファイリングのために外部の協力者に送信される場合があります。 代わりに CLIA 認定の循環腫瘍 DNA アッセイを検討することもできます。
   2. 免疫機能、炎症、血管新生および血管活性化の循環タンパク質バイオマーカーは、マルチプレックス ELISA アッセイによって分析されます。
   3. PBMC サンプルは、Duke Immune Profiling Core (DIPC) 研究室で高次元フローサイトメトリーを使用して免疫細胞のサブタイプを分析されます。 28 パラメーターのフローサイトメトリー パネルを使用して、T 細胞の活性化、成熟、枯渇、制御性 T 細胞 (Treg) や多形核など、治療によって変化すると予想される免疫細胞のサブタイプの変化を分析します。骨髄由来サプレッサー細胞 (PMN-MDSC) の頻度。
3. 応答者と非応答者の間の血液ベースの分析物が比較されます。 サンプルサイズが小さいため、結果は説明的なものになります。

4. 臨床データおよび人口統計データ (コホート A および C) は、以下を含むがこれらに限定されない、各被験者の医療記録から抽出されます。

   1. 年
   2. 性別
   3. 人種
   4. 郵便番号
   5. 以前の治療の数
   6. 標準治療および治験治療による臨床転帰（最良の反応、反応期間、中止の理由）
   7. 免疫チェックポイント阻害剤療法の臨床転帰（最良の反応、反応期間、中止の理由）
   8. 血液ベースおよび組織ベースのプロファイリング研究の結果
   9. 抗 PD-1 療法に対する感受性または耐性を予測する可能性のある分子マーカー（腫瘍変異負荷、PD-L1、MSI ステータス、POLE ステータスなどを含むがこれらに限定されない）
5. このプロトコルに基づいて登録された患者が、Duke Health 病院システムに移行する前に Duke Health 病院システム外の病院で生検を実施および保管していた場合、組織標本 (コホート A および C) は外部の病院から取得される場合があります。
6. 新鮮な凍結組織標本（コホート A のみ）から RNA が抽出され、下流転写解析が実行されます。 利用可能な組織ブロックが評価され、RNA 抽出のために最大 40 枚のスライドが収集され、新鮮な組織が利用できない場合にはバルク腫瘍トランスクリプトームを決定するための下流処理が行われます。

コホートB: ICIで治療された黒色腫被験者

Pro00059349 に基づいて収集されたサンプルは、次のグループの被験者から採取されました。

1. アーム 1 - 免疫療法の開始前に登録したステージ IV/切除不能なステージ III 黒色腫患者。

2. アーム 2 - ステージ III/IV のアジュバント黒色腫患者

   両腕の被験者は医療記録からデータを収集しており、今後も収集する可能性があります。 情報は Pro00059349 に基づいて収集され、このプロトコルに基づいて引き続き監視される可能性があります。

   コホート C: アーカイブされた組織の遡及的同定と収集 DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) ソフトウェア ツールは、デューク大学医療センターで抗 PD-1 抗体免疫療法が開始された胃食道腺癌、扁平上皮細胞、黒色腫の患者を特定するために利用されます。 2011年1月1日から2023年8月31日までのデュークがん研究所と、同期間に化学療法を受けた免疫療法の対象外となった患者。 抗 PD-1 抗体療法には、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、または別のチェックポイント阻害剤が含まれます。 患者は治療開始時に18歳以上である必要があります。 これらの患者に対する客観的な反応評価は、標準治療週 12 の CT または PET CT 断面画像に基づいて行われます。 これらの患者については、追加の対応する病歴が収集され、データベース化されます。 これには、人口統計、疾患の原発部位と転移部位、以前の病状、がん治療が含まれますが、これらに限定されません。 組織ブロックと病歴は、収集が最小限のリスク活動を表しており、遡及的に特定された患者に同意するのは現実的ではないため、この遡及的要素の同意放棄に従ってのみ取得されます。 アーカイブされた組織コレクションはコホート A と同じになります。

   スクリーニング期間 スクリーニング期間中、被験者は研究のために同意され、スクリーニングされます。 この研究の適格性を判断する目的のみで行われるスクリーニング手順を開始する前に、インフォームドコンセントを取得する必要があります。 インフォームドコンセントの前にルーチンケアの一環として実施される評価は、定められたスクリーニング期間内に実施され、かつ現地の治験審査委員会（IRB）/独立倫理委員会（IEC）の方針によって許可されている場合には、スクリーニング評価とみなすことができます。 研究の適格性は、採血および/または生検が実施される前に、対象基準をすべて満たし、除外基準 (セクション 4.0 を参照) をいずれも満たさないことに基づいています。

   以下の研究手順は、採血および/または生検の前 28 日以内に行う必要があります。

   • インフォームドコンセント
   • 人口動態
   • 病歴とがんの病歴
   • 併用薬
   • 標準治療の生検による過剰な組織採取。該当する場合、安全かつ実行可能である。 スクリーニング期間は、採血または生検の時点、または対象が研究に不適格であるとの最終決定の時点で終了する。

   5.1.1 学習期間について

   • チェックポイント阻害剤または化学療法を開始する前

     • 採血

       • 4 x 10 mL EDTA チューブに合計約 40 cc
       • 3 x 8.5 mL ACD チューブに合計約 25.5 cc

   • 1 回目と 2 回目の再ステージングから +/- 7 日以内

     o 採血

     • 4 x 10 mL EDTA チューブに合計約 40 cc
     • 3 x 8.5 mL ACD チューブに合計約 25.5 cc
     • オプションの腫瘍生検（最初の再ステージングのみ）
     • 生検前の PT/INR (1 回目の再検査のみ)
     • 生検前の CBC (1 回目の再ステージングのみ)

   • PI のリクエストによる追加の再ステージング訪問から +/- 7 日以内

     o 採血

     • 4 x 10 mL EDTA チューブに合計約 40 cc
     • 3 x 8.5 mL ACD チューブに合計約 25.5 cc

   • 治療中はいつでも

     o 患者が治療中に標準治療の生検を受けている場合、安全かつ実行可能であれば、この生検からの余剰組織が研究のために採取されます。

     o 臨床データは、研究期間中の一連のチェックポイント阻害剤療法または化学療法の完了後 3 か月まで、各被験者の医療記録 (セクション 3.0 に従って) から抽出されます。

   • 毒性または進行のために抗 PD-1 療法を中止してから +/- 7 日以内 o 採血 - 4 x 10 mL EDTA チューブに合計約 40 cc

     • 3 x 8.5 mL ACD チューブに合計約 25.5 cc。 o 患者が進行時に標準治療の生検を受ける場合、この生検からの余剰組織が研究のために採取されます。

       • 患者が完全奏効（CR）のために免疫療法を中止した場合、採血は中止時とその後の2回のSOC再ステージング来院時、または進行までのいずれか早い方で行われます。

   • 学習の終了

     • 利用可能な場合は、研究終了時にすべての被験者からアーカイブされた FFPE 組織が取得されます。

   コホート B コホート B のサンプル収集は Pro00059349 に基づいて完了しました。 分析は進行中であり、このプロトコルに基づいて継続されます。 コホート B に登録される新しい被験者も、これらの被験者から収集される新しいサンプルもありません。 ただし、電子医療記録からのデータは引き続き収集されます。

   コホートC 遡及コホートの対象は上記のように特定されます。 研究者は、同意の放棄の下​​でこれらの被験者を登録し、セクション 3.0 に記載されているデータを収集し、アーカイブされた組織を入手します。 これらの科目については、個別のスクリーニングや準備期間はありません。

   被験者の中止

   対象者の追跡は、免疫チェックポイント阻害剤による治療が完了し、最終的な血液および組織サンプルが収集されるまで継続される。 ただし、被験者はいつでも、害を与えることなく研究治療を中止したり、研究参加への同意を撤回したりすることができます。 Pro0059349 への同意を撤回した被験者も、そのサンプルとデータがこの研究から撤回されます。 治験の中止または中止の理由はすべて記録されます。 研究者による被験者の中止の理由には以下が含まれますが、これらに限定されません。

   • 死

   • 被験者または研究者による重大な不遵守

   • 参加を継続することがもはや安全ではない、および/または被験者の最善の利益にならないと研究者または主任研究者が判断した場合

   • 同意の撤回
   • フォローアップに失敗しました
   • 妊娠中または授乳中の女性
   • 規制当局による、プロトコールに基づく個々の対象またはすべての対象の治療の中止の要求。