Biobanking af øvre gastrointestinale tumorer for at evaluere respons (BURGER med BACON)

Studiet vil blive opdelt i tre kohorter: 1) Kohorte A, som vil optage forsøgspersoner forud for behandling med en immun checkpoint-hæmmer eller kemoterapi alene; 2) Kohorte B, som vil analysere prøver indsamlet fra melanompatienter under Pro00059349; og 3) kohorte C, en retrospektiv del, der giver mulighed for indsamling af data og arkiveret væv;

Kohorte A: GE-individer behandlet med ICI

Deltagende forsøgspersoner vil blive tilmeldt før påbegyndelse af behandling med et regime, der inkluderer en immuncheckpoint-hæmmer eller kemoterapi alene i tilfælde af den immunterapi-ikke-kvalificerede kohorte. Arkiveret formalinfikseret paraffinindlejret (FFPE) tumorvæv vil blive indsamlet for alle forsøgspersoner, hvis det er tilgængeligt. Patienter vil få en valgfri frisk forskningsbiopsi, hvis der er en læsion, der er modtagelig for sikker biopsi, som vil blive frosset til yderligere undersøgelser. Derudover kan overskydende væv opsamles og flashfryses fra standardbehandlingsbiopsier, der forekommer, mens patienten er i undersøgelse. Objektive responsvurderinger for disse patienter vil blive foretaget ved MD vurdering, baseret på standard-of-care CT eller MR tværsnitsbilleddannelse. Blod- og/eller vævsprøver vil blive taget i overensstemmelse hermed på følgende tidspunkter:

Baseline (forbehandling):

Patienterne vil gennemgå en forskningsblodprøve. Hvis forsøgspersonen modtager en standardbehandlingsbiopsi efter samtykke, men før anti-PD-1-behandling påbegyndes, vil der blive gjort ethvert forsøg på at indsamle væv fra denne biopsi til forskningsformål. Hvis patienten ikke er planlagt til standardbehandlingsbiopsi i denne periode, vil de kun gennemgå blodprøvetagning.

Under behandlingen:

Patienterne vil gennemgå en valgfri forskningsvævsbiopsi og en forskningsblodudtagning, mens de er i behandling med anti-PD-1-terapi på tidspunktet for deres første genopfyldningsscanning. Patienten vil gennemgå endnu en forskningsblodprøve, mens han er i anti-PD-1-behandling på tidspunktet for deres anden genopfyldningsscanning. Læsioner, der tidligere er biopsieret, vil blive prioriteret til behandlingsbiopsi. Eventuelt væv, der har været udsat for strålebehandling, vil ikke komme i betragtning til prøveudtagning. De patienter, der har tegn på stabil sygdom eller respons, kan efter PI's skøn gennemgå en gentagen blodprøvetagning på tidspunkter ud over den anden stadiescanning. Hvis patienter forbliver på anti-PD-1-behandling i mere end 12 måneder, kan PI anmode om yderligere blodudtagninger efter 12 måneders behandling.

Efter behandling:

På tidspunktet for afbrydelse af anti-PD-1-behandling på grund af toksicitet eller sygdomsprogression, vil patienten gennemgå en blodprøve. Hvis patienten har en standardbehandlingsbiopsi ved progression, vil overskydende væv fra denne biopsi blive indhentet til forskning.

Prøveanskaffelse, behandling og opbevaring:

Arkiveret formalinfikseret paraffinindlejret (FFPE) tumorvæv vil blive indsamlet for alle forsøgspersoner (hvis tilgængeligt). Tilgængelige vævsblokke vil blive vurderet, og op til 40 objektglas vil blive indsamlet til IHC-, DNA- og RNA-ekstraktion. Tumorbiopsier under behandling vil kun blive udført på patienter, der har en tumorlæsion, der er modtagelig for sikker biopsi, og vil blive lynfrosset. Frosne prøver vil blive behandlet til hel tumor-RNA og efterfølgende transkriptionel analyse. De arkiverede vævsprøver, der er identificeret som værende placeret på eksterne institutioner, vil blive anmodet af undersøgelsesteamet og opbevaret i Hanks lab. Tumorvævsglas vil kræve patologisk gennemgang af en bestyrelsescertificeret patolog, og et anslået minimum 10 % af tumorvævet pr. objektglas vil blive bekræftet.

Brug af vævsblokke, der ville resultere i udmattelse af tilgængeligt væv, vil blive undgået, medmindre det bekræftes, at patienten ikke længere lever.

Patientprøver, der indeholder fuldblod, vil blive indsamlet og behandlet i Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Fire 10 mL EDTA-rør vil blive brugt til dobbeltspundne, blodpladefattige plasma og perifere mononukleære blodceller (PBMC). Alle fire 10 mL EDTA-rør vil blive brugt til buffy coat-isolering. Den buffy coat indsamlet under denne forberedelse til genomisk DNA-isolering vil blive transporteret og opbevaret ved -80°C i Hanks Laboratory (LSRC, C164-167) til fremtidige genomiske DNA-sekventeringsundersøgelser. Plasma vil blive isoleret og opbevaret ved -80°C i Hanks Laboratory til efterfølgende multi-analyt ELISA-undersøgelser, ctDNA-analyse, ctRNA-analyse og/eller exosom-isolering og -analyse. Tre 8,5 ml ACD-rør vil blive brugt til PBMC'er. Disse vil blive behandlet og opbevaret af Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). PBMC'er vil blive analyseret af Duke Immune Profiling Core-faciliteten under ledelse af Dr. Kent Weinhold.

Foreslået forskning:

1. Op til 70 patienter vil blive indskrevet i kohorte A.

2. Blodprøver kan undersøges for:

   1. Plasma-EDTA-prøver kan sendes til en ekstern samarbejdspartner til genomisk profilering af cirkulerende tumor-DNA. Alternative CLIA-certificerede cirkulerende tumor-DNA-analyser kan overvejes.
   2. Cirkulerende proteinbiomarkører for immunfunktion, inflammation, angiogenese og vaskulær aktivering vil blive analyseret ved multiplex ELISA-assays.
   3. PBMC-prøver vil blive analyseret for immuncellesubtypebestemmelse ved hjælp af højdimensionel flowcytometri i Duke Immune Profiling Core (DIPC) laboratoriet. Et flowcytometripanel på 28 parametre vil blive brugt til at analysere ændringer i de immuncelleundertyper, der forventes at blive ændret ved behandling, herunder T-celleaktivering, modning og udmattelse, samt regulatorisk T-celle (Treg) og polymorfonukleær myeloid-afledte suppressorceller (PMN-MDSC) frekvenser.
3. Blodbaserede analytter mellem respondere og ikke-respondere vil blive sammenlignet. På grund af den lille stikprøvestørrelse vil resultaterne være beskrivende.

4. Kliniske og demografiske data (kohorte A og C) vil blive udtrukket fra lægejournalen for hvert individ, herunder, men ikke begrænset til, følgende:

   1. Alder
   2. Køn
   3. Race
   4. Postnummer
   5. Antal tidligere behandlinger
   6. Kliniske resultater fra standard- og undersøgelsesterapier (bedste respons, varighed af respons og årsag til seponering)
   7. Kliniske resultater fra immuncheckpoint-hæmmerbehandlinger (bedste respons, varighed af respons og årsag til seponering)
   8. Resultater af blodbaserede og vævsbaserede profileringsundersøgelser
   9. Molekylære markører, der kan forudsige følsomhed eller resistens over for anti-PD-1-terapi, herunder men ikke begrænset til tumormutationsbyrde, PD-L1, MSI-status, POLE STATUS
5. Vævsprøver (kohorte A og C) kan erhverves fra eksterne hospitaler i tilfælde, hvor patienter, der er indskrevet i henhold til denne protokol, har fået udført biopsier og opbevaret på hospitaler uden for Duke Health-hospitalsystemet, før de skifter pleje til Duke.
6. Frisk frosne vævsprøver (kun kohorte A) vil blive ekstraheret til RNA, og nedstrøms transkriptionel analyse vil blive udført. Tilgængelige vævsblokke vil blive vurderet, og op til 40 objektglas vil blive indsamlet til RNA-ekstraktion og yderligere nedstrømsbehandling for at bestemme bulk tumortranskriptom, når frisk væv ikke er tilgængeligt.

Kohorte B: Melanompatienter behandlet med ICI

Prøver indsamlet under Pro00059349 kom fra forsøgspersoner i følgende grupper:

1. Arm 1 - trin IV/ ikke-operable trin III melanompatienter, der blev tilmeldt før start af immunterapi.

2. Arm 2 - Stadium III/IV adjuverende melanompatienter

   Forsøgspersoner i begge arme havde og kan fortsat have data indsamlet fra deres lægejournaler. Oplysninger blev indsamlet under Pro00059349 og kan fortsat overvåges under denne protokol.

   Kohorte C: Retrospektiv identifikation og indsamling af arkiveret væv. DEDUCE-softwareværktøjet (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) vil blive brugt til at identificere patienter med gastroøsofagealt adenokarcinom eller pladecelle- eller melanom initieret på anti-PD-1 antistof immunterapi på Duke University Medical Center og Duke Cancer Institute mellem 1. januar 2011 og 31. august 2023 og patienter, der ikke var berettigede til immunterapi, som modtog kemoterapi i samme tidsrum. Anti-PD-1 antistofbehandlinger vil omfatte pembrolizumab, nivolumab eller en anden checkpoint-hæmmer. Patienter skal være ≥18 år på tidspunktet for påbegyndelse af behandlingen. Objektive responsvurderinger for disse patienter vil blive lavet baseret på standard-of-care uge 12 CT eller PET CT tværsnitsbilleddannelse. Yderligere tilsvarende sygehistorie vil blive indsamlet og databaseret for disse patienter. Dette omfatter, men er ikke begrænset til, demografi, sygdoms primære og metastatiske steder, tidligere medicinske tilstande og kræftbehandling. Vævsblokeringer og sygehistorie vil kun blive indhentet i henhold til en afkald på samtykke for denne retrospektive komponent, da indsamlingen repræsenterer en minimal risikoaktivitet, og det ikke er muligt at give samtykke til patienter, der blev identificeret retrospektivt. Arkiveret vævsindsamling vil være den samme som for kohorte A.

   Screeningsperiode I løbet af screeningsperioden gives forsøgspersoner samtykke og screenes til undersøgelsen. Informeret samtykke skal indhentes før påbegyndelse af enhver screeningsprocedure, der udføres udelukkende med det formål at bestemme berettigelse til denne undersøgelse. Evalueringer udført som en del af rutinepleje før informeret samtykke kan betragtes som screeningsevalueringer, hvis de udføres inden for den definerede screeningsperiode, og hvis det er tilladt af det lokale Institutional Review Board (IRB)/Independent Ethics Committee (IEC) politikker. Studieberettigelse er baseret på opfyldelse af alle inklusionskriterierne og ingen af ​​eksklusionskriterierne (se afsnit 4.0), før blodprøverne og/eller biopsierne udføres.

   Følgende undersøgelsesprocedurer skal udføres inden for 28 dage før blodprøvetagning og/eller biopsi:

   • Informeret samtykke
   • Demografi
   • Medicinsk og kræfthistorie
   • Samtidig medicin
   • Opsamling af overskydende væv fra standardbehandlingsbiopsi; hvis det er relevant, sikkert og muligt. Screeningsperioden slutter på tidspunktet for blodprøvetagningen eller biopsien eller den endelige konstatering af, at forsøgspersonen ikke er kvalificeret til undersøgelsen.

   5.1.1 Om studieperiode

   • Før start af checkpoint inhibitor eller kemoterapi

     • Blod trækker

       • Cirka 40 cc i alt i 4 x 10 ml EDTA-rør
       • Cirka 25,5 cc i alt i 3 x 8,5 ml ACD-rør

   • Inden for +/- 7 dage efter 1. og 2. genoptagelse

     o Blodet trækker

     • Cirka 40 cc i alt i 4 x 10 ml EDTA-rør
     • Cirka 25,5 cc i alt i 3 x 8,5 ml ACD-rør
     • Valgfri tumorbiopsi (kun 1. genoptagelse)
     • PT/INR før biopsi (kun 1. genoptagelse)
     • CBC før biopsi (kun 1. genoptagelse)

   • Inden for +/- 7 dage efter yderligere genopbygningsbesøg på PI-anmodning

     o Blodet trækker

     • Cirka 40 cc i alt i 4 x 10 ml EDTA-rør
     • Cirka 25,5 cc i alt i 3 x 8,5 ml ACD-rør

   • Når som helst under behandling

     o Hvis patienten har en standardbehandlingsbiopsi på noget tidspunkt under behandling, vil overskydende væv fra denne biopsi blive indhentet til forskning, hvis det er sikkert og muligt.

     o Kliniske data vil blive ekstraheret fra journalen (ih. afsnit 3.0) for hvert forsøgsperson indtil 3 måneder efter afslutningen af ​​en linje med checkpoint-hæmmerbehandling eller kemoterapi under undersøgelsen.

   • Inden for +/- 7 dage efter afbrydelse af anti-PD-1-behandling for toksicitet eller progression o Blodudtagninger - Ca. 40 cc i alt i 4 x 10 mL EDTA-rør

     • Ca. 25,5 cc i alt i 3 x 8,5 mL ACD-rør o Hvis patienten har en standardbehandlingsbiopsi ved progression, vil overskydende væv fra denne biopsi blive indhentet til forskning.

       • Hvis patienten ophører med immunterapi for fuldstændig respons (CR), vil der ske blodudtagninger på tidspunktet for seponering og under 2 efterfølgende SOC re-stadiebesøg eller indtil progression, alt efter hvad der kommer først.

   • Slut på studiet

     • Hvis det er tilgængeligt, vil arkiveret FFPE-væv blive opnået fra alle forsøgspersoner ved afslutningen af ​​undersøgelsen

   Kohorte B Prøveindsamling for kohorte B blev afsluttet under Pro00059349. Analyse er i gang og vil fortsætte under denne protokol. Der vil ikke være nye forsøgspersoner tilmeldt kohorte B, og der vil heller ikke blive indsamlet nye prøver fra disse emner. Der vil dog fortsat blive indsamlet data fra deres elektroniske journaler.

   Kohorte C Emner for den retrospektive kohorte vil blive identificeret som beskrevet ovenfor. Efterforskerne vil indskrive disse forsøgspersoner under et afkald på samtykke, indsamle de data, der er anført i afsnit 3.0, og indhente arkiveret væv. Der vil ikke være særskilte screenings- eller f/up-perioder for disse fag.

   Afbrydelse af emnet

   Forsøgspersonerne vil fortsætte med at blive fulgt, indtil de afslutter behandling med immuncheckpoint-hæmmere, og de endelige blod- og vævsprøver er indsamlet. Forsøgspersoner kan dog afbryde undersøgelsesbehandlingen eller trække deres samtykke til at deltage i undersøgelsen tilbage til enhver tid uden fordomme. Enhver forsøgsperson, der trækker samtykket til Pro0059349 tilbage, vil også få deres prøver og data trukket tilbage fra denne undersøgelse. Alle årsager til afbrydelse eller tilbagetrækning fra prøveperioden vil blive registreret. Årsager til forsøgspersonens afbrydelse af efterforskeren kan omfatte, men er ikke begrænset til, følgende:

   • Død

   • Betydelig manglende overholdelse af emne eller efterforsker

   • Efterforsker eller ledende PI beslutter, at det ikke længere er sikkert og/eller ikke længere i forsøgspersonens bedste interesse at fortsætte med at deltage

   • Tilbagetrækning af samtykke
   • Tabte til opfølgning
   • Kvinder, der bliver gravide eller ammer
   • Anmodning fra tilsynsmyndigheder om ophør af behandling af et individuelt individ eller alle emner i henhold til protokollen.