Biobanking nádorů horní části trávicího traktu k vyhodnocení reakce (BURGER se SLANINOU)

Studie bude rozdělena do tří kohort: 1) kohorta A, do které budou zařazeni subjekty před léčbou samotným inhibitorem imunitního kontrolního bodu nebo chemoterapií; 2) kohorta B, která bude analyzovat vzorky odebrané pacientům s melanomem pod Pro00059349; a 3) kohorta C, retrospektivní část, která umožní sběr dat a archivované tkáně;

Kohorta A: Subjekty GE léčené ICI

Zúčastněné subjekty budou zařazeny před zahájením léčby režimem, který zahrnuje inhibitor kontrolního bodu imunity nebo samotnou chemoterapii v případě skupiny nezpůsobilé pro imunoterapii. Archivovaná nádorová tkáň fixovaná ve formalínu zalitá v parafínu (FFPE) bude odebrána všem subjektům, pokud je k dispozici. Pacienti budou mít volitelnou čerstvou biopsii pouze v případě, že existuje léze vhodná pro bezpečnou biopsii, která bude zmrazena pro další studie. Navíc může být odebrána a bleskově zmražena přebytečná tkáň z biopsií standardní péče, ke kterým dochází, když je pacient ve studii. Objektivní hodnocení odpovědi u těchto pacientů bude provedeno hodnocením MD na základě standardní péče CT nebo MRI průřezového zobrazení. Vzorky krve a/nebo tkáně budou odebrány v následujících časových bodech:

Základní linie (předběžná léčba):

Pacienti podstoupí výzkumný odběr krve. Pokud subjekt obdrží standardní péči biopsie po souhlasu, ale před zahájením anti-PD-1 terapie, bude učiněn každý pokus o odebrání tkáně z této biopsie pro výzkumné účely. Pokud pacient během tohoto období není naplánován na standardní biopsii, podstoupí pouze odběr krve.

Během léčby:

Pacienti podstoupí volitelnou výzkumnou biopsii tkáně a výzkumný odběr krve při léčbě anti-PD-1 v době jejich prvního restagingového vyšetření. Pacient podstoupí další výzkumný odběr krve během anti-PD-1 terapie v době jejich druhého restagingového vyšetření. Léze, které byly biopsie provedeny dříve, budou upřednostněny při léčebné biopsii. Žádná tkáň, která byla podrobena radiační terapii, nebude brána v úvahu pro odběr vzorků. Ti pacienti, kteří mají známky stabilního onemocnění nebo odpovědi, mohou podstoupit opakovaný odběr krve v časových bodech po druhém stagingu podle uvážení PI. Pokud pacienti zůstávají na léčbě anti-PD-1 déle než 12 měsíců, může PI požádat o další odběry krve po 12 měsících léčby.

Po léčbě:

V době přerušení léčby anti-PD-1 z důvodu toxicity nebo progrese onemocnění bude pacientovi odebrána krev. Pokud má pacient standardní biopsii při progresi, přebytečná tkáň z této biopsie bude získána pro výzkum.

Získávání, zpracování a skladování vzorků:

Všem subjektům bude odebrána archivovaná nádorová tkáň fixovaná ve formalínu zalitá v parafínu (FFPE) (pokud je k dispozici). Dostupné tkáňové bloky budou posouzeny a bude odebráno až 40 preparátů pro extrakci IHC, DNA a RNA. Biopsie nádoru během léčby budou prováděny pouze u pacientů s nádorovou lézí, která je vhodná pro bezpečnou biopsii, a budou bleskově zmraženi. Zmrazené vzorky budou zpracovány pro celou nádorovou RNA a následnou transkripční analýzu. Tyto archivované tkáňové vzorky identifikované jako umístěné v externích institucích si tým studie vyžádá a uloží je v Hanksově laboratoři. Sklíčka s nádorovou tkání budou vyžadovat patologickou kontrolu patologem s certifikací a bude potvrzeno odhadem minimálně 10 % nádorové tkáně na sklíčko.

Použití jakýchkoli tkáňových bloků, které by vedlo k vyčerpání dostupné tkáně, bude zabráněno, pokud se nepotvrdí, že pacient již nežije.

Vzorky pacientů obsahující plnou krev budou odebrány a zpracovány ve výzkumné laboratoři Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Čtyři 10ml EDTA zkumavky budou použity pro dvojitě odstředěnou plazmu chudou na destičky a mononukleární buňky periferní krve (PBMC). Všechny čtyři 10ml zkumavky s EDTA budou použity pro izolaci buffy coat. Buffy coat shromážděný během této přípravy pro izolaci genomové DNA bude transportován a skladován při -80 °C v Hanksově laboratoři (LSRC, C164-167) pro budoucí studie sekvenování genomové DNA. Plazma bude izolována a uložena při -80 °C v Hanksově laboratoři pro následné multianalytové studie ELISA, analýzu ctDNA, analýzu ctRNA a/nebo izolaci a analýzu exosomů. Pro PBMC budou použity tři zkumavky 8,5 ml ACD. Ty budou zpracovány a uloženy Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). PBMC budou analyzovány zařízením Duke Immune Profiling Core pod vedením Dr. Kenta Weinholda.

Navrhovaný výzkum:

1. Do kohorty A bude zařazeno až 70 pacientů.

2. Vzorky krve mohou být vyšetřeny na:

   1. Vzorky plazmy-EDTA mohou být zaslány externímu spolupracovníkovi pro genomové profilování cirkulující nádorové DNA. Lze zvážit alternativní testy DNA cirkulujícího nádoru s certifikací CLIA.
   2. Cirkulující proteinové biomarkery pro imunitní funkci, zánět, angiogenezi a vaskulární aktivaci budou analyzovány pomocí multiplexních testů ELISA.
   3. Vzorky PBMC budou analyzovány na subtypizaci imunitních buněk pomocí vysokorozměrné průtokové cytometrie v laboratoři Duke Immune Profiling Core (DIPC). Panely průtokové cytometrie s 28 parametry budou použity k analýze změn v podtypech imunitních buněk, u kterých se očekává, že budou změněny léčbou, včetně aktivace, zrání a vyčerpání T-buněk, stejně jako regulačních T-buněk (Treg) a polymorfonukleárních. frekvence myeloidních supresorových buněk (PMN-MDSC).
3. Budou porovnány krevní analyty mezi respondéry a non-respondéry. Vzhledem k malé velikosti vzorku budou výsledky popisné.

4. Klinická a demografická data (Kohorty A a C) budou extrahovány z lékařského záznamu pro každý subjekt, včetně, ale bez omezení na následující:

   1. Stáří
   2. Rod
   3. Závod
   4. PSČ
   5. Počet předchozích terapií
   6. Klinické výsledky standardních a zkoumaných terapií (nejlepší odpověď, trvání odpovědi a důvod přerušení)
   7. Klinické výsledky terapií inhibitorem imunitního kontrolního bodu (nejlepší odpověď, trvání odpovědi a důvod přerušení)
   8. Výsledky krevních a tkáňových profilačních studií
   9. Molekulární markery, které mohou predikovat senzitivitu nebo rezistenci k léčbě anti-PD-1, včetně, ale bez omezení na nádorové mutace, PD-L1, MSI status, POLE STATUS
5. Vzorky tkání (Kohorty A a C) lze získat z mimonemocničních zařízení v případech, kdy pacientům zařazeným podle tohoto protokolu byly před převedením péče na Duke provedeny biopsie a uloženy v nemocnicích mimo nemocniční systém Duke Health.
6. Čerstvě zmrazené tkáňové vzorky (pouze kohorta A) budou extrahovány pro RNA a bude provedena následná transkripční analýza. Dostupné tkáňové bloky budou posouzeny a bude odebráno až 40 sklíček pro extrakci RNA a další následné zpracování, aby se určil objemný nádorový transkriptom, když není k dispozici čerstvá tkáň.

Skupina B: Subjekty s melanomem léčené ICI

Vzorky shromážděné v rámci Pro00059349 pocházely od subjektů v následujících skupinách:

1. Rameno 1 – stadium IV/ pacienti s neresekabilním melanomem stadia III, kteří byli zařazeni před zahájením imunoterapie.

2. Rameno 2 – pacienti s adjuvantním melanomem ve stádiu III/IV

   Subjekty v obou ramenech měly a mohou mít nadále shromažďovány údaje ze svých lékařských záznamů. Informace byly shromážděny pod Pro00059349 a mohou být nadále sledovány podle tohoto protokolu.

   Kohorta C: Retrospektivní identifikace a sběr archivované tkáně Softwarový nástroj DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) bude použit k identifikaci pacientů s gastroezofageálním adenokarcinomem nebo dlaždicobuněčným nebo melanomem, u kterých byla zahájena imunoterapie anti-PD-1 protilátkou v lékařském centru Duke University. a Duke Cancer Institute mezi 1. lednem 2011 a 31. srpnem 2023 a pacienty nezpůsobilými k imunoterapii, kteří dostávali chemoterapii ve stejném časovém období. Protilátkové terapie anti-PD-1 budou zahrnovat pembrolizumab, nivolumab nebo jiný inhibitor kontrolního bodu. Pacienti musí být v době zahájení léčby starší 18 let. Objektivní hodnocení odpovědi u těchto pacientů bude provedeno na základě standardní péče ve 12. týdnu CT nebo PET CT průřezového zobrazení. Pro tyto pacienty bude shromážděna a uložena další odpovídající anamnéza. To zahrnuje, ale není omezeno na demografické údaje, primární a metastatická místa onemocnění, předchozí zdravotní stavy a léčbu rakoviny. Tkáňové bloky a anamnéza budou získány na základě Vzdání se souhlasu pro tuto retrospektivní komponentu pouze proto, že odběr představuje aktivitu s minimálním rizikem a není možné udělit souhlas pacientům, kteří byli identifikováni retrospektivně. Archivovaná sbírka tkání bude stejná jako u kohorty A.

   Období skríningu Během období skríninku je subjektům udělen souhlas a jsou pro studii podrobeny screeningu. Před zahájením jakéhokoli screeningového postupu, který se provádí výhradně za účelem stanovení způsobilosti pro tuto studii, je nutné získat informovaný souhlas. Hodnocení prováděná jako součást rutinní péče před informovaným souhlasem mohou být považována za screeningová hodnocení, pokud jsou prováděna v rámci definovaného screeningového období a pokud to povolují zásady místní Institutional Review Board (IRB) / Nezávislé etické komise (IEC). Způsobilost ke studii je založena na splnění všech zařazovacích kritérií a žádného z vylučovacích kritérií (viz část 4.0) před provedením odběrů krve a/nebo biopsií.

   Následující studijní postupy musí být provedeny do 28 dnů před odběrem krve a/nebo biopsií:

   • Informovaný souhlas
   • Demografie
   • Lékařská a onkologická anamnéza
   • Doprovodné léky
   • Odběr nadbytečné tkáně z biopsie standardní péče; pokud je to vhodné, bezpečné a proveditelné Období screeningu končí v době odběru krve nebo biopsie nebo konečného rozhodnutí, že subjekt není způsobilý pro studii.

   5.1.1 Ve studijním období

   • Před zahájením inhibitoru kontrolního bodu nebo chemoterapie

     • Odběry krve

       • Přibližně 40 cm3 celkem ve 4 x 10 ml EDTA zkumavkách
       • Přibližně 25,5 cm3 celkem ve 3 x 8,5 ml ACD zkumavkách

   • Do +/- 7 dnů od 1. a 2. restagingu

     o Odběry krve

     • Přibližně 40 cm3 celkem ve 4 x 10 ml EDTA zkumavkách
     • Přibližně 25,5 cm3 celkem ve 3 x 8,5 ml ACD zkumavkách
     • Volitelná biopsie nádoru (pouze 1. restaging)
     • PT/INR před biopsií (pouze 1. restaging)
     • CBC před biopsií (pouze 1. restaging)

   • Do +/- 7 dnů po dalších návštěvách restagingu na žádost PI

     o Odběry krve

     • Přibližně 40 cm3 celkem ve 4 x 10 ml EDTA zkumavkách
     • Přibližně 25,5 cm3 celkem ve 3 x 8,5 ml ACD zkumavkách

   • Kdykoli během léčby

     o Pokud má pacient kdykoliv během léčby standardní biopsii, bude přebytečná tkáň z této biopsie získána pro výzkum, pokud je to bezpečné a proveditelné.

     o Klinická data budou extrahována z lékařského záznamu (podle části 3.0) pro každý subjekt do 3 měsíců po dokončení linie kontrolní terapie inhibitory nebo chemoterapie během studie.

   • Během +/- 7 dnů od ukončení léčby anti-PD-1 pro toxicitu nebo progresi o Odběry krve – celkem přibližně 40 ml ve 4 x 10 ml EDTA zkumavkách

     • Přibližně 25,5 cm3 celkem ve 3 x 8,5 ml zkumavkách ACD o Pokud má pacient standardní péči biopsie při progresi, přebytečná tkáň z této biopsie bude získána pro výzkum.

       • Pokud pacient přeruší imunoterapii z důvodu kompletní odpovědi (CR), odběry krve proběhnou v době přerušení a během 2 následných návštěv SOC pro opětovné stanovení stadia nebo do progrese, podle toho, co nastane dříve.

   • Konec studia

     • Je-li k dispozici, archivovaná tkáň FFPE bude získána od všech subjektů na konci studie

   Kohorta B Sběr vzorků pro kohortu B byl dokončen pod Pro00059349. Analýza probíhá a bude pokračovat podle tohoto protokolu. Do kohorty B nebudou zařazeni žádní noví jedinci, ani žádné nové vzorky odebrané od těchto subjektů. Údaje z jejich elektronických zdravotních záznamů však budou shromažďovány i nadále.

   Kohorta C Subjekty pro retrospektivní kohortu budou identifikovány tak, jak je popsáno výše. Vyšetřovatelé zapíší tyto subjekty na základě vzdání se souhlasu, shromáždí údaje uvedené v části 3.0 a získají archivovanou tkáň. Pro tyto subjekty nebudou existovat žádné samostatné prověřovací nebo f/up období.

   Ukončení předmětu

   Subjekty budou nadále sledovány, dokud nedokončí léčbu inhibitorem imunitního kontrolního bodu a nebudou odebrány konečné vzorky krve a tkáně. Subjekty však mohou přerušit studijní léčbu nebo odvolat svůj souhlas s účastí ve studii kdykoli bez předsudků. Každému subjektu, který odvolá souhlas s Pro0059349, budou také odebrány vzorky a data z této studie. Všechny důvody pro přerušení nebo odstoupení od zkušebního období budou zaznamenány. Důvody, proč zkoušející ukončil ukončení předmětu, mohou zahrnovat, ale nejsou omezeny na, následující:

   • Smrt

   • Významné nedodržení ze strany subjektu nebo zkoušejícího

   • Zkoušející nebo hlavní PI rozhodnutí, že již není bezpečné a/nebo již není v nejlepším zájmu subjektu pokračovat v účasti

   • Odvolání souhlasu
   • Ztraceno v následování
   • Ženy, které otěhotní nebo kojí
   • Žádost regulačních agentur o ukončení léčby jednotlivého subjektu nebo všech subjektů podle protokolu.