Biobanque de tumeurs gastro-intestinales supérieures pour évaluer la réponse (BURGER avec BACON)

L'étude sera divisée en trois cohortes : 1) Cohorte A, qui recrutera des sujets avant un traitement par un inhibiteur de point de contrôle immunitaire ou une chimiothérapie seule ; 2) Cohorte B, qui analysera les échantillons prélevés sur des patients atteints de mélanome sous Pro00059349 ; et 3) Cohorte C, une partie rétrospective qui permettra la collecte de données et de tissus archivés ;

Cohorte A : sujets GE traités par ICI

Les sujets participants seront inscrits avant de commencer le traitement avec un régime comprenant un inhibiteur de point de contrôle immunitaire ou une chimiothérapie seule dans le cas de la cohorte inéligible à l'immunothérapie. Le tissu tumoral archivé fixé au formol et incorporé en paraffine (FFPE) sera collecté pour tous les sujets si disponible. Les patients subiront une nouvelle biopsie facultative de recherche uniquement s'il existe une lésion se prêtant à une biopsie sûre qui sera congelée pour des études ultérieures. De plus, les tissus excédentaires peuvent être collectés et congelés à partir de biopsies standard de soins effectuées pendant que le patient est à l'étude. Les évaluations de la réponse objective pour ces patients seront effectuées par évaluation MD, basée sur l'imagerie transversale CT ou IRM standard. Des échantillons de sang et/ou de tissus seront prélevés en conséquence aux moments suivants :

Ligne de base (prétraitement) :

Les patients subiront une prise de sang de recherche. Si le sujet reçoit une biopsie standard après avoir consenti mais avant de commencer le traitement anti-PD-1, tout sera fait pour collecter des tissus de cette biopsie à des fins de recherche. Si le patient n'est pas programmé pour une biopsie de soins standard pendant cette période, il subira uniquement une prise de sang.

Pendant le traitement :

Les patients subiront une biopsie tissulaire de recherche facultative et une prise de sang de recherche pendant un traitement thérapeutique anti-PD-1 au moment de leur première analyse de restauration. Le patient subira une autre prise de sang de recherche pendant son traitement anti-PD-1 au moment de sa deuxième analyse de restauration. Les lésions qui ont été biopsiées précédemment seront prioritaires pour la biopsie de traitement. Tout tissu ayant été soumis à une radiothérapie ne sera pas pris en compte pour l'échantillonnage. Les patients qui présentent des signes de maladie ou de réponse stable peuvent subir une nouvelle prise de sang à des moments au-delà de la deuxième analyse de stade, à la discrétion de l'IP. Si les patients restent sous traitement anti-PD-1 pendant plus de 12 mois, l'IP peut demander des prises de sang supplémentaires après 12 mois de traitement.

Après le traitement:

Au moment de l'arrêt du traitement anti-PD-1 en raison d'une toxicité ou d'une progression de la maladie, le patient subira une prise de sang. Si le patient subit une biopsie de soins standard à la progression, l'excès de tissu de cette biopsie sera obtenu pour la recherche.

Acquisition, traitement et stockage des échantillons :

Le tissu tumoral archivé fixé au formol et incorporé en paraffine (FFPE) sera collecté pour tous les sujets (si disponible). Les blocs de tissus disponibles seront évalués et jusqu'à 40 lames seront collectées pour l'extraction IHC, ADN et ARN. Les biopsies tumorales en cours de traitement seront effectuées uniquement sur les patients présentant une lésion tumorale pouvant être biopsiée en toute sécurité et seront congelées. Les échantillons congelés seront traités pour l'ARN de la tumeur entière et une analyse transcriptionnelle ultérieure. Les échantillons de tissus archivés identifiés comme étant situés dans des institutions extérieures seront demandés par l'équipe d'étude et stockés dans le laboratoire Hanks. Les lames de tissu tumoral nécessiteront un examen pathologique par un pathologiste certifié, et un minimum estimé à 10 % de tissu tumoral par lame sera confirmé.

L'utilisation de blocs de tissus qui entraîneraient l'épuisement des tissus disponibles sera évitée à moins qu'il ne soit confirmé que le patient n'est plus en vie.

Des échantillons de patients contenant du sang total seront collectés et traités au sein du Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Quatre tubes EDTA de 10 ml seront utilisés pour le plasma pauvre en plaquettes et les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC). Les quatre tubes EDTA de 10 ml seront utilisés pour l'isolement de la couche leucocytaire. La couche leucocytaire collectée lors de cette préparation pour l'isolement de l'ADN génomique sera transportée et stockée à -80°C au Laboratoire Hanks (LSRC, C164-167) pour de futures études de séquençage de l'ADN génomique. Le plasma sera isolé et stocké à -80 °C dans le laboratoire Hanks pour des études ELISA multi-analytes ultérieures, une analyse de l'ADNc, une analyse de l'ARNct et/ou l'isolement et l'analyse des exosomes. Trois tubes ACD de 8,5 ml seront utilisés pour les PBMC. Ceux-ci seront traités et stockés par le Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). Les PBMC seront analysées par l'installation Duke Immune Profiling Core sous la direction du Dr Kent Weinhold.

Recherche proposée :

1. Jusqu'à 70 patients seront inscrits dans la cohorte A.

2. Les échantillons de sang peuvent être analysés pour :

   1. Des échantillons de plasma-EDTA peuvent être envoyés à un collaborateur externe pour le profilage génomique de l'ADN tumoral circulant. Des tests alternatifs d’ADN tumoral circulant certifiés CLIA peuvent être envisagés.
   2. Les biomarqueurs protéiques circulants pour la fonction immunitaire, l'inflammation, l'angiogenèse et l'activation vasculaire seront analysés par des tests ELISA multiplex.
   3. Les échantillons de PBMC seront analysés pour le sous-typage des cellules immunitaires à l'aide d'une cytométrie en flux haute dimensionnelle dans le laboratoire Duke Immune Profiling Core (DIPC). Des panels de cytométrie en flux à 28 paramètres seront utilisés pour analyser les changements dans les sous-types de cellules immunitaires qui devraient être modifiés par le traitement, y compris l'activation, la maturation et l'épuisement des lymphocytes T, ainsi que les lymphocytes T régulateurs (Treg) et polymorphonucléaires. fréquences des cellules myéloïdes suppressives (PMN-MDSC).
3. Les analytes sanguins entre répondeurs et non-répondeurs seront comparés. En raison de la petite taille de l'échantillon, les résultats seront descriptifs.

4. Les données cliniques et démographiques (cohortes A et C) seront extraites du dossier médical pour chaque sujet, y compris, mais sans s'y limiter, les éléments suivants :

   1. Âge
   2. Genre
   3. Course
   4. Code postal
   5. Nombre de thérapies antérieures
   6. Résultats cliniques des thérapies standard et expérimentales (meilleure réponse, durée de la réponse et raison de l'arrêt)
   7. Résultats cliniques des thérapies par inhibiteurs de points de contrôle immunitaires (meilleure réponse, durée de la réponse et raison de l'arrêt)
   8. Résultats des études de profilage basées sur le sang et les tissus
   9. Marqueurs moléculaires pouvant prédire la sensibilité ou la résistance au traitement anti-PD-1, y compris, mais sans s'y limiter, la charge mutationnelle tumorale, PD-L1, le statut MSI, le STATUT POLE
5. Des échantillons de tissus (cohortes A et C) peuvent être acquis auprès d'hôpitaux extérieurs dans les cas où les patients inscrits dans le cadre de ce protocole ont subi des biopsies et ont été conservés dans des hôpitaux en dehors du système hospitalier Duke Health avant de transférer les soins vers Duke.
6. Des échantillons de tissus frais congelés (cohorte A uniquement) seront extraits pour l'ARN et une analyse transcriptionnelle en aval sera effectuée. Les blocs de tissus disponibles seront évalués et jusqu'à 40 lames seront collectées pour l'extraction de l'ARN et un traitement ultérieur en aval pour déterminer le transcriptome tumoral en vrac lorsque le tissu frais n'est pas disponible.

Cohorte B : sujets atteints de mélanome traités par ICI

Les échantillons collectés sous Pro00059349 provenaient de sujets appartenant aux groupes suivants :

1. Bras 1 - patients atteints de mélanome de stade IV/de stade III non résécables inscrits avant de commencer l'immunothérapie.

2. Bras 2 - Patients atteints d'un mélanome adjuvant de stade III/IV

   Les sujets des deux bras avaient et peuvent continuer à avoir des données collectées à partir de leur dossier médical. Les informations ont été collectées sous Pro00059349 et peuvent continuer à être surveillées dans le cadre de ce protocole.

   Cohorte C : Identification rétrospective et collecte de tissus archivés L'outil logiciel DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) sera utilisé pour identifier les patients atteints d'adénocarcinome gastro-œsophagien ou de cellules squameuses ou de mélanome initiés par immunothérapie par anticorps anti-PD-1 au Duke University Medical Center et le Duke Cancer Institute entre le 1er janvier 2011 et le 31 août 2023, et les patients non éligibles à l'immunothérapie qui ont reçu une chimiothérapie au cours de la même période. Les traitements par anticorps anti-PD-1 incluront le pembrolizumab, le nivolumab ou un autre inhibiteur de point de contrôle. Les patients doivent être âgés d'au moins 18 ans au moment du début du traitement. Les évaluations de la réponse objective pour ces patients seront effectuées sur la base de l'imagerie transversale CT ou PET CT de la semaine 12 de soins standard. Des antécédents médicaux correspondants supplémentaires seront collectés et mis en base de données pour ces patients. Cela inclut, sans toutefois s'y limiter, les données démographiques, les sites primaires et métastatiques de la maladie, les conditions médicales antérieures et le traitement du cancer. Les blocs de tissus et les antécédents médicaux seront obtenus conformément à une renonciation au consentement pour cette composante rétrospective uniquement car la collecte représente une activité à risque minime et il n'est pas possible de consentir aux patients identifiés rétrospectivement. La collecte de tissus archivés sera la même que pour la cohorte A.

   Période de sélection Pendant la période de sélection, les sujets sont consentis et sélectionnés pour l'étude. Un consentement éclairé doit être obtenu avant le lancement de toute procédure de sélection effectuée uniquement dans le but de déterminer l'éligibilité à cette étude. Les évaluations effectuées dans le cadre des soins de routine avant le consentement éclairé peuvent être considérées comme des évaluations de dépistage si elles sont effectuées dans la période de dépistage définie et si les politiques locales de l'Institutional Review Board (IRB)/du Comité d'éthique indépendant (CEI) le permettent. L'éligibilité à l'étude est basée sur le respect de tous les critères d'inclusion et d'aucun des critères d'exclusion (voir la section 4.0) avant que les prises de sang et/ou les biopsies ne soient effectuées.

   Les procédures d'étude suivantes doivent être effectuées dans les 28 jours précédant la prise de sang et/ou la biopsie :

   • Consentement éclairé
   • Données démographiques
   • Antécédents médicaux et de cancer
   • Médicaments concomitants
   • Collecte excessive de tissus provenant d'une biopsie de soins standard ; le cas échéant, sûr et réalisable. La période de sélection se termine au moment de la prise de sang ou de la biopsie ou de la détermination finale que le sujet n'est pas éligible à l'étude.

   5.1.1 Sur la période d'études

   • Avant de commencer un inhibiteur de point de contrôle ou une chimiothérapie

     • Le sang coule

       • Environ 40 cc au total dans 4 tubes EDTA de 10 ml
       • Environ 25,5 cc au total dans 3 tubes ACD de 8,5 mL

   • Dans les +/- 7 jours suivant la 1ère et la 2ème restauration

     o Le sang coule

     • Environ 40 cc au total dans 4 tubes EDTA de 10 ml
     • Environ 25,5 cc au total dans 3 tubes ACD de 8,5 mL
     • Biopsie tumorale facultative (1ère restadification uniquement)
     • PT/INR avant la biopsie (1ère restadification uniquement)
     • CBC avant la biopsie (1ère restadification uniquement)

   • Dans les +/- 7 jours suivant des visites de restaging supplémentaires à la demande de l'IP

     o Le sang coule

     • Environ 40 cc au total dans 4 tubes EDTA de 10 ml
     • Environ 25,5 cc au total dans 3 tubes ACD de 8,5 mL

   • À tout moment pendant le traitement

     o Si le patient subit une biopsie de soins standard à tout moment pendant le traitement, l'excès de tissu de cette biopsie sera obtenu pour la recherche si cela est sûr et réalisable.

     o Les données cliniques seront extraites du dossier médical (conformément à la section 3.0) pour chaque sujet jusqu'à 3 mois après la fin d'une ligne de traitement par inhibiteur de point de contrôle ou de chimiothérapie pendant l'étude.

   • Dans les +/- 7 jours suivant l'arrêt du traitement anti-PD-1 en raison d'une toxicité ou d'une progression o Prises de sang - Environ 40 cc au total dans 4 tubes EDTA de 10 mL

     • Environ 25,5 cc au total dans 3 tubes ACD de 8,5 ml o Si le patient subit une biopsie standard de soins à la progression, l'excès de tissu de cette biopsie sera obtenu pour la recherche.

       • Si le patient arrête l'immunothérapie pour une réponse complète (RC), des prises de sang auront lieu au moment de l'arrêt et lors de 2 visites ultérieures de remise en scène du SOC ou jusqu'à progression, selon la première éventualité.

   • Fin d'étude

     • S'ils sont disponibles, les tissus FFPE archivés seront obtenus auprès de tous les sujets à la fin de l'étude

   Cohorte B La collecte d'échantillons pour la cohorte B a été réalisée sous Pro00059349. L’analyse est en cours et se poursuivra dans le cadre de ce protocole. Il n'y aura aucun nouveau sujet inscrit dans la cohorte B, ni aucun nouvel échantillon collecté auprès de ces sujets. Toutefois, les données continueront d’être collectées à partir de leurs dossiers médicaux électroniques.

   Les sujets de la cohorte C pour la cohorte rétrospective seront identifiés comme décrit ci-dessus. Les enquêteurs inscriront ces sujets sous renonciation au consentement, collecteront les données répertoriées dans la section 3.0 et obtiendront des tissus archivés. Il n'y aura pas de sélection séparée ni de périodes d'essai pour ces sujets.

   Arrêt du sujet

   Les sujets continueront à être suivis jusqu'à ce qu'ils terminent le traitement par inhibiteur de point de contrôle immunitaire et que les échantillons finaux de sang et de tissus soient collectés. Cependant, les sujets peuvent interrompre le traitement de l'étude ou retirer leur consentement à participer à l'étude à tout moment sans préjudice. Tout sujet qui retire son consentement pour Pro0059349 verra également ses échantillons et données retirés de cette étude. Toutes les raisons d'arrêt ou de retrait de l'essai seront enregistrées. Les raisons de l'abandon du sujet par l'enquêteur peuvent inclure, sans s'y limiter, les éléments suivants :

   • La mort

   • Non-conformité importante de la part du sujet ou de l'enquêteur

   • Détermination de l'enquêteur ou du chercheur principal selon laquelle il n'est plus sûr et/ou n'est plus dans le meilleur intérêt du sujet de continuer à participer.

   • Retrait du consentement
   • Perdu de suivi
   • Les femmes qui tombent enceintes ou qui allaitent
   • Demande des agences de réglementation pour l'arrêt du traitement d'un sujet individuel ou de tous les sujets dans le cadre du protocole.