Biobanca dei tumori del tratto gastrointestinale superiore per valutare la risposta (BURGER con BACON)

Lo studio sarà diviso in tre coorti: 1) Coorte A, che arruolerà i soggetti prima del trattamento con un inibitore del checkpoint immunitario o la sola chemioterapia; 2) Coorte B, che analizzerà i campioni raccolti da pazienti affetti da melanoma nell'ambito del Pro00059349; e 3) Coorte C, una parte retrospettiva che consentirà la raccolta di dati e tessuti archiviati;

Coorte A: soggetti GE trattati con ICI

I soggetti partecipanti verranno arruolati prima di iniziare il trattamento con un regime che include un inibitore del checkpoint immunitario o la sola chemioterapia nel caso della coorte non idonea all'immunoterapia. Il tessuto tumorale archiviato fissato in paraffina (FFPE) verrà raccolto per tutti i soggetti, se disponibile. I pazienti avranno una nuova biopsia facoltativa solo per la ricerca se è presente una lesione suscettibile di biopsia sicura che sarà congelata per ulteriori studi. Inoltre, il tessuto in eccesso può essere raccolto e congelato rapidamente da biopsie standard di cura eseguite durante lo studio del paziente. Le valutazioni della risposta obiettiva per questi pazienti saranno effettuate mediante valutazione del medico, sulla base dell'imaging trasversale TC o MRI standard di cura. I campioni di sangue e/o tessuti verranno prelevati di conseguenza nei seguenti momenti:

Basale (pre-trattamento):

I pazienti verranno sottoposti a un prelievo di sangue di ricerca. Se il soggetto riceve una biopsia standard di cura dopo aver acconsentito ma prima di iniziare la terapia anti-PD-1, verrà effettuato ogni tentativo per raccogliere tessuto da questa biopsia a fini di ricerca. Se al paziente non è prevista la biopsia standard di cura durante questo periodo, verrà sottoposto solo al prelievo di sangue.

Durante il trattamento:

I pazienti verranno sottoposti a una biopsia tissutale di ricerca facoltativa e a un prelievo di sangue di ricerca durante il trattamento con terapia anti-PD-1 al momento della prima scansione di ristadiazione. Il paziente verrà sottoposto a un altro prelievo di sangue di ricerca durante la terapia anti-PD-1 al momento della seconda scansione di ristadiazione. Le lesioni sottoposte a biopsia in precedenza avranno la priorità per la biopsia del trattamento. Qualsiasi tessuto che sia stato sottoposto a radioterapia non verrà preso in considerazione per il campionamento. I pazienti che presentano evidenza di malattia stabile o risposta possono essere sottoposti a un prelievo di sangue ripetuto in momenti successivi alla seconda scansione di stadiazione, a discrezione del PI. Se i pazienti rimangono in terapia anti-PD-1 per più di 12 mesi, il PI può richiedere ulteriori prelievi di sangue dopo 12 mesi di trattamento.

Dopo il trattamento:

Al momento dell'interruzione della terapia anti-PD-1 a causa di tossicità o progressione della malattia, il paziente verrà sottoposto a un prelievo di sangue. Se il paziente ha una biopsia standard di cura al momento della progressione, verrà ottenuto il tessuto in eccesso da questa biopsia per la ricerca.

Acquisizione, elaborazione e conservazione dei campioni:

Il tessuto tumorale archiviato fissato in paraffina (FFPE) verrà raccolto per tutti i soggetti (se disponibile). Verranno valutati i blocchi di tessuto disponibili e verranno raccolti fino a 40 vetrini per l'estrazione IHC, DNA e RNA. Le biopsie tumorali durante il trattamento verranno eseguite solo su pazienti che presentano una lesione tumorale suscettibile di biopsia sicura e saranno congelate rapidamente. I campioni congelati verranno processati per l'RNA tumorale intero e successiva analisi trascrizionale. I campioni di tessuto archiviati identificati come localizzati presso istituzioni esterne saranno richiesti dal team di studio e conservati nel laboratorio Hanks. I vetrini di tessuto tumorale richiederanno una revisione patologica da parte di un patologo certificato e verrà confermato un minimo stimato del 10% di tessuto tumorale per vetrino.

L'uso di blocchi di tessuto che comporterebbe l'esaurimento del tessuto disponibile sarà evitato a meno che non venga confermato che il paziente non è più in vita.

I campioni dei pazienti contenenti sangue intero verranno raccolti ed elaborati all'interno del Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Verranno utilizzate quattro provette EDTA da 10 mL per il plasma povero di piastrine e le cellule mononucleate del sangue periferico (PBMC) a doppia centrifugazione. Tutte e quattro le provette EDTA da 10 ml verranno utilizzate per l'isolamento del buffy coat. Il buffy coat raccolto durante questa preparazione per l'isolamento del DNA genomico verrà trasportato e conservato a -80°C nel Laboratorio Hanks (LSRC, C164-167) per futuri studi di sequenziamento del DNA genomico. Il plasma verrà isolato e conservato a -80°C nel Laboratorio Hanks per successivi studi ELISA multianalita, analisi del ctDNA, analisi del ctRNA e/o isolamento e analisi degli esosomi. Per i PBMC verranno utilizzate tre provette ACD da 8,5 ml. Questi verranno elaborati e archiviati dal Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). I PBMC verranno analizzati dalla struttura Duke Immune Profiling Core sotto la direzione del Dr. Kent Weinhold.

Ricerca proposta:

1. Fino a 70 pazienti saranno arruolati nella Coorte A.

2. I campioni di sangue possono essere analizzati per:

   1. I campioni di plasma-EDTA possono essere inviati a un collaboratore esterno per la profilazione genomica del DNA tumorale circolante. Possono essere presi in considerazione test alternativi del DNA tumorale circolante certificati CLIA.
   2. I biomarcatori proteici circolanti per la funzione immunitaria, l'infiammazione, l'angiogenesi e l'attivazione vascolare saranno analizzati mediante test ELISA multiplex.
   3. I campioni PBMC verranno analizzati per la sottotipizzazione delle cellule immunitarie utilizzando la citometria a flusso ad alta dimensione nel laboratorio Duke Immune Profiling Core (DIPC). Verrà utilizzato un pannello di citometria a flusso da 28 parametri per analizzare i cambiamenti nei sottotipi di cellule immunitarie che si prevede possano essere alterati dal trattamento, tra cui l'attivazione, la maturazione e l'esaurimento delle cellule T, nonché le cellule T regolatorie (Treg) e le cellule polimorfonucleari. Frequenze delle cellule soppressorie di derivazione mieloide (PMN-MDSC).
3. Verranno confrontati gli analiti del sangue tra i soggetti rispondenti e non rispondenti. A causa delle dimensioni ridotte del campione, i risultati saranno descrittivi.

4. I dati clinici e demografici (Coorti A e C) verranno estratti dalla cartella clinica di ciascun soggetto, inclusi ma non limitati a quanto segue:

   1. Età
   2. Genere
   3. Gara
   4. Cap
   5. Numero di terapie precedenti
   6. Risultati clinici delle terapie standard e sperimentali (migliore risposta, durata della risposta e motivo dell'interruzione)
   7. Risultati clinici delle terapie con inibitori del checkpoint immunitario (migliore risposta, durata della risposta e motivo dell'interruzione)
   8. Risultati di studi di profilazione basati su sangue e tessuti
   9. Marcatori molecolari che possono predire la sensibilità o la resistenza alla terapia anti-PD-1, inclusi ma non limitati al carico mutazionale del tumore, PD-L1, stato MSI, POLE STATUS
5. I campioni di tessuto (coorti A e C) possono essere acquisiti da ospedali esterni nei casi in cui i pazienti arruolati nell'ambito di questo protocollo sono stati sottoposti a biopsie eseguite e conservate in ospedali al di fuori del sistema ospedaliero Duke Health prima del trasferimento delle cure a Duke.
6. Campioni di tessuto fresco congelato (solo Coorte A) verranno estratti per l'RNA e verrà eseguita l'analisi trascrizionale a valle. Verranno valutati i blocchi di tessuto disponibili e verranno raccolti fino a 40 vetrini per l'estrazione dell'RNA e l'ulteriore elaborazione a valle per determinare il trascrittoma tumorale in massa quando il tessuto fresco non è disponibile.

Coorte B: soggetti con melanoma trattati con ICI

I campioni raccolti con Pro00059349 provenivano da soggetti dei seguenti gruppi:

1. Braccio 1: pazienti con melanoma di stadio IV/stadio III non resecabile arruolati prima di iniziare l'immunoterapia.

2. Braccio 2: pazienti con melanoma adiuvante in stadio III/IV

   I soggetti in entrambi i bracci avevano e potrebbero continuare ad avere dati raccolti dalle loro cartelle cliniche. Le informazioni sono state raccolte sotto Pro00059349 e possono continuare a essere monitorate secondo questo protocollo.

   Coorte C: Identificazione retrospettiva e raccolta di tessuti archiviati Lo strumento software DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) sarà utilizzato per identificare i pazienti con adenocarcinoma gastroesofageo o melanoma a cellule squamose iniziati con immunoterapia con anticorpi anti-PD-1 presso il Duke University Medical Center e il Duke Cancer Institute tra il 1 gennaio 2011 e il 31 agosto 2023 e pazienti non idonei all'immunoterapia che hanno ricevuto chemioterapia durante lo stesso periodo di tempo. Le terapie con anticorpi anti-PD-1 includeranno pembrolizumab, nivolumab o un altro inibitore del checkpoint. I pazienti devono avere almeno 18 anni al momento dell’inizio del trattamento. Le valutazioni della risposta obiettiva per questi pazienti saranno effettuate sulla base dell'imaging trasversale TC o PET-TC della settimana 12 di cura standard. Per questi pazienti verrà raccolta e archiviata un'ulteriore anamnesi medica corrispondente. Ciò include, ma non è limitato a, dati demografici, siti primari e metastatici della malattia, condizioni mediche precedenti e trattamento del cancro. I blocchi di tessuto e l'anamnesi medica saranno ottenuti in base a una rinuncia al consenso per questa componente retrospettiva solo poiché la raccolta rappresenta un'attività a rischio minimo e non è possibile dare il consenso ai pazienti identificati retrospettivamente. La raccolta dei tessuti archiviati sarà la stessa della Coorte A.

   Periodo di screening Durante il periodo di screening, i soggetti vengono autorizzati e selezionati per lo studio. Il consenso informato deve essere ottenuto prima dell'inizio di qualsiasi procedura di screening eseguita esclusivamente allo scopo di determinare l'idoneità per questo studio. Le valutazioni eseguite come parte delle cure di routine prima del consenso informato possono essere considerate valutazioni di screening se effettuate entro il periodo di screening definito e se consentito dalle politiche locali del Comitato di revisione istituzionale (IRB)/Comitato etico indipendente (IEC). L'ammissibilità allo studio si basa sul rispetto di tutti i criteri di inclusione e di nessuno dei criteri di esclusione (fare riferimento alla sezione 4.0) prima che vengano eseguiti i prelievi di sangue e/o le biopsie.

   Le seguenti procedure di studio devono essere eseguite entro 28 giorni prima del prelievo di sangue e/o della biopsia:

   • Consenso informato
   • Dati demografici
   • Anamnesi medica e oncologica
   • Farmaci concomitanti
   • Raccolta di tessuto in eccesso dalla biopsia standard di cura; se applicabile, sicuro e fattibile. Il periodo di screening termina al momento del prelievo di sangue o della biopsia o della decisione finale che il soggetto non è idoneo allo studio.

   5.1.1 Sul periodo di studio

   • Prima di iniziare l'inibitore del checkpoint o la chemioterapia

     • Prelievi di sangue

       • Circa 40 cc totali in provette EDTA da 4 x 10 ml
       • Circa 25,5 cc totali in 3 provette ACD da 8,5 ml

   • Entro +/- 7 giorni dal 1° e 2° ristagionamento

     o Prelievi di sangue

     • Circa 40 cc totali in provette EDTA da 4 x 10 ml
     • Circa 25,5 cc totali in 3 provette ACD da 8,5 ml
     • Biopsia del tumore opzionale (solo prima ristadiazione)
     • PT/INR prima della biopsia (solo prima ristadiazione)
     • Emocromo prima della biopsia (solo prima ristadiazione)

   • Entro +/- 7 giorni da ulteriori visite di ristadiazione su richiesta del PI

     o Prelievi di sangue

     • Circa 40 cc totali in provette EDTA da 4 x 10 ml
     • Circa 25,5 cc totali in 3 provette ACD da 8,5 ml

   • In qualsiasi momento durante il trattamento

     o Se il paziente viene sottoposto a una biopsia standard di cura in qualsiasi momento durante il trattamento, il tessuto in eccesso da questa biopsia verrà ottenuto per la ricerca, se sicuro e fattibile.

     o I dati clinici verranno estratti dalla cartella clinica (secondo la sezione 3.0) per ciascun soggetto fino a 3 mesi dopo il completamento di una linea di terapia con inibitori del checkpoint o chemioterapia durante lo studio.

   • Entro +/- 7 giorni dall'interruzione della terapia anti-PD-1 per tossicità o progressione o Prelievi di sangue: circa 40 cc totali in provette EDTA da 4 x 10 ml

     • Circa 25,5 cc totali in provette ACD da 3 x 8,5 mL o Se il paziente ha una biopsia standard di cura al momento della progressione, il tessuto in eccesso da questa biopsia verrà ottenuto per la ricerca.

       • Se il paziente interrompe l'immunoterapia per una risposta completa (CR), verranno effettuati prelievi di sangue al momento dell'interruzione e durante le 2 successive visite di ristadiazione SOC o fino alla progressione, a seconda di quale evento si verifichi per primo.

   • Fine dello studio

     • Se disponibile, il tessuto FFPE archiviato verrà ottenuto da tutti i soggetti alla fine dello studio

   Coorte B La raccolta dei campioni per la coorte B è stata completata con Pro00059349. L’analisi è in corso e continuerà nell’ambito di questo protocollo. Non ci saranno nuovi soggetti arruolati nella coorte B, né nuovi campioni raccolti da questi soggetti. Tuttavia, i dati continueranno a essere raccolti dalle loro cartelle cliniche elettroniche.

   Coorte C I soggetti per la coorte retrospettiva saranno identificati come descritto sopra. Gli investigatori arruoleranno questi soggetti con rinuncia al consenso, raccoglieranno i dati elencati nella sezione 3.0 e otterranno tessuti archiviati. Non ci saranno screening separati o periodi di preparazione per questi soggetti.

   Interruzione dell'oggetto

   I soggetti continueranno a essere seguiti fino al completamento del trattamento con gli inibitori del checkpoint immunitario e alla raccolta dei campioni finali di sangue e tessuti. Tuttavia, i soggetti possono interrompere il trattamento in studio o ritirare il proprio consenso a partecipare allo studio in qualsiasi momento senza pregiudizio. Qualsiasi soggetto che ritiri il consenso per Pro0059349 vedrà ritirati anche i propri campioni e dati da questo studio. Verranno registrate tutte le ragioni dell'interruzione o del ritiro dallo studio. Le ragioni per l'interruzione del soggetto da parte dello sperimentatore possono includere, ma non sono limitate a, quanto segue:

   • Morte

   • Non conformità significativa da parte del soggetto o dello sperimentatore

   • Determinazione dello sperimentatore o del PI principale che non è più sicuro e/o non è più nell'interesse del soggetto continuare la partecipazione

   • Revoca del consenso
   • Perso al follow-up
   • Donne che rimangono incinte o che allattano
   • Richiesta da parte delle agenzie di regolamentazione per la cessazione del trattamento di un singolo soggetto o di tutti i soggetti soggetti al protocollo.