Biopankki ylemmän maha-suolikanavan kasvaimiin vasteen arvioimiseksi (BURGER with BACON)

Tutkimus jaetaan kolmeen kohorttiin: 1) Kohortti A, johon otetaan koehenkilöitä ennen hoitoa immuunitarkistuspisteen estäjällä tai pelkällä kemoterapialla; 2) Kohortti B, joka analysoi melanoomapotilailta Pro00059349:llä kerätyt näytteet; ja 3) kohortti C, retrospektiivinen osa, joka mahdollistaa tietojen ja arkistoitujen kudosten keräämisen;

Kohortti A: ICI:llä hoidetut GE-kohteet

Osallistuvat koehenkilöt rekisteröidään ennen hoidon aloittamista hoito-ohjelmalla, joka sisältää immuunijärjestelmän tarkistuspisteen estäjän tai pelkän kemoterapian siinä tapauksessa, että immunoterapia ei kelpaa. Arkistoitu formaliinikiinnitetty parafiiniin upotettu (FFPE) kasvainkudos kerätään kaikilta koehenkilöiltä, ​​jos saatavilla. Potilaille tehdään valinnainen uusi tutkimusbiopsia, jos vauriossa on turvalliseen biopsiaan soveltuva vaurio, joka jäädytetään jatkotutkimuksia varten. Lisäksi ylimääräistä kudosta voidaan kerätä ja pakastaa tavanomaisista hoitobiopsioista, jotka tapahtuvat potilaan ollessa tutkimuksessa. Objektiiviset vastearviot näille potilaille tehdään MD-arvioinnilla, joka perustuu hoidon tavanomaiseen CT- tai MRI-poikkileikkauskuvaukseen. Veri- ja/tai kudosnäytteitä otetaan vastaavasti seuraavina aikoina:

Perustaso (esikäsittely):

Potilaille tehdään tutkimusverenotto. Jos koehenkilö saa normaalin hoitobiopsian suostumuksensa jälkeen, mutta ennen anti-PD-1-hoidon aloittamista, tästä koepalasta yritetään kerätä kudosta tutkimustarkoituksiin. Jos potilaalle ei ole määrätty tavanomaista hoitobiopsiaa tänä aikana, hänelle tehdään vain verikoe.

Hoidon aikana:

Potilaille tehdään valinnainen tutkimuskudosbiopsia ja tutkittava verinäyte anti-PD-1-hoidon aikana heidän ensimmäisen uudelleenkäsittelyn aikana. Potilaalle tehdään toinen tutkimusverenotto anti-PD-1-hoidon aikana toisen uudelleenkäsittelyn aikana. Leesiot, joista on otettu biopsia aiemmin, priorisoidaan hoitobiopsiassa. Sädehoitoa saaneita kudoksia ei oteta huomioon näytteenotossa. Potilaille, joilla on todisteita stabiilista sairaudesta tai vasteesta, voidaan tehdä uusi verenotto toisen vaiheen skannauksen jälkeen PI:n harkinnan mukaan. Jos potilaat jatkavat anti-PD-1-hoitoa yli 12 kuukauden ajan, PI voi pyytää lisäverenottoa 12 kuukauden hoidon jälkeen.

Hoidon jälkeen:

Kun anti-PD-1-hoito lopetetaan toksisuuden tai taudin etenemisen vuoksi, potilaalle tehdään verikoe. Jos potilaalla on standardi hoitobiopsia etenemisen aikana, ylimääräinen kudos tästä biopsiasta otetaan tutkimusta varten.

Näytteiden hankinta, käsittely ja varastointi:

Arkistoitu formaliinikiinnitetty parafiiniin upotettu (FFPE) kasvainkudos kerätään kaikilta koehenkilöiltä (jos saatavilla). Käytettävissä olevat kudoslohkot arvioidaan ja jopa 40 objektilasia kerätään IHC-, DNA- ja RNA-uuttoa varten. Hoidon aikana tehdyt kasvainbiopsiat tehdään vain potilaille, joilla on kasvainleesio, joka voidaan tehdä turvallisella biopsialla, ja ne pakastetaan. Pakastetut näytteet käsitellään koko kasvaimen RNA:ta ja sitä seuraavaa transkriptioanalyysiä varten. Tutkimusryhmä pyytää ne arkistoidut kudosnäytteet, joiden on todettu olevan ulkopuolisissa laitoksissa, ja ne säilytetään Hanksin laboratoriossa. Kasvainkudoslevyt vaativat lautakunnan sertifioidun patologin patologisen tarkastuksen, ja arviolta vähintään 10 % kasvainkudoksesta varmistetaan objektilasia kohden.

Sellaisten kudoslohkojen käyttöä, jotka johtaisivat käytettävissä olevan kudoksen loppuun kulumiseen, vältetään, ellei potilaan vahvisteta olevan enää elossa.

Kokoverta sisältävät potilasnäytteet kerätään ja käsitellään Duke Cancer Center Research Labissa (CCRL). Neljää 10 ml:n EDTA-putkea käytetään kaksoispyörityksiin, verihiutaleiden huonoon plasmaan ja perifeerisen veren mononukleaarisoluihin (PBMC). Kaikkia neljää 10 ml:n EDTA-putkea käytetään buffy coat -eristykseen. Tämän valmistelun aikana genomisen DNA:n eristämistä varten kerätty buffy coat kuljetetaan ja säilytetään -80 °C:ssa Hanksin laboratoriossa (LSRC, C164-167) tulevia genomisen DNA:n sekvensointitutkimuksia varten. Plasma eristetään ja säilytetään -80 °C:ssa Hanksin laboratoriossa myöhempiä monianalyytin ELISA-tutkimuksia, ctDNA-analyysiä, ctRNA-analyysiä ja/tai eksosomien eristämistä ja analyysiä varten. Kolmea 8,5 ml:n ACD-putkea käytetään PBMC:issä. Substrate Services Core and Research Support (SSCRS) käsittelee ja tallentaa ne. PBMC:t analysoidaan Duke Immune Profiling Core -laitoksessa tohtori Kent Weinholdin johdolla.

Ehdotettu tutkimus:

1. Jopa 70 potilasta otetaan kohorttiin A.

2. Verinäytteitä voidaan tutkia:

   1. Plasma-EDTA-näytteet voidaan lähettää ulkoiselle yhteistyökumppanille kiertävän kasvain-DNA:n genomista profilointia varten. Vaihtoehtoisia CLIA-sertifioituja kiertävän kasvaimen DNA-määrityksiä voidaan harkita.
   2. Immuunitoiminnan, tulehduksen, angiogeneesin ja verisuonten aktivoitumisen kiertävät proteiinibiomarkkerit analysoidaan moninkertaisilla ELISA-määrityksillä.
   3. PBMC-näytteistä analysoidaan immuunisolujen alatyypitys käyttämällä suurdimensiovirtaussytometriaa Duke Immune Profiling Core (DIPC) -laboratoriossa. 28 parametrin virtaussytometriapaneeleilla analysoidaan muutoksia immuunisolualatyypeissä, joita hoidon odotetaan muuttavan, mukaan lukien T-solujen aktivaatio, kypsyminen ja uupumus sekä säätelevät T-solut (Treg) ja polymorfonukleaariset solut. myeloidiperäisten suppressorisolujen (PMN-MDSC) taajuudet.
3. Veripohjaisia ​​analyyttejä verrataan reagoivien ja reagoimattomien välillä. Pienen otoskoon vuoksi tulokset ovat kuvaavia.

4. Kliiniset ja demografiset tiedot (kohortit A ja C) poimitaan kunkin koehenkilön lääketieteellisistä tiedoista, mukaan lukien, mutta ei rajoittuen, seuraavat tiedot:

   1. Ikä
   2. Sukupuoli
   3. Rotu
   4. Postinumero
   5. Aikaisempien hoitojen lukumäärä
   6. Vakio- ja tutkimushoitojen kliiniset tulokset (paras vaste, vasteen kesto ja lopettamisen syy)
   7. Immuunitarkistuspisteen estäjähoitojen kliiniset tulokset (paras vaste, vasteen kesto ja lopettamisen syy)
   8. Veri- ja kudospohjaisten profilointitutkimusten tulokset
   9. Molekyylimarkkerit, jotka voivat ennustaa herkkyyttä tai resistenssiä anti-PD-1-hoidolle, mukaan lukien, mutta niihin rajoittumatta kasvaimen mutaatiotaakka, PD-L1, MSI-status, POLE-STATUS
5. Kudosnäytteitä (kohortit A ja C) voidaan hankkia ulkopuolisista sairaaloista tapauksissa, joissa tämän protokollan mukaisesti rekisteröidyille potilaille on otettu biopsiat ja niitä on säilytetty Duke Health -sairaalajärjestelmän ulkopuolella olevissa sairaaloissa ennen hoidon siirtämistä Dukeen.
6. Tuoreet jäädytetyt kudosnäytteet (vain kohortti A) uutetaan RNA:ta varten ja alavirran transkriptioanalyysi suoritetaan. Käytettävissä olevat kudoslohkot arvioidaan ja jopa 40 objektilasia kerätään RNA:n uuttamista ja jatkokäsittelyä varten bulkkikasvaimen transkription määrittämiseksi, kun tuoretta kudosta ei ole saatavilla.

Kohortti B: ICI:llä hoidetut melanoomapotilaat

Pro00059349:llä kerätyt näytteet tulivat seuraaviin ryhmiin kuuluvilta koehenkilöiltä:

1. Käsivarsi 1 – vaiheen IV/leikkauskelvoton vaiheen III melanoomapotilaat, jotka ilmoittautuivat ennen immunoterapian aloittamista.

2. Käsivarsi 2 - Vaiheen III/IV adjuvanttimelanoomapotilaat

   Molemmissa käsivarsissa olevilla koehenkilöillä oli ja saatetaan edelleen kerätä tietoja lääketieteellisistä tiedoistaan. Tiedot kerättiin nimellä Pro00059349, ja niitä voidaan jatkaa tämän protokollan mukaisesti.

   Kohortti C: Retrospektiivinen tunnistus ja arkistoitujen kudosten kerääminen DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) -ohjelmistotyökalua käytetään tunnistamaan potilaita, joilla on gastroesofageaalinen adenokarsinooma tai levyepiteeli tai melanooma, joka on aloitettu anti-PD-1-vasta-aineimmunoterapialla Duke University Medical Centerissä. ja Duke Cancer Institute 1. tammikuuta 2011 ja 31. elokuuta 2023 välisenä aikana sekä potilaat, jotka eivät olleet kelvollisia immuunihoitoon ja jotka ovat saaneet kemoterapiaa samana ajanjaksona. Anti-PD-1-vasta-ainehoitoihin kuuluvat pembrolitsumabi, nivolumabi tai jokin muu tarkistuspisteen estäjä. Potilaiden tulee olla ≥18-vuotiaita hoidon aloitushetkellä. Näiden potilaiden objektiiviset vastearviot tehdään perushoitoviikon 12 TT- tai PET-TT-poikkileikkauskuvauksen perusteella. Näistä potilaista kerätään ja tallennetaan lisää vastaavaa sairaushistoriaa. Tämä sisältää, mutta ei rajoittuen, väestötiedot, taudin ensisijaiset ja metastaattiset kohdat, aiemmat sairaudet ja syövän hoidon. Kudoslohkot ja sairaushistoria hankitaan tämän retrospektiivisen osan suostumuksesta luopumisen mukaisesti vain, koska kerääminen edustaa minimaalista riskitoimintaa eikä ole mahdollista antaa suostumusta potilaille, jotka tunnistettiin takautuvasti. Arkistoitu kudoskokoelma on sama kuin kohortissa A.

   Seulontajakso Seulontajakson aikana koehenkilöt hyväksytään ja seulotaan tutkimukseen. Tietoinen suostumus on hankittava ennen sellaisen seulontamenettelyn aloittamista, joka suoritetaan yksinomaan tämän tutkimuksen kelpoisuuden määrittämiseksi. Arvioinnit, jotka on suoritettu osana rutiinihoitoa ennen tietoista suostumusta, voidaan katsoa seulontaarvioinneiksi, jos ne tehdään määritellyn seulontajakson aikana ja jos paikallisen instituutin arviointilautakunnan (IRB) / riippumattoman eettisen komitean (IEC) käytännöt sen sallivat. Tutkimuskelpoisuus perustuu siihen, että kaikki osallistumiskriteerit täyttyvät, eikä mitään poissulkemiskriteereistä (katso kohta 4.0) ennen kuin verinäytteet ja/tai biopsiat suoritetaan.

   Seuraavat tutkimustoimenpiteet on suoritettava 28 päivän sisällä ennen verenottoa ja/tai biopsiaa:

   • Tietoinen suostumus
   • Väestötiedot
   • Lääketieteellinen ja syöpähistoria
   • Samanaikaiset lääkkeet
   • Ylimääräinen kudoskeräys tavallisesta hoitobiopsiasta; soveltuvin osin turvallista ja mahdollista Seulontajakso päättyy ajankohtaan, jolloin veri otetaan tai biopsia tai lopullinen päätetään, että kohde ei kelpaa tutkimukseen.

   5.1.1 Opintojaksolla

   • Ennen tarkistuspisteestäjän tai kemoterapian aloittamista

     • Verenotto

       • Yhteensä noin 40 cc 4 x 10 ml:n EDTA-putkessa
       • Yhteensä noin 25,5 cc 3 x 8,5 ml:n ACD-putkessa

   • +/- 7 päivän sisällä 1. ja 2. uudelleenkäsittelystä

     o Verenotto

     • Yhteensä noin 40 cc 4 x 10 ml:n EDTA-putkessa
     • Yhteensä noin 25,5 cc 3 x 8,5 ml:n ACD-putkessa
     • Valinnainen kasvainbiopsia (vain ensimmäinen uudelleenkäsittely)
     • PT/INR ennen biopsiaa (vain ensimmäinen uudelleenkäsittely)
     • CBC ennen biopsiaa (vain ensimmäinen uudelleenkäsittely)

   • +/- 7 päivän sisällä ylimääräisistä uudelleenkäsittelykäynneistä PI:n pyynnöstä

     o Verenotto

     • Yhteensä noin 40 cc 4 x 10 ml:n EDTA-putkessa
     • Yhteensä noin 25,5 cc 3 x 8,5 ml:n ACD-putkessa

   • Aina hoidon aikana

     o Jos potilaalla on standardihoitobiopsia milloin tahansa hoidon aikana, ylimääräinen kudos tästä biopsiasta otetaan tutkimusta varten, jos se on turvallista ja mahdollista.

     o Kliiniset tiedot poimitaan lääketieteellisistä tiedoista (osion 3.0 mukaan) jokaiselta koehenkilöltä 3 kuukauden ajan tutkimuspisteen estäjähoidon tai kemoterapian suorittamisen jälkeen tutkimuksen aikana.

   • +/- 7 päivän sisällä anti-PD-1-hoidon lopettamisesta toksisuuden tai etenemisen vuoksi o Verinäytteet - Yhteensä noin 40 cc 4 x 10 ml:n EDTA-putkessa

     • Yhteensä noin 25,5 cc 3 x 8,5 ml:n ACD-putkessa o Jos potilaalla on standardi hoitobiopsia etenemisen aikana, tästä koepalasta otetaan ylimääräistä kudosta tutkimusta varten.

       • Jos potilas keskeyttää immunoterapian täydellisen vasteen (CR) saavuttamiseksi, verenotto suoritetaan hoidon lopettamisen yhteydessä ja 2 seuraavan SOC-uudelleenvaiheen käynnin aikana tai etenemiseen asti, sen mukaan, kumpi tulee ensin.

   • Opiskelun loppu

     • Jos saatavilla, arkistoitu FFPE-kudos hankitaan kaikilta koehenkilöiltä tutkimuksen lopussa

   Kohortti B Näytteenotto kohortista B saatiin päätökseen Pro00059349:lla. Analyysi on käynnissä ja jatkuu tämän pöytäkirjan mukaisesti. Kohorttiin B ei oteta uusia kohortteja eikä näistä kerätä uusia näytteitä. Tietoja kerätään kuitenkin edelleen heidän sähköisistä potilaskertomuksistaan.

   Kohortti C Retrospektiivisen kohortin koehenkilöt tunnistetaan edellä kuvatulla tavalla. Tutkijat rekisteröivät nämä koehenkilöt suostumuksesta luopumisen perusteella, keräävät kohdassa 3.0 luetellut tiedot ja hankkivat arkistoidun kudoksen. Näille aiheille ei järjestetä erillisiä seulonta- tai lisäjaksoja.

   Aiheen lopettaminen

   Koehenkilöiden seurantaa jatketaan, kunnes he ovat saaneet immuunitarkastuspisteen estäjähoidon ja lopulliset veri- ja kudosnäytteet kerätään. Koehenkilöt voivat kuitenkin keskeyttää tutkimushoidon tai peruuttaa suostumuksensa tutkimukseen milloin tahansa ilman rajoituksia. Jokaiselta koehenkilöltä, joka peruuttaa suostumuksensa Pro0059349:lle, myös näytteensä ja tietonsa poistetaan tästä tutkimuksesta. Kaikki oikeudenkäynnin keskeyttämisen tai peruuttamisen syyt kirjataan. Syitä siihen, miksi tutkija keskeyttää aiheen, voivat olla, mutta niihin rajoittumatta, seuraavat:

   • Kuolema

   • Merkittävä poikkeavuus aiheen tai tutkijan osalta

   • Tutkijan tai johtavan PI:n toteaminen, että osallistumisen jatkaminen ei ole enää turvallista ja/tai tutkittavan edun mukaista

   • Suostumuksen peruuttaminen
   • Menetetty seurantaan
   • Naiset, jotka tulevat raskaaksi tai imettävät
   • Sääntelyvirastojen pyyntö yksittäisen tai kaikkien tutkimusaiheen hoidon lopettamiseksi pöytäkirjan mukaisesti.