Биобанкинг опухолей верхних отделов желудочно-кишечного тракта для оценки ответа (БУРГЕР С БЕКОНОМ)

Исследование будет разделено на три когорты: 1) Когорта А, в которую будут включены субъекты до начала лечения ингибитором иммунных контрольных точек или только химиотерапией; 2) Когорта B, которая будет анализировать образцы, собранные у пациентов с меланомой под Pro00059349; и 3) когорта C, ретроспективная часть, которая позволит собирать данные и архивировать ткани;

Когорта A: субъекты GE, получавшие лечение ICI

Участвующие субъекты будут включены в исследование до начала лечения по схеме, включающей ингибитор иммунных контрольных точек или только химиотерапию в случае когорты, не подходящей для иммунотерапии. Архивированная опухолевая ткань, фиксированная формалином и залитая в парафин (FFPE), будет собрана у всех субъектов, если таковая имеется. Пациентам будет проведена дополнительная свежая биопсия только для исследования, если есть поражение, поддающееся безопасной биопсии, которое будет заморожено для дальнейших исследований. Кроме того, излишки ткани могут быть собраны и быстро заморожены из стандартных биопсий, которые проводятся во время исследования пациента. Объективная оценка ответа для этих пациентов будет проводиться с помощью MD оценки на основе стандартных методов лечения КТ или МРТ поперечного сечения. Образцы крови и/или тканей будут взяты соответственно в следующие моменты времени:

Исходный уровень (до лечения):

Пациентам предстоит пройти исследование по забору крови. Если субъект получает стандартную биопсию после согласия, но до начала терапии анти-PD-1, будут предприняты все попытки собрать ткань из этой биопсии для исследовательских целей. Если в этот период пациенту не назначена стандартная биопсия, ему сделают только забор крови.

Во время лечения:

Пациенты пройдут дополнительную исследовательскую биопсию ткани и исследовательский забор крови во время лечения анти-PD-1 во время первого повторного сканирования. Пациенту будет проведен еще один забор крови для исследования во время терапии анти-PD-1 во время второго повторного сканирования. Поражения, биопсия которых проводилась ранее, будут иметь приоритет при биопсии лечения. Любая ткань, подвергшаяся лучевой терапии, не будет рассматриваться для отбора проб. Те пациенты, у которых есть признаки стабильного заболевания или ответа, могут пройти повторный забор крови в моменты времени после второго сканирования по усмотрению PI. Если пациенты продолжают получать терапию анти-PD-1 более 12 месяцев, ИП может запросить дополнительные заборы крови через 12 месяцев лечения.

После лечения:

Во время прекращения терапии анти-PD-1 из-за токсичности или прогрессирования заболевания у пациента проводится забор крови. Если пациенту при прогрессировании проводится стандартная биопсия, из этой биопсии будут взяты излишки ткани для исследования.

Сбор, обработка и хранение проб:

Архивная опухолевая ткань, фиксированная формалином и залитая в парафин (FFPE), будет собрана у всех субъектов (если таковая имеется). Доступные блоки тканей будут оценены и собрано до 40 слайдов для ИГХ, выделения ДНК и РНК. Биопсия опухоли во время лечения будет проводиться только у пациентов с опухолевым поражением, поддающимся безопасной биопсии, и будет быстро заморожена. Замороженные образцы будут обработаны для получения целой опухолевой РНК и последующего транскрипционного анализа. Те архивные образцы тканей, которые, как выяснилось, находятся в сторонних учреждениях, будут запрошены исследовательской группой и сохранены в лаборатории Хэнкса. Слайды опухолевой ткани потребуют патологоанатомического исследования сертифицированным патологом, и, по оценкам, будет подтверждено минимум 10% опухолевой ткани на слайде.

Следует избегать использования любых тканевых блоков, которые могут привести к истощению имеющихся тканей, до тех пор, пока не будет подтверждено, что пациент больше не жив.

Образцы пациентов, содержащие цельную кровь, будут собраны и обработаны в исследовательской лаборатории Онкологического центра Дьюка (CCRL). Четыре пробирки с ЭДТА объемом 10 мл будут использоваться для двойного центрифугирования плазмы с низким содержанием тромбоцитов и мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС). Все четыре пробирки с ЭДТА емкостью 10 мл будут использоваться для выделения лейкоцитной пленки. Лейкоцитарная пленка, собранная во время подготовки к выделению геномной ДНК, будет транспортироваться и храниться при температуре -80°C в лаборатории Хэнкса (LSRC, C164-167) для будущих исследований по секвенированию геномной ДНК. Плазму будут выделять и хранить при -80°C в лаборатории Хэнкса для последующих многоаналитных исследований ELISA, анализа ctDNA, анализа ctRNA и/или выделения и анализа экзосом. Для МПК будут использоваться три пробирки ACD объемом 8,5 мл. Они будут обрабатываться и храниться ядром Substrate Services and Research Support (SSCRS). PBMC будут анализироваться в Центре иммунного профилирования Duke под руководством доктора Кента Вайнхолда.

Предлагаемое исследование:

1. В когорту А будут включены до 70 пациентов.

2. Образцы крови могут быть исследованы на предмет:

   1. Образцы плазмы с ЭДТА могут быть отправлены внешнему сотруднику для геномного профилирования циркулирующей опухолевой ДНК. Можно рассмотреть альтернативные анализы ДНК циркулирующих опухолей, сертифицированные CLIA.
   2. Циркулирующие белковые биомаркеры иммунной функции, воспаления, ангиогенеза и активации сосудов будут анализироваться с помощью мультиплексных анализов ELISA.
   3. Образцы РВМС будут проанализированы на подтипирование иммунных клеток с использованием высокоразмерной проточной цитометрии в лаборатории Duke Immune Profiling Core (DIPC). Панели проточной цитометрии с 28 параметрами будут использоваться для анализа изменений в подтипах иммунных клеток, которые, как ожидается, будут изменены в результате лечения, включая активацию, созревание и истощение Т-клеток, а также регуляторных Т-клеток (Treg) и полиморфно-ядерных клеток. частоты миелоидных супрессорных клеток (PMN-MDSC).
3. Аналиты на основе крови между ответившими и не ответившими будут сравниваться. Из-за небольшого размера выборки результаты будут описательными.

4. Клинические и демографические данные (группы A и C) будут извлечены из медицинской документации каждого субъекта, включая, помимо прочего, следующее:

   1. Возраст
   2. Пол
   3. Раса
   4. Почтовый индекс
   5. Количество предшествующих методов лечения
   6. Клинические результаты стандартной и исследуемой терапии (наилучший ответ, продолжительность ответа и причина прекращения лечения)
   7. Клинические результаты терапии ингибиторами иммунных контрольных точек (наилучший ответ, продолжительность ответа и причина прекращения)
   8. Результаты профильных исследований по крови и тканям
   9. Молекулярные маркеры, которые могут предсказать чувствительность или устойчивость к терапии анти-PD-1, включая, помимо прочего, мутационную нагрузку опухоли, PD-L1, статус MSI, POLE STATUS
5. Образцы тканей (группы A и C) могут быть получены за пределами больниц в тех случаях, когда пациентам, включенным в этот протокол, были выполнены биопсии и сохранены в больницах за пределами больничной системы Duke Health до перевода лечения в Duke.
6. Образцы свежезамороженной ткани (только для когорты А) будут извлечены на предмет РНК и проведен последующий транскрипционный анализ. Будут оценены доступные блоки тканей и собрано до 40 слайдов для выделения РНК и дальнейшей последующей обработки для определения объемного транскриптома опухоли, когда свежая ткань недоступна.

Когорта B: Субъекты меланомы, получавшие лечение ICI

Образцы, собранные под Pro00059349, были получены от субъектов из следующих групп:

1. Группа 1 — пациенты с меланомой стадии IV/неоперабельной стадии III, которые включились в исследование до начала иммунотерапии.

2. Группа 2 — пациенты с адъювантной меланомой III/IV стадии.

   Субъекты в обеих группах собирали и могут продолжать собирать данные из своих медицинских записей. Информация была собрана под Pro00059349 и может продолжать отслеживаться в соответствии с этим протоколом.

   Когорта C: ретроспективная идентификация и сбор архивных тканей. Программный инструмент DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) будет использоваться для выявления пациентов с гастроэзофагеальной аденокарциномой, плоскоклеточной или меланомой, начатой ​​на иммунотерапии антителами против PD-1 в Медицинском центре Университета Дьюка. и Института рака Дьюка в период с 1 января 2011 г. по 31 августа 2023 г., а также пациентов, не имеющих права на иммунотерапию, которые получали химиотерапию в течение того же периода времени. Терапия антителами против PD-1 будет включать пембролизумаб, ниволумаб или другой ингибитор контрольных точек. На момент начала лечения пациенты должны быть старше 18 лет. Объективная оценка ответа для этих пациентов будет проводиться на основе стандартного лечения КТ или ПЭТ-КТ поперечного сечения на 12-й неделе. Для этих пациентов будет собрана и помещена в базу данных дополнительная соответствующая история болезни. Это включает, помимо прочего, демографические данные, первичные и метастатические очаги заболевания, предшествующие заболевания и лечение рака. Блоки тканей и история болезни будут получены в соответствии с отказом от согласия на этот ретроспективный компонент только в том случае, если сбор представляет собой деятельность с минимальным риском и невозможно дать согласие пациентам, которые были идентифицированы ретроспективно. Архивная коллекция тканей будет такой же, как и для когорты А.

   Период скрининга. В течение периода скрининга субъекты получают согласие и проходят проверку на участие в исследовании. Информированное согласие должно быть получено до начала любой процедуры скрининга, которая проводится исключительно с целью определения соответствия критериям участия в этом исследовании. Оценки, проводимые в рамках обычного ухода до получения информированного согласия, могут рассматриваться как скрининговые оценки, если они проводятся в течение определенного периода скрининга и если это разрешено политикой местного Институционального наблюдательного совета (IRB)/Независимого комитета по этике (IEC). Право на участие в исследовании основывается на соблюдении всех критериев включения и ни одного из критериев исключения (см. раздел 4.0) до проведения забора крови и/или биопсии.

   Следующие процедуры исследования должны быть выполнены в течение 28 дней до забора крови и/или биопсии:

   • Информированное согласие
   • Демография
   • Медицинская и онкологическая история
   • Сопутствующие препараты
   • Сбор избыточной ткани в результате биопсии стандартного лечения; если применимо, безопасно и осуществимо. Период скрининга заканчивается в момент забора крови или биопсии или окончательного определения того, что субъект не подходит для участия в исследовании.

   5.1.1 О периоде обучения

   • Перед началом применения ингибитора контрольной точки или химиотерапии

     • Кровь тянет

       • Всего примерно 40 мл в пробирках с ЭДТА 4 x 10 мл.
       • Всего примерно 25,5 куб.см в 3 пробирках ACD по 8,5 мл.

   • В течение +/- 7 дней после 1-й и 2-й переустановки

     о кровь берет

     • Всего примерно 40 мл в пробирках с ЭДТА 4 x 10 мл.
     • Всего примерно 25,5 куб.см в 3 пробирках ACD по 8,5 мл.
     • Дополнительная биопсия опухоли (только 1-я повторная стадия)
     • ПВ/МНО до биопсии (только 1-е повторное определение)
     • Общий анализ крови перед биопсией (только 1-е повторное стадирование)

   • В течение +/- 7 дней после дополнительных посещений для повторной оценки по запросу PI

     о кровь берет

     • Всего примерно 40 мл в пробирках с ЭДТА 4 x 10 мл.
     • Всего примерно 25,5 куб.см в 3 пробирках ACD по 8,5 мл.

   • В любое время во время лечения

     o Если пациенту в любой момент лечения проводится стандартная биопсия, излишки ткани из этой биопсии будут получены для исследования, если это безопасно и осуществимо.

     o Клинические данные будут извлечены из медицинской документации (согласно разделу 3.0) для каждого субъекта в течение 3 месяцев после завершения курса терапии ингибиторами контрольных точек или химиотерапии во время исследования.

   • В течение +/- 7 дней после прекращения терапии анти-PD-1 из-за токсичности или прогрессирования o Заборы крови - всего около 40 мл в 4 пробирки с ЭДТА по 10 мл.

     • Всего около 25,5 куб.см в 3 пробирки ACD по 8,5 мл. o Если при прогрессировании пациенту проводится стандартная биопсия, из этой биопсии будут взяты излишки ткани для исследования.

       • Если пациент прекращает иммунотерапию по причине полного ответа (CR), забор крови будет проводиться во время прекращения и во время 2 последующих визитов для повторного определения стадии SOC или до прогрессирования, в зависимости от того, что наступит раньше.

   • Конец обучения

     • Если возможно, архивная ткань FFPE будет получена от всех субъектов в конце исследования.

   Когорта B. Сбор проб для когорты B был завершен под номером Pro00059349. Анализ продолжается и будет продолжаться в соответствии с этим протоколом. В когорту B не будут зачислены новые субъекты, а также не будут собраны новые образцы у этих субъектов. Однако данные по-прежнему будут собираться из их электронных медицинских карт.

   Когорта C. Субъекты ретроспективной когорты будут идентифицированы, как описано выше. Исследователи зарегистрируют этих субъектов при отказе от согласия, соберут данные, перечисленные в разделе 3.0, и получат архивные ткани. Для этих субъектов не будет отдельных периодов скрининга или подготовки.

   Прекращение темы

   За субъектами будут продолжать наблюдать до тех пор, пока они не завершат лечение ингибиторами иммунных контрольных точек и не будут собраны окончательные образцы крови и тканей. Однако субъекты могут прекратить исследуемое лечение или отозвать свое согласие на участие в исследовании в любое время без ущерба для себя. У любого субъекта, который отзовет согласие на Pro0059349, также будут изъяты образцы и данные из этого исследования. Все причины прекращения или выхода из исследования будут записаны. Причины прекращения субъекта исследователем могут включать, помимо прочего, следующее:

   • Смерть

   • Значительное несоблюдение требований со стороны субъекта или исследователя.

   • Решение исследователя или ведущего исследователя о том, что продолжение участия больше небезопасно и/или не отвечает интересам субъекта.

   • Отзыв согласия
   • Потерян для продолжения
   • Женщины, которые беременеют или кормят грудью
   • Запрос регулирующих органов о прекращении лечения отдельного субъекта или всех субъектов в соответствии с протоколом.