上消化道肿瘤生物样本库以评估反应（汉堡加培根）

该研究将分为三个队列：1）队列A，将在接受免疫检查点抑制剂或单独化疗之前招募受试者； 2) B组，将分析从Pro00059349下的黑色素瘤患者收集的样本； 3) C 组，回顾性部分，可收集数据和存档组织；

A 组：接受 ICI 治疗的 GE 受试者

参与受试者将在开始使用包括免疫检查点抑制剂的方案进行治疗之前入组，或者在免疫治疗不合格队列的情况下单独进行化疗。 如果有的话，将为所有受试者收集存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织。 如果存在适合安全活检的病变，则患者将进行可选的新鲜研究活检，并将其冷冻以供进一步研究。 此外，可以从患者研究期间进行的标准护理活检中收集多余的组织并快速冷冻。 这些患者的客观反应评估将通过 MD 评估进行，基于标准护理 CT 或 MRI 横截面成像。 将在以下时间点相应地采集血液和/或组织样本：

基线（治疗前）：

患者将接受研究性抽血。 如果受试者在同意后但在开始抗 PD-1 治疗之前接受标准护理活检，则将尽一切努力从该活检中收集组织用于研究目的。 如果在此期间患者未安排进行标准护理活检，则他们将仅进行抽血。

治疗期间：

接受抗 PD-1 治疗的患者在第一次重新分期扫描时将接受可选的研究组织活检和研究抽血。 接受抗 PD-1 治疗的患者将在第二次重新分期扫描时接受另一次研究抽血。 先前活检的病变将优先进行治疗活检。 任何接受过放射治疗的组织都不会被考虑进行采样。 那些有稳定疾病或反应证据的患者可能会根据 PI 的判断，在第二次分期扫描之后的时间点重复抽血。 如果患者接受抗 PD-1 治疗超过 12 个月，PI 可能会要求在治疗 12 个月后进行额外抽血。

治疗后：

当由于毒性或疾病进展而停止抗 PD-1 治疗时，患者将接受抽血。 如果患者在进展时接受了标准的护理活检，将从该活检中获取多余的组织用于研究。

样品采集、处理和存储：

将为所有受试者收集存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织（如果有）。 将评估可用的组织块，并收集最多 40 张载玻片用于 IHC、DNA 和 RNA 提取。 治疗中的肿瘤活检将仅对具有适合安全活检的肿瘤病变的患者进行，并将被快速冷冻。 冷冻样本将被处理用于整个肿瘤 RNA 和随后的转录分析。 研究小组将要求那些被确定位于外部机构的存档组织标本存储在汉克斯实验室中。 肿瘤组织载玻片需要由委员会认证的病理学家进行病理学审查，并且估计每张载玻片至少有 10% 的肿瘤组织将被确认。

除非确认患者已死亡，否则将避免使用任何会导致可用组织耗尽的组织块。

含有全血的患者样本将在杜克癌症中心研究实验室 (CCRL) 内收集和处理。 四个 10 mL EDTA 管将用于双旋、贫血小板血浆和外周血单核细胞 (PBMC)。 所有四个 10 mL EDTA 管将用于血沉棕黄层分离。 在基因组 DNA 分离准备过程中收集的血沉棕黄层将被运输并储存在汉克斯实验室 (LSRC, C164-167) 的 -80°C 下，以供将来的基因组 DNA 测序研究。 血浆将在 Hanks 实验室中分离并储存在 -80°C 下，用于后续的多分析物 ELISA 研究、ctDNA 分析、ctRNA 分析和/或外泌体分离和分析。 三个 8.5mL ACD 管将用于 PBMC。 这些将由 Substrate 服务核心和研究支持 (SSCRS) 处理和存储。 PBMC 将由杜克大学免疫分析核心设施在 Kent Weinhold 博士的指导下进行分析。

拟议的研究：

1. 最多 70 名患者将被纳入队列 A。

2. 血液样本可用于检查：

   1. 血浆-EDTA 样品可以发送给外部合作者，用于循环肿瘤 DNA 的基因组分析。 可以考虑使用经 CLIA 认证的替代循环肿瘤 DNA 检测方法。
   2. 将通过多重 ELISA 检测来分析免疫功能、炎症、血管生成和血管活化的循环蛋白生物标志物。
   3. 杜克大学免疫分析核心 (DIPC) 实验室将使用高维流式细胞术对 PBMC 样本进行免疫细胞亚型分析。 28 参数流式细胞仪面板将用于分析预计会因治疗而改变的免疫细胞亚型的变化，包括 T 细胞激活、成熟和耗竭，以及调节性 T 细胞 (Treg) 和多形核细胞骨髓源性抑制细胞 (PMN-MDSC) 频率。
3. 将比较有反应者和无反应者之间的血液分析物。 由于样本量较小，结果将具有描述性。

4. 将从每个受试者的病历中提取临床和人口统计数据（队列 A 和 C），包括但不限于以下内容：

   1. 年龄
   2. 性别
   3. 种族
   4. 邮政编码
   5. 既往治疗次数
   6. 标准疗法和研究性疗法的临床结果（最佳反应、反应持续时间和停药原因）
   7. 免疫检查点抑制剂治疗的临床结果（最佳反应、反应持续时间和停药原因）
   8. 基于血液和基于组织的分析研究的结果
   9. 可预测抗 PD-1 治疗敏感性或耐药性的分子标志物，包括但不限于肿瘤突变负荷、PD-L1、MSI 状态、POLE 状态
5. 如果根据本方案入组的患者在将护理转移至杜克大学之前已在杜克健康医院系统之外的医院进行了活检并保存，则可以从外部医院获取组织标本（队列 A 和 C）。
6. 将提取新鲜冷冻组织样本（仅限 A 组）进行 RNA 并进行下游转录分析。 将评估可用的组织块，并收集多达 40 张载玻片进行 RNA 提取和进一步的下游处理，以便在没有新鲜组织时确定大量肿瘤转录组。

B 组：接受 ICI 治疗的黑色素瘤受试者

根据 Pro00059349 收集的样本来自以下组的受试者：

1. 第 1 组 - 在开始免疫治疗之前入组的 IV 期/不可切除的 III 期黑色素瘤患者。

2. 第 2 组 - III/IV 期辅助黑色素瘤患者

   双臂的受试者已经并且可能继续从他们的医疗记录中收集数据。 信息是根据 Pro00059349 收集的，并且可能会根据该协议继续受到监控。

   C 组：存档组织的回顾性识别和收集 DEDUCE（杜克企业数据统一内容浏览器）软件工具将用于识别在杜克大学医学中心开始接受抗 PD-1 抗体免疫治疗的胃食管腺癌或鳞状细胞或黑色素瘤患者和杜克癌症研究所于2011年1月1日至2023年8月31日期间进行的研究，以及在同一时间段内接受化疗的不符合免疫治疗资格的患者。 抗 PD-1 抗体疗法将包括派姆单抗、纳武单抗或其他检查点抑制剂。 患者在开始治疗时必须年满 18 岁。 这些患者的客观反应评估将根据第 12 周标准护理 CT 或 PET CT 横截面成像进行。 将为这些患者收集额外的相应病史并建立数据库。 这包括但不限于人口统计、疾病原发和转移部位、既往医疗状况和癌症治疗。 仅当收集代表最低风险活动并且同意回顾性确定的患者是不可行的时，才会根据此回顾性部分的同意豁免来获取组织块和病史。 存档的组织收集将与队列 A 相同。

   筛选期 在筛选期内，受试者征得同意并进行研究筛选。 在开始任何仅用于确定本研究资格的筛选程序之前，必须获得知情同意。 如果在规定的筛选期内进行，并且当地机构审查委员会 (IRB)/独立道德委员会 (IEC) 政策允许，则在知情同意之前作为常规护理的一部分进行的评估可被视为筛选评估。 研究资格取决于在进行抽血和/或活检之前满足所有纳入标准且不满足任何排除标准（请参阅第 4.0 节）。

   以下研究程序必须在抽血和/或活检前 28 天内完成：

   • 知情同意书
   • 人口统计
   • 病史和癌症史
   • 伴随药物
   • 标准护理活检中收集的组织过多；如果适用，安全可行 筛选期在抽血或活检或最终确定受试者不符合研究资格时结束。

   5.1.1 关于学习期限

   • 在开始检查点抑制剂或化疗之前

     • 抽血

       • 4 x 10 mL EDTA 管中总共约 40 cc
       • 3 x 8.5 mL ACD 管中总共约 25.5 cc

   • 第一次和第二次重新分期后 +/- 7 天内

     o 抽血

     • 4 x 10 mL EDTA 管中总共约 40 cc
     • 3 x 8.5 mL ACD 管中总共约 25.5 cc
     • 可选的肿瘤活检（仅限第一次再分期）
     • 活检前的 PT/INR（仅第一次重新分期）
     • 活检前的 CBC（仅第一次重新分期）

   • 应 PI 要求进行额外重新分期访视后的 +/- 7 天内

     o 抽血

     • 4 x 10 mL EDTA 管中总共约 40 cc
     • 3 x 8.5 mL ACD 管中总共约 25.5 cc

   • 治疗期间随时

     o 如果患者在治疗期间的任何时间进行了标准护理活检，则在安全可行的情况下将从活检中获取多余的组织用于研究。

     o 临床数据将从每位受试者的医疗记录（根据第 3.0 节）中提取，直至研究期间完成一系列检查点抑制剂治疗或化疗后 3 个月。

   • 因毒性或进展而停止抗 PD-1 治疗后 +/- 7 天内 o 抽血 - 4 x 10 mL EDTA 管中总共约 40 cc

     • 3 x 8.5 mL ACD 管中总共约 25.5 cc o 如果患者在进展时接受标准护理活检，将从该活检中获取多余的组织用于研究。

       • 如果患者因完全缓解 (CR) 而停止免疫治疗，则将在停止时和随后 2 次 SOC 重新分期就诊期间或直至进展（以先到者为准）进行抽血。

   • 学习结束

     • 如果有的话，将在研究结束时从所有受试者中获取存档的 FFPE 组织

   队列 B 队列 B 的样本采集是根据 Pro00059349 完成的。 分析正在进行中，并将根据本协议继续进行。 不会有新的受试者被纳入队列 B，也不会从这些受试者中收集任何新的样本。 但是，将继续从他们的电子病历中收集数据。

   群组C 回顾性群组的受试者将如上所述被识别。 研究人员将在放弃同意的情况下招募这些受试者，收集第 3.0 节中列出的数据并获取存档的组织。 这些受试者不会有单独的筛选或 f/up 期。

   受试者终止

   将继续跟踪受试者，直到他们完成免疫检查点抑制剂治疗并收集最终的血液和组织样本。 然而，受试者可以在不造成偏见的情况下随时停止研究治疗或撤回参与研究的同意。 任何撤回 Pro0059349 同意书的受试者也将从本研究中撤回其样本和数据。 所有中止或退出试验的原因都将被记录。 研究者终止受试者的原因可能包括但不限于以下内容：

   • 死亡

   • 受试者或研究者严重不遵守规定

   • 研究者或首席 PI 确定继续参与不再安全和/或不再符合受试者的最佳利益

   • 撤回同意
   • 失去后续
   • 怀孕或正在哺乳的女性
   • 监管机构要求终止方案中单个受试者或所有受试者的治疗。