Biobanking av øvre gastrointestinale svulster for å evaluere respons (BURGER med BACON)

Studien vil bli delt inn i tre kohorter: 1) Kohort A, som vil inkludere forsøkspersoner før behandling med en immunsjekkpunkthemmer eller kjemoterapi alene; 2) Kohort B, som vil analysere prøver samlet inn fra melanompasienter under Pro00059349; og 3) Kohort C, en retrospektiv del som vil tillate innsamling av data og arkivert vev;

Kohort A: GE-individer behandlet med ICI

Deltakende forsøkspersoner vil bli registrert før oppstart av behandling med et regime som inkluderer en immunkontrollpunkthemmer eller kjemoterapi alene i tilfelle av den immunterapi-ikke kvalifiserte kohorten. Arkivert formalinfiksert parafininnstøpt (FFPE) tumorvev vil bli samlet inn for alle forsøkspersoner hvis tilgjengelig. Pasienter vil ha en valgfri ny forskningsbiopsi hvis det er en lesjon som er mottakelig for sikker biopsi som vil bli frosset for videre studier. I tillegg kan overflødig vev samles og flash-fryses fra standardbehandlingsbiopsier som oppstår mens pasienten er på studie. Objektive responsvurderinger for disse pasientene vil bli gjort ved MD-vurdering, basert på standard-of-care CT eller MR tverrsnittsavbildning. Blod- og/eller vevsprøver vil bli tatt tilsvarende på følgende tidspunkt:

Grunnlinje (forbehandling):

Pasienter vil gjennomgå en forskningsblodprøve. Hvis pasienten mottar en standardbehandlingsbiopsi etter samtykke, men før anti-PD-1-behandling starter, vil alle forsøk bli gjort for å samle vev fra denne biopsien for forskningsformål. Hvis pasienten ikke er planlagt for standardbehandlingsbiopsi i denne perioden, vil de kun ta blodprøver.

Under behandlingen:

Pasienter vil gjennomgå en valgfri forskningsvevsbiopsi og en forskningsblodprøve mens de er på anti-PD-1 terapibehandling på tidspunktet for deres første gjenopprettingsskanning. Pasienten vil gjennomgå en ny blodprøvetaking mens han er på anti-PD-1-behandling på tidspunktet for den andre gjenopprettingsskanningen. Lesjoner som tidligere ble biopsiert vil bli prioritert på behandlingsbiopsi. Eventuelt vev som har vært utsatt for strålebehandling vil ikke bli vurdert for prøvetaking. De pasientene som har bevis på stabil sykdom eller respons kan gjennomgå en gjentatt blodprøve på tidspunkter utover den andre stadieskanningen etter PI-skjønn. Hvis pasienter forblir på anti-PD-1-behandling i mer enn 12 måneder, kan PI be om ytterligere blodprøvetakinger etter 12 måneders behandling.

Etter behandling:

På tidspunktet for seponering av anti-PD-1-behandling på grunn av toksisitet eller sykdomsprogresjon, vil pasienten gjennomgå blodprøvetaking. Hvis pasienten har en standardbehandlingsbiopsi ved progresjon, vil overflødig vev fra denne biopsien bli innhentet for forskning.

Prøveinnhenting, prosessering og lagring:

Arkivert formalinfiksert parafininnstøpt (FFPE) tumorvev vil bli samlet inn for alle forsøkspersoner (hvis tilgjengelig). Tilgjengelige vevsblokker vil bli vurdert og opptil 40 lysbilder vil bli samlet inn for IHC-, DNA- og RNA-ekstraksjon. Tumorbiopsier under behandling vil kun utføres på pasienter som har en tumorlesjon som er mottakelig for sikker biopsi, og vil bli hurtigfryst. Frosne prøver vil bli behandlet for hel tumor-RNA og påfølgende transkripsjonsanalyse. De arkiverte vevsprøvene identifisert som lokalisert ved eksterne institusjoner vil bli forespurt av studieteamet og lagret i Hanks lab. Tumorvevsglass vil kreve patologisk gjennomgang av en styresertifisert patolog, og anslagsvis minimum 10 % av tumorvevet per objektglass vil bli bekreftet.

Bruk av vevsblokker som vil føre til utmattelse av tilgjengelig vev vil unngås med mindre pasienten er bekreftet å ikke lenger leve.

Pasientprøver som inneholder fullblod vil bli samlet inn og behandlet i Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Fire 10 mL EDTA-rør vil bli brukt for dobbeltspunnet, blodplatefattig plasma og perifere mononukleære blodceller (PBMC). Alle de fire 10 mL EDTA-rørene skal brukes til buffy coat-isolering. Buffy coaten samlet under denne forberedelsen for genomisk DNA-isolering vil bli transportert og lagret ved -80 °C i Hanks Laboratory (LSRC, C164-167) for fremtidige genomiske DNA-sekvenseringsstudier. Plasma vil bli isolert og lagret ved -80 °C i Hanks Laboratory for påfølgende multi-analyt ELISA-studier, ctDNA-analyse, ctRNA-analyse og/eller eksosomisolering og -analyse. Tre 8,5 ml ACD-rør vil bli brukt til PBMC-er. Disse vil bli behandlet og lagret av Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). PBMC-er vil bli analysert av Duke Immune Profiling Core-anlegget under ledelse av Dr. Kent Weinhold.

Foreslått forskning:

1. Opptil 70 pasienter vil bli registrert i kohort A.

2. Blodprøver kan undersøkes for:

   1. Plasma-EDTA-prøver kan sendes til en ekstern samarbeidspartner for genomisk profilering av sirkulerende tumor-DNA. Alternative CLIA-sertifiserte sirkulerende tumor-DNA-analyser kan vurderes.
   2. Sirkulerende proteinbiomarkører for immunfunksjon, inflammasjon, angiogenese og vaskulær aktivering vil bli analysert ved multiplekse ELISA-analyser.
   3. PBMC-prøver vil bli analysert for subtyping av immunceller ved bruk av høydimensjonal flowcytometri i Duke Immune Profiling Core (DIPC) laboratoriet. Et 28-parameter flowcytometripanel vil bli brukt til å analysere endringer i immuncellesubtypene som forventes å bli endret ved behandling, inkludert T-celleaktivering, modning og utmattelse, samt regulatorisk T-celle (Treg) og polymorfonukleær myeloide-avledede suppressorceller (PMN-MDSC) frekvenser.
3. Blodbaserte analytter mellom respondere og ikke-responderere vil bli sammenlignet. På grunn av den lille prøvestørrelsen vil resultatene være beskrivende.

4. Kliniske og demografiske data (kohorter A og C) vil bli trukket ut fra journalen for hvert individ, inkludert men ikke begrenset til følgende:

   1. Alder
   2. Kjønn
   3. Løp
   4. Post kode
   5. Antall tidligere behandlinger
   6. Kliniske resultater fra standard- og undersøkelsesterapier (beste respons, varighet av respons og årsak til seponering)
   7. Kliniske resultater fra behandlinger med immunkontrollpunkthemmere (beste respons, varighet av respons og årsak til seponering)
   8. Resultater av blodbaserte og vevsbaserte profileringsstudier
   9. Molekylære markører som kan forutsi sensitivitet eller motstand mot anti-PD-1-terapi, inkludert men ikke begrenset til tumormutasjonsbelastning, PD-L1, MSI-status, POLE STATUS
5. Vevsprøver (kohorter A og C) kan anskaffes fra utenfor sykehus i tilfeller der pasienter som er registrert i henhold til denne protokollen har fått utført biopsier og lagret på sykehus utenfor Duke Health-sykehussystemet før behandlingen ble overført til Duke.
6. Ferske frosne vevsprøver (kun kohort A) vil bli ekstrahert for RNA og nedstrøms transkripsjonsanalyse vil bli utført. Tilgjengelige vevsblokker vil bli vurdert og opptil 40 lysbilder vil bli samlet inn for RNA-ekstraksjon og videre nedstrømsbehandling for å bestemme bulk tumortranskriptom når ferskt vev ikke er tilgjengelig.

Kohort B: Melanomindivider behandlet med ICI

Prøver samlet under Pro00059349 kom fra forsøkspersoner i følgende grupper:

1. Arm 1 - stadium IV/ inoperable stadium III melanompasienter som ble registrert før immunterapi startet.

2. Arm 2 - Stadium III/IV adjuvante melanompasienter

   Forsøkspersoner i begge armer hadde og kan fortsatt ha data samlet inn fra medisinske journaler. Informasjon ble samlet inn under Pro00059349 og kan fortsette å bli overvåket under denne protokollen.

   Kohort C: Retrospektiv identifikasjon og innsamling av arkivert vev Programvareverktøyet DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) vil bli brukt til å identifisere pasienter med gastroøsofagealt adenokarsinom eller plateepitel eller melanom initiert på anti-PD-1 antistoff immunterapi ved Duke University Medical Center og Duke Cancer Institute mellom 1. januar 2011 og 31. august 2023, og pasienter som ikke var kvalifisert for immunterapi som fikk kjemoterapi i samme tidsperiode. Anti-PD-1 antistoffbehandlinger vil inkludere pembrolizumab, nivolumab eller en annen sjekkpunkthemmer. Pasienter må være ≥18 år på tidspunktet for behandlingsstart. Objektive responsvurderinger for disse pasientene vil bli gjort basert på standard-of-care uke 12 CT eller PET CT tverrsnittsavbildning. Ytterligere tilsvarende sykehistorie vil bli samlet inn og databasert for disse pasientene. Dette inkluderer, men er ikke begrenset til, demografi, primære og metastatiske sykdommer, tidligere medisinske tilstander og kreftbehandling. Vevsblokker og sykehistorie vil kun bli innhentet i henhold til en fraskrivelse av samtykke for denne retrospektive komponenten, da samlingen representerer en minimal risikoaktivitet og det ikke er mulig å gi samtykke til pasienter som ble identifisert retrospektivt. Arkivert vevsinnsamling vil være den samme som for kohort A.

   Screeningsperiode I løpet av screeningsperioden blir forsøkspersonene samtykket og screenet for studien. Informert samtykke må innhentes før igangsetting av en screeningprosedyre som utføres utelukkende med det formål å avgjøre kvalifisering for denne studien. Evalueringer utført som en del av rutinemessig behandling før informert samtykke kan betraktes som screeningsevalueringer hvis de gjøres innenfor den definerte screeningsperioden, og hvis det er tillatt av det lokale Institutional Review Board (IRB)/Independent Ethics Committee (IEC) retningslinjer. Studiekvalifisering er basert på å oppfylle alle inklusjonskriteriene og ingen av eksklusjonskriteriene (se avsnitt 4.0) før blodprøvene og/eller biopsiene utføres.

   Følgende studieprosedyrer må utføres innen 28 dager før blodprøvetaking og/eller biopsi:

   • Informert samtykke
   • Demografi
   • Medisinsk historie og krefthistorie
   • Samtidig medisinering
   • Innsamling av overflødig vev fra standard biopsi; hvis det er aktuelt, trygt og gjennomførbart. Screeningperioden slutter på tidspunktet for blodprøvetaking eller biopsi eller endelig avgjørelse om at forsøkspersonen ikke er kvalifisert for studien.

   5.1.1 Om studieperiode

   • Før start av sjekkpunkthemmer eller kjemoterapi

     • Blod trekker

       • Omtrent 40 cc totalt i 4 x 10 mL EDTA-rør
       • Omtrent 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rør

   • Innen +/- 7 dager etter 1. og 2. gjenoppretting

     o Blodet trekker

     • Omtrent 40 cc totalt i 4 x 10 mL EDTA-rør
     • Omtrent 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rør
     • Valgfri svulstbiopsi (kun første omplassering)
     • PT/INR før biopsi (kun første restaking)
     • CBC før biopsi (kun første gjenopptagelse)

   • Innen +/- 7 dager etter ytterligere gjenopprettingsbesøk på PI-forespørsel

     o Blodet trekker

     • Omtrent 40 cc totalt i 4 x 10 mL EDTA-rør
     • Omtrent 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rør

   • Når som helst under behandling

     o Hvis pasienten har en standardbehandlingsbiopsi når som helst under behandling, vil overflødig vev fra denne biopsien bli innhentet for forskning hvis det er trygt og mulig.

     o Kliniske data vil bli hentet ut fra journalen (ihht. pkt. 3.0) for hvert forsøksperson inntil 3 måneder etter fullført linje med sjekkpunkthemmerbehandling eller kjemoterapi under studien.

   • Innen +/- 7 dager etter seponering av anti-PD-1-behandling for toksisitet eller progresjon o Blodprøver - Omtrent 40 cc totalt i 4 x 10 mL EDTA-rør

     • Omtrent 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rør o Hvis pasienten har en standardbehandlingsbiopsi ved progresjon, vil overflødig vev fra denne biopsien bli innhentet for forskning.

       • Hvis pasienten avbryter immunterapi for fullstendig respons (CR), vil blodprøvetaking skje ved seponering og under 2 påfølgende SOC-re-stadiebesøk eller inntil progresjon, avhengig av hva som kommer først.

   • Slutt på studiet

     • Hvis tilgjengelig, vil arkivert FFPE-vev innhentes fra alle forsøkspersoner ved slutten av studien

   Kohort B Prøveinnsamling for kohort B ble fullført under Pro00059349. Analyse pågår og vil fortsette under denne protokollen. Det vil ikke bli påmeldt nye emner til kull B, og heller ikke nye prøver samlet inn fra disse emnene. Data vil imidlertid fortsatt bli samlet inn fra deres elektroniske journaler.

   Kohort C Emner for den retrospektive kohorten vil bli identifisert som beskrevet ovenfor. Etterforskerne vil registrere disse forsøkspersonene under et samtykke, samle inn dataene oppført i avsnitt 3.0 og skaffe arkivert vev. Det vil ikke være egne screenings- eller f/up-perioder for disse fagene.

   Avbrytelse av emnet

   Forsøkspersonene vil fortsette å følges til de fullfører behandling med immunsjekkpunkthemmere og de endelige blod- og vevsprøvene er samlet inn. Imidlertid kan forsøkspersoner avbryte studiebehandlingen eller trekke tilbake samtykket til å delta i studien når som helst uten fordommer. Enhver forsøksperson som trekker tilbake samtykke for Pro0059349 vil også få sine prøver og data trukket fra denne studien. Alle årsaker til avslutning eller tilbaketrekking fra prøveperioden vil bli registrert. Årsaker til at etterforskeren avslutter forsøket kan omfatte, men er ikke begrenset til, følgende:

   • Død

   • Betydelig manglende etterlevelse av emne eller etterforsker

   • Etterforsker eller ledende PI fastsetter at det ikke lenger er trygt og/eller ikke lenger i forsøkspersonens beste interesse å fortsette deltakelsen

   • Tilbaketrekking av samtykke
   • Tapte for oppfølging
   • Kvinner som blir gravide eller ammer
   • Forespørsel fra reguleringsorganer om avslutning av behandling av et enkelt individ eller alle emner under protokollen.