Biobanking av övre gastrointestinala tumörer för att utvärdera respons (BURGER med BACON)

Studien kommer att delas in i tre kohorter: 1) Kohort A, som kommer att registrera försökspersoner före behandling med en immunkontrollpunktshämmare eller enbart kemoterapi; 2) Kohort B, som kommer att analysera prover som samlats in från melanompatienter under Pro00059349; och 3) Kohort C, en retrospektiv del som möjliggör insamling av data och arkiverad vävnad;

Kohort A: GE-subjekt behandlade med ICI

Deltagande försökspersoner kommer att registreras innan behandlingen påbörjas med en regim som inkluderar en immunkontrollpunktshämmare eller enbart kemoterapi i fallet med den immunterapi som inte är kvalificerad kohort. Arkiverad formalinfixerad paraffininbäddad (FFPE) tumörvävnad kommer att samlas in för alla försökspersoner om tillgänglig. Patienter kommer att ha en valfri ny forskningsbiopsi om det finns en lesion som är mottaglig för säker biopsi som kommer att frysas för ytterligare studier. Dessutom kan överflödig vävnad samlas in och snabbfrysas från standardvårdsbiopsier som sker medan patienten är under studie. Objektiva svarsbedömningar för dessa patienter kommer att göras genom MD-bedömning, baserad på standard-of-care CT- eller MRT-tvärsnittsavbildning. Blod- och/eller vävnadsprover kommer att tas vid följande tidpunkter:

Baslinje (förbehandling):

Patienterna kommer att genomgå en forskningsblodtagning. Om patienten får en standardvårdsbiopsi efter att ha gett sitt samtycke men innan anti-PD-1-terapi påbörjas, kommer alla försök att göras för att samla in vävnad från denna biopsi för forskningsändamål. Om patienten inte är schemalagd för standardvårdsbiopsi under denna period kommer de endast att genomgå blodtagning.

Under behandlingen:

Patienterna kommer att genomgå en valfri forskningsvävnadsbiopsi och en forskningsblodtagning medan de behandlas med anti-PD-1-terapi vid tidpunkten för sin första återställningsskanning. Patienten kommer att genomgå ytterligare en forskningsblodtagning medan han är på anti-PD-1-terapi vid tidpunkten för sin andra omstöpning. Lesioner som biopsierades tidigare kommer att prioriteras för behandlingsbiopsi. Någon vävnad som har utsatts för strålbehandling kommer inte att övervägas för provtagning. De patienter som har tecken på stabil sjukdom eller svar kan genomgå en upprepad blodtagning vid tidpunkter efter den andra stadieundersökningen efter PI-bedömning. Om patienter förblir på anti-PD-1-behandling i mer än 12 månader, kan PI begära ytterligare blodprov efter 12 månaders behandling.

Efter behandling:

Vid tidpunkten för avbrytande av anti-PD-1-behandling på grund av toxicitet eller sjukdomsprogression kommer patienten att genomgå en blodtagning. Om patienten har en standardvårdsbiopsi vid progression, kommer överskottsvävnad från denna biopsi att tas för forskning.

Provinsamling, bearbetning och lagring:

Arkiverad formalinfixerad paraffininbäddad (FFPE) tumörvävnad kommer att samlas in för alla försökspersoner (om tillgänglig). Tillgängliga vävnadsblock kommer att bedömas och upp till 40 objektglas kommer att samlas in för extraktion av IHC, DNA och RNA. Tumörbiopsier under behandling kommer endast att utföras på patienter som har en tumörskada som är mottaglig för säker biopsi, och kommer att bli snabbfrysta. Frysta prover kommer att bearbetas för hel tumör-RNA och efterföljande transkriptionsanalys. De arkiverade vävnadsprover som identifierats som belägna på externa institutioner kommer att begäras av studieteamet och lagras i Hanks labb. Tumörvävnadsobjektglas kommer att kräva patologisk granskning av en styrelsecertifierad patolog, och uppskattningsvis minst 10 % av tumörvävnaden per objektglas kommer att bekräftas.

Användning av vävnadsblock som skulle leda till utmattning av tillgänglig vävnad kommer att undvikas om inte patienten bekräftas att den inte längre lever.

Patientprover som innehåller helblod kommer att samlas in och bearbetas inom Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Fyra 10 mL EDTA-rör kommer att användas för dubbelspunnen, blodplättsfattig plasma och perifera mononukleära blodceller (PBMC). Alla fyra 10 ml EDTA-rör kommer att användas för buffy coat-isolering. Den buffy coat som samlas in under denna förberedelse för genomisk DNA-isolering kommer att transporteras och lagras vid -80°C i Hanks Laboratory (LSRC, C164-167) för framtida genomiska DNA-sekvenseringsstudier. Plasma kommer att isoleras och lagras vid -80°C i Hanks Laboratory för efterföljande multianalyt-ELISA-studier, ctDNA-analys, ctRNA-analys och/eller exosomisolering och analys. Tre 8,5 ml ACD-rör kommer att användas för PBMC. Dessa kommer att behandlas och lagras av Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). PBMCs kommer att analyseras av Duke Immune Profiling Core-anläggningen under ledning av Dr. Kent Weinhold.

Föreslagen forskning:

1. Upp till 70 patienter kommer att skrivas in i kohort A.

2. Blodprover kan undersökas för:

   1. Plasma-EDTA-prover kan skickas till en extern samarbetspartner för genomisk profilering av cirkulerande tumör-DNA. Alternativa CLIA-certifierade cirkulerande tumör-DNA-analyser kan övervägas.
   2. Cirkulerande proteinbiomarkörer för immunfunktion, inflammation, angiogenes och vaskulär aktivering kommer att analyseras med multiplex ELISA-analyser.
   3. PBMC-prover kommer att analyseras för subtypning av immunceller med hjälp av högdimensionell flödescytometri i Duke Immune Profiling Core-laboratoriet (DIPC). En flödescytometripanel med 28 parametrar kommer att användas för att analysera förändringar i de immuncellssubtyper som förväntas förändras genom behandling, inklusive T-cellsaktivering, mognad och utmattning, såväl som regulatoriska T-celler (Treg) och polymorfonukleära celler. myeloid-härledda suppressorceller (PMN-MDSC) frekvenser.
3. Blodbaserade analyter mellan responders och non-responders kommer att jämföras. På grund av det lilla urvalet kommer resultaten att vara beskrivande.

4. Kliniska och demografiska data (kohorter A och C) kommer att extraheras från journalen för varje individ, inklusive men inte begränsat till följande:

   1. Ålder
   2. Kön
   3. Lopp
   4. Postnummer
   5. Antal tidigare terapier
   6. Kliniska resultat från standard- och undersökningsterapier (bästa svar, varaktighet av svar och anledning till avbrott)
   7. Kliniska resultat från behandlingar med immunkontrollpunktshämmare (bästa svar, svarslängd och anledning till avbrott)
   8. Resultat av blodbaserade och vävnadsbaserade profileringsstudier
   9. Molekylära markörer som kan förutsäga känslighet eller resistens mot anti-PD-1-terapi, inklusive men inte begränsat till tumörmutationsbörda, PD-L1, MSI-status, POLE STATUS
5. Vävnadsprover (kohorter A och C) kan erhållas från externa sjukhus i de fall där patienter som registrerats enligt detta protokoll har fått biopsier utförda och lagrade på sjukhus utanför sjukhussystemet Duke Health innan vård övergår till Duke.
6. Färska frysta vävnadsprover (endast kohort A) kommer att extraheras för RNA och nedströms transkriptionsanalys kommer att utföras. Tillgängliga vävnadsblock kommer att bedömas och upp till 40 objektglas kommer att samlas in för RNA-extraktion och vidare nedströms bearbetning för att bestämma bulktumörtranskriptom när färsk vävnad inte är tillgänglig.

Kohort B: Melanompatienter behandlade med ICI

Prover som samlats in under Pro00059349 kom från försökspersoner i följande grupper:

1. Arm 1 - stadium IV/ icke-opererbara melanompatienter i stadium III som registrerades innan immunterapi påbörjades.

2. Arm 2 - Stadium III/IV adjuvant melanompatienter

   Försökspersoner i båda armarna hade och kan fortsätta att ha data insamlade från sina journaler. Information samlades in under Pro00059349 och kan fortsätta att övervakas under detta protokoll.

   Kohort C: Retrospektiv identifiering och insamling av arkiverad vävnad Programvaruverktyget DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) kommer att användas för att identifiera patienter med gastroesofagealt adenokarcinom eller skivepitel eller melanom som initierats med anti-PD-1 antikroppsimmunterapi vid Duke University Medical Center och Duke Cancer Institute mellan 1 januari 2011 och 31 augusti 2023, och patienter som inte var berättigade till immunterapi som fick kemoterapi under samma tidsperiod. Anti-PD-1 antikroppsterapier kommer att inkludera pembrolizumab, nivolumab eller annan checkpoint-hämmare. Patienterna måste vara ≥18 år vid tidpunkten för behandlingsstart. Objektiva svarsbedömningar för dessa patienter kommer att göras baserat på standard-of-care vecka 12 CT eller PET CT tvärsnittsavbildning. Ytterligare motsvarande medicinsk historia kommer att samlas in och databas för dessa patienter. Detta inkluderar men är inte begränsat till demografi, sjukdomens primära och metastaserande platser, tidigare medicinska tillstånd och cancerbehandling. Vävnadsblockeringar och medicinsk historia kommer endast att erhållas enligt ett avstående från samtycke för denna retrospektiva komponent eftersom insamlingen representerar en minimal riskaktivitet och det inte är möjligt att ge samtycke till patienter som identifierats i efterhand. Arkiverad vävnadsinsamling kommer att vara densamma som för Cohort A.

   Screeningsperiod Under screeningsperioden godkänns försökspersonerna och screenas för studien. Informerat samtycke måste erhållas innan någon screeningprocedur påbörjas som utförs enbart i syfte att fastställa behörighet för denna studie. Utvärderingar som utförs som en del av rutinvård före informerat samtycke kan betraktas som screeningutvärderingar om de görs inom den definierade screeningsperioden och om det är tillåtet av den lokala institutionella granskningsnämnden (IRB)/Independent Ethics Committee (IEC) policyer. Studieberättigande baseras på att alla inklusionskriterier och inga av uteslutningskriterierna uppfylls (se avsnitt 4.0) innan blodtagningar och/eller biopsier utförs.

   Följande studieprocedurer måste utföras inom 28 dagar före blodtagning och/eller biopsi:

   • Informerat samtycke
   • Demografi
   • Medicinsk historia och cancerhistoria
   • Samtidig medicinering
   • Uppsamling av överskott av vävnad från biopsi av standardvård; om tillämpligt, säkert och genomförbart. Screeningperioden slutar vid tidpunkten för blodtagningen eller biopsi eller slutligt fastställande av att försökspersonen inte är kvalificerad för studien.

   5.1.1 Om studieperiod

   • Innan du startar checkpoint-hämmare eller kemoterapi

     • Blod drar

       • Cirka 40 cc totalt i 4 x 10 ml EDTA-rör
       • Cirka 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rör

   • Inom +/- 7 dagar efter 1:a och 2:a omlagringen

     o Blod drar

     • Cirka 40 cc totalt i 4 x 10 ml EDTA-rör
     • Cirka 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rör
     • Valfri tumörbiopsi (endast första omläggning)
     • PT/INR före biopsi (endast första omtagning)
     • CBC före biopsi (endast första omplacering)

   • Inom +/- 7 dagar efter ytterligare återställningsbesök på PI-begäran

     o Blod drar

     • Cirka 40 cc totalt i 4 x 10 ml EDTA-rör
     • Cirka 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rör

   • När som helst under behandling

     o Om patienten har en biopsi av standardvård när som helst under behandlingen, kommer överskottsvävnad från denna biopsi att tas för forskning om det är säkert och genomförbart.

     o Kliniska data kommer att extraheras från journalen (enligt avsnitt 3.0) för varje försöksperson upp till 3 månader efter avslutad linje med checkpoint-hämmare eller kemoterapi under studien.

   • Inom +/- 7 dagar efter avslutad anti-PD-1-behandling för toxicitet eller progression o Blodtagningar - Cirka 40 cc totalt i 4 x 10 ml EDTA-rör

     • Cirka 25,5 cc totalt i 3 x 8,5 ml ACD-rör o Om patienten har en standardvårdsbiopsi vid progression, kommer överskottsvävnad från denna biopsi att tas för forskning.

       • Om patienten avbryter immunterapi för fullständigt svar (CR), kommer blodtappningar att ske vid tidpunkten för avbrytande och under 2 efterföljande SOC-omstadiebesök eller tills progression, beroende på vilket som inträffar först.

   • Slut på studien

     • Om tillgängligt kommer arkiverad FFPE-vävnad att erhållas från alla försökspersoner i slutet av studien

   Kohort B Provinsamlingen för kohort B genomfördes under Pro00059349. Analys pågår och kommer att fortsätta enligt detta protokoll. Det kommer inga nya försökspersoner att registreras till kohort B, och inte heller några nya prover som samlas in från dessa försökspersoner. Data kommer dock att fortsätta att samlas in från deras elektroniska journaler.

   Kohort C Ämnen för den retrospektiva kohorten kommer att identifieras enligt beskrivningen ovan. Utredarna kommer att registrera dessa försökspersoner under ett avstående från samtycke, samla in data som anges i avsnitt 3.0 och skaffa arkiverad vävnad. Det kommer inte att finnas några separata screening- eller f/up-perioder för dessa ämnen.

   Ämnesavbrott

   Försökspersonerna kommer att fortsätta att följas tills de avslutar behandlingen med immunkontrollpunktshämmare och de slutliga blod- och vävnadsproverna har samlats in. Emellertid kan försökspersoner avbryta studiebehandlingen eller dra tillbaka sitt samtycke till att delta i studien när som helst utan fördomar. Varje försöksperson som återkallar samtycke för Pro0059349 kommer också att få sina prover och data dras tillbaka från denna studie. Alla skäl för att avbryta eller dra sig ur provperioden kommer att registreras. Skälen till att utredaren avbryter ämnet kan inkludera, men är inte begränsade till, följande:

   • Död

   • Betydande bristande efterlevnad av ämne eller utredare

   • Utredare eller ledande PI beslutar att det inte längre är säkert och/eller inte längre i försökspersonens bästa att fortsätta delta

   • Återkallande av samtycke
   • Förlorade till uppföljning
   • Kvinnor som blir gravida eller ammar
   • Begäran från tillsynsmyndigheter om upphörande av behandling av en enskild patient eller alla patienter enligt protokollet.