Biobanco de tumores gastrointestinales superiores para evaluar la respuesta (BURGER With BACON)

El estudio se dividirá en tres cohortes: 1) Cohorte A, que inscribirá sujetos antes del tratamiento con un inhibidor de puntos de control inmunológico o quimioterapia sola; 2) Cohorte B, que analizará muestras recolectadas de pacientes con melanoma según Pro00059349; y 3) Cohorte C, una parte retrospectiva que permitirá la recopilación de datos y tejido archivado;

Cohorte A: Sujetos GE tratados con ICI

Los sujetos participantes se inscribirán antes de iniciar el tratamiento con un régimen que incluya un inhibidor del punto de control inmunológico o quimioterapia sola en el caso de la cohorte no elegible para inmunoterapia. Se recolectará tejido tumoral archivado embebido en parafina, fijado con formalina (FFPE) para todos los sujetos, si está disponible. Los pacientes tendrán una biopsia de investigación nueva opcional solo si hay una lesión susceptible de biopsia segura que se congelará para estudios adicionales. Además, se puede recolectar y congelar rápidamente el exceso de tejido a partir de biopsias de atención estándar que se realizan mientras el paciente está en estudio. Las evaluaciones de respuesta objetiva para estos pacientes se realizarán mediante una evaluación médica, basada en imágenes transversales de CT o MRI de atención estándar. Se tomarán muestras de sangre y/o tejido en consecuencia en los siguientes momentos:

Valor inicial (pretratamiento):

Los pacientes se someterán a una extracción de sangre de investigación. Si el sujeto recibe una biopsia de atención estándar después de dar su consentimiento pero antes de comenzar la terapia anti-PD-1, se hará todo lo posible para recolectar tejido de esta biopsia con fines de investigación. Si el paciente no está programado para una biopsia de atención estándar durante este período, solo se le extraerá sangre.

Durante el tratamiento:

Los pacientes se someterán a una biopsia de tejido de investigación opcional y a una extracción de sangre de investigación mientras reciben tratamiento de terapia anti-PD-1 en el momento de su primera exploración de reestadificación. El paciente se someterá a otra extracción de sangre de investigación mientras recibe terapia anti-PD-1 en el momento de su segunda exploración de reestadificación. Las lesiones a las que se les realizó una biopsia previamente tendrán prioridad para la biopsia de tratamiento. No se considerará para el muestreo ningún tejido que haya sido sometido a radioterapia. Aquellos pacientes que tengan evidencia de enfermedad o respuesta estable pueden someterse a una nueva extracción de sangre en momentos posteriores a la segunda exploración de estadificación, a discreción del IP. Si los pacientes permanecen en terapia anti-PD-1 durante más de 12 meses, el IP puede solicitar extracciones de sangre adicionales después de 12 meses de tratamiento.

Después del tratamiento:

En el momento de la interrupción de la terapia anti-PD-1 debido a toxicidad o progresión de la enfermedad, al paciente se le realizará una extracción de sangre. Si al paciente se le realiza una biopsia de atención estándar en el momento de la progresión, se obtendrá el exceso de tejido de esta biopsia para investigación.

Adquisición, procesamiento y almacenamiento de muestras:

Se recolectará tejido tumoral archivado embebido en parafina, fijado con formalina (FFPE) para todos los sujetos (si está disponible). Se evaluarán los bloques de tejido disponibles y se recolectarán hasta 40 portaobjetos para la extracción de IHC, ADN y ARN. Las biopsias de tumores durante el tratamiento se realizarán solo en pacientes que tengan una lesión tumoral que sea susceptible de una biopsia segura y se congelarán instantáneamente. Las muestras congeladas se procesarán para el ARN tumoral completo y el posterior análisis transcripcional. El equipo del estudio solicitará las muestras de tejido archivadas identificadas como ubicadas en instituciones externas y las almacenará en el laboratorio de Hanks. Los portaobjetos de tejido tumoral requerirán una revisión patológica por parte de un patólogo certificado y se estima que se confirmará un mínimo del 10 % de tejido tumoral por portaobjetos.

Se evitará el uso de cualquier bloque de tejido que pueda provocar el agotamiento del tejido disponible a menos que se confirme que el paciente ya no vive.

Las muestras de pacientes que contengan sangre completa se recolectarán y procesarán en el Laboratorio de Investigación del Centro Oncológico de Duke (CCRL). Se utilizarán cuatro tubos de EDTA de 10 ml para plasma pobre en plaquetas y células mononucleares de sangre periférica (PBMC, por sus siglas en inglés) de doble hilado. Se utilizarán los cuatro tubos de EDTA de 10 ml para el aislamiento de la capa leucocitaria. La capa leucocitaria recolectada durante esta preparación para el aislamiento del ADN genómico se transportará y almacenará a -80 °C en el Laboratorio Hanks (LSRC, C164-167) para futuros estudios de secuenciación del ADN genómico. El plasma se aislará y almacenará a -80 °C en el laboratorio Hanks para estudios ELISA multianalito posteriores, análisis de ctDNA, análisis de ctRNA y/o aislamiento y análisis de exosomas. Se utilizarán tres tubos ACD de 8,5 ml para PBMC. Estos serán procesados ​​y almacenados por el Núcleo de Servicios de Sustrato y Soporte de Investigación (SSCRS). Las PBMC serán analizadas por las instalaciones de Duke Immune Profiling Core bajo la dirección del Dr. Kent Weinhold.

Investigación propuesta:

1. Se inscribirán hasta 70 pacientes en la cohorte A.

2. Se pueden investigar muestras de sangre para detectar:

   1. Las muestras de plasma con EDTA se pueden enviar a un colaborador externo para realizar un perfil genómico del ADN tumoral circulante. Se pueden considerar ensayos alternativos de ADN tumoral circulante certificados por CLIA.
   2. Los biomarcadores de proteínas circulantes para la función inmune, la inflamación, la angiogénesis y la activación vascular se analizarán mediante ensayos ELISA múltiples.
   3. Las muestras de PBMC se analizarán para determinar el subtipo de células inmunitarias mediante citometría de flujo de alta dimensión en el laboratorio Duke Immune Profiling Core (DIPC). Se utilizarán paneles de citometría de flujo de 28 parámetros para analizar los cambios en los subtipos de células inmunes que se espera que sean alterados por el tratamiento, incluida la activación, maduración y agotamiento de las células T, así como las células T reguladoras (Treg) y polimorfonucleares. Frecuencias de células supresoras derivadas de mieloides (PMN-MDSC).
3. Se compararán los analitos sanguíneos entre los que responden y los que no responden. Debido al pequeño tamaño de la muestra, los resultados serán descriptivos.

4. Los datos clínicos y demográficos (cohortes A y C) se extraerán del registro médico de cada sujeto, incluidos, entre otros, los siguientes:

   1. Edad
   2. Género
   3. Carrera
   4. Código postal
   5. Número de terapias previas
   6. Resultados clínicos de terapias estándar y en investigación (mejor respuesta, duración de la respuesta y motivo de la interrupción)
   7. Resultados clínicos de las terapias con inhibidores de puntos de control inmunitarios (mejor respuesta, duración de la respuesta y motivo de la interrupción)
   8. Resultados de estudios de perfiles basados ​​en sangre y tejidos.
   9. Marcadores moleculares que pueden predecir la sensibilidad o resistencia a la terapia anti-PD-1, incluidos, entre otros, carga mutacional tumoral, PD-L1, estado de MSI, ESTADO POLE
5. Las muestras de tejido (cohortes A y C) se pueden adquirir de hospitales externos en los casos en que a los pacientes inscritos en este protocolo se les hayan realizado y almacenado biopsias en hospitales fuera del sistema hospitalario de Duke Health antes de realizar la transición de la atención a Duke.
6. Se extraerán muestras de tejido fresco congelado (solo cohorte A) para obtener ARN y se realizará un análisis transcripcional posterior. Se evaluarán los bloques de tejido disponibles y se recolectarán hasta 40 portaobjetos para la extracción de ARN y su posterior procesamiento para determinar el transcriptoma tumoral en masa cuando no haya tejido fresco disponible.

Cohorte B: sujetos con melanoma tratados con ICI

Las muestras recolectadas bajo Pro00059349 provinieron de sujetos de los siguientes grupos:

1. Grupo 1: pacientes con melanoma en estadio IV/en estadio III irresecable que se inscribieron antes de comenzar la inmunoterapia.

2. Grupo 2: pacientes con melanoma adyuvante en estadio III/IV

   Los sujetos de ambos brazos tenían y pueden seguir teniendo datos recopilados de sus registros médicos. La información se recopiló según Pro00059349 y puede continuar siendo monitoreada según este protocolo.

   Cohorte C: Identificación retrospectiva y recopilación de tejido archivado La herramienta de software DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) se utilizará para identificar pacientes con adenocarcinoma gastroesofágico o células escamosas o melanoma iniciados con inmunoterapia con anticuerpos anti-PD-1 en el Centro Médico de la Universidad de Duke y el Duke Cancer Institute entre el 1 de enero de 2011 y el 31 de agosto de 2023, y los pacientes no elegibles para inmunoterapia que recibieron quimioterapia durante el mismo período. Las terapias con anticuerpos anti-PD-1 incluirán pembrolizumab, nivolumab u otro inhibidor de puntos de control. Los pacientes deben tener ≥18 años al momento de iniciar el tratamiento. Las evaluaciones de respuesta objetiva para estos pacientes se realizarán basándose en imágenes transversales de CT o PET CT de la semana 12 de atención estándar. Se recopilará y creará una base de datos del historial médico correspondiente adicional para estos pacientes. Esto incluye, entre otros, datos demográficos, sitios primarios y metastásicos de la enfermedad, afecciones médicas previas y tratamiento del cáncer. Los bloques de tejido y el historial médico se obtendrán de acuerdo con una Renuncia de consentimiento para este componente retrospectivo solo porque la recolección representa una actividad de riesgo mínimo y no es factible dar consentimiento a los pacientes que fueron identificados retrospectivamente. La recolección de tejidos archivados será la misma que para la cohorte A.

   Período de selección Durante el Período de selección, los sujetos reciben su consentimiento y son evaluados para el estudio. Se debe obtener el consentimiento informado antes de iniciar cualquier procedimiento de detección que se realice únicamente con el fin de determinar la elegibilidad para este estudio. Las evaluaciones realizadas como parte de la atención de rutina antes del consentimiento informado pueden considerarse evaluaciones de detección si se realizan dentro del período de detección definido y si lo permiten las políticas locales de la Junta de Revisión Institucional (IRB) o del Comité de Ética Independiente (IEC). La elegibilidad del estudio se basa en el cumplimiento de todos los criterios de inclusión y ninguno de los criterios de exclusión (consulte la sección 4.0) antes de que se realicen las extracciones de sangre y/o las biopsias.

   Los siguientes procedimientos del estudio deben realizarse dentro de los 28 días anteriores a la extracción de sangre y/o la biopsia:

   • Consentimiento informado
   • Demografía
   • Historia médica y de cáncer.
   • Medicaciones concomitantes
   • Exceso de recolección de tejido de la biopsia de atención estándar; si corresponde, es seguro y factible. El Período de selección finaliza en el momento de la extracción de sangre o la biopsia o la determinación final de que el sujeto no es elegible para el estudio.

   5.1.1 Sobre el período de estudio

   • Antes de comenzar con inhibidores de puntos de control o quimioterapia

     • extracciones de sangre

       • Aproximadamente 40 cc en total en 4 tubos de EDTA de 10 ml
       • Aproximadamente 25,5 cc en total en 3 tubos ACD de 8,5 ml

   • Dentro de +/- 7 días de la 1.ª y 2.ª reestadificación

     o extracciones de sangre

     • Aproximadamente 40 cc en total en 4 tubos de EDTA de 10 ml
     • Aproximadamente 25,5 cc en total en 3 tubos ACD de 8,5 ml
     • Biopsia de tumor opcional (solo la primera reestadificación)
     • PT/INR antes de la biopsia (solo la primera reestadificación)
     • CBC antes de la biopsia (solo la primera reestadificación)

   • Dentro de +/- 7 días de visitas adicionales de reestadificación a solicitud del IP

     o extracciones de sangre

     • Aproximadamente 40 cc en total en 4 tubos de EDTA de 10 ml
     • Aproximadamente 25,5 cc en total en 3 tubos ACD de 8,5 ml

   • En cualquier momento durante el tratamiento

     o Si al paciente se le realiza una biopsia de atención estándar en cualquier momento durante el tratamiento, se obtendrá el exceso de tejido de esta biopsia para investigación si es seguro y factible.

     o Los datos clínicos se extraerán del expediente médico (según la sección 3.0) de cada sujeto hasta 3 meses después de completar una línea de terapia con inhibidores de puntos de control o quimioterapia durante el estudio.

   • Dentro de +/- 7 días de suspender la terapia anti-PD-1 por toxicidad o progresión o Extracción de sangre: aproximadamente 40 cc en total en 4 tubos con EDTA de 10 ml

     • Aproximadamente 25,5 cc en total en 3 tubos ACD de 8,5 ml o Si al paciente se le realiza una biopsia de atención estándar en la progresión, se obtendrá el exceso de tejido de esta biopsia para investigación.

       • Si el paciente interrumpe la inmunoterapia para obtener una respuesta completa (CR), se realizarán extracciones de sangre en el momento de la interrupción y durante 2 visitas posteriores de reestadificación del SOC o hasta la progresión, lo que ocurra primero.

   • Fin del estudio

     • Si está disponible, se obtendrá tejido FFPE archivado de todos los sujetos al final del estudio.

   Cohorte B La recolección de muestras para la cohorte B se completó en Pro00059349. El análisis está en curso y continuará bajo este protocolo. No se inscribirán nuevos sujetos en la cohorte B, ni se recolectarán nuevas muestras de estos sujetos. Sin embargo, se seguirán recopilando datos de sus registros médicos electrónicos.

   Cohorte C Los sujetos de la cohorte retrospectiva se identificarán como se describe anteriormente. Los investigadores inscribirán a estos sujetos bajo una renuncia de consentimiento, recopilarán los datos enumerados en la sección 3.0 y obtendrán tejido archivado. No habrá exámenes separados ni períodos de preparación para estos sujetos.

   Discontinuación del sujeto

   Se seguirá realizando un seguimiento de los sujetos hasta que completen el tratamiento con inhibidores de puntos de control inmunitarios y se recolecten las muestras finales de sangre y tejido. Sin embargo, los sujetos pueden interrumpir el tratamiento del estudio o retirar su consentimiento para participar en el estudio en cualquier momento sin perjuicio. A cualquier sujeto que retire su consentimiento para Pro0059349 también se le retirarán sus muestras y datos de este estudio. Se registrarán todos los motivos de la interrupción o el retiro del ensayo. Los motivos para la interrupción del sujeto por parte del investigador pueden incluir, entre otros, los siguientes:

   • Muerte

   • Incumplimiento significativo por parte del sujeto o investigador

   • Determinación del investigador o del investigador principal de que ya no es seguro y/o ya no es lo mejor para el sujeto continuar con la participación.

   • Retirada del consentimiento
   • Perdido en el seguimiento
   • Mujeres que quedan embarazadas o están amamantando.
   • Solicitud por parte de agencias reguladoras para la terminación del tratamiento de un sujeto individual o de todos los sujetos bajo el protocolo.