Biobanking von Tumoren des oberen Gastrointestinaltrakts zur Bewertung der Reaktion (BURGER mit BACON)

Die Studie wird in drei Kohorten unterteilt: 1) Kohorte A, in die Probanden vor der Behandlung mit einem Immun-Checkpoint-Inhibitor oder einer alleinigen Chemotherapie aufgenommen werden; 2) Kohorte B, die Proben analysiert, die von Melanompatienten unter Pro00059349 gesammelt wurden; und 3) Kohorte C, ein retrospektiver Teil, der die Sammlung von Daten und archiviertem Gewebe ermöglicht;

Kohorte A: GE-Patienten, die mit ICI behandelt wurden

Die teilnehmenden Probanden werden vor Beginn der Behandlung mit einem Schema, das einen Immun-Checkpoint-Inhibitor oder eine alleinige Chemotherapie umfasst, im Falle der für eine Immuntherapie nicht geeigneten Kohorte eingeschrieben. Archiviertes, in Formalin fixiertes, in Paraffin eingebettetes (FFPE) Tumorgewebe wird für alle Probanden gesammelt, sofern verfügbar. Bei Patienten wird optional nur eine frische Forschungsbiopsie durchgeführt, wenn eine Läsion vorliegt, die für eine sichere Biopsie geeignet ist und für weitere Studien eingefroren wird. Darüber hinaus kann überschüssiges Gewebe aus Standardbiopsien, die während der Untersuchung des Patienten anfallen, entnommen und schockgefroren werden. Die objektive Beurteilung des Ansprechens dieser Patienten erfolgt durch eine MD-Beurteilung auf der Grundlage einer standardmäßigen CT- oder MRT-Schnittbildgebung. Zu folgenden Zeitpunkten werden entsprechend Blut- und/oder Gewebeproben entnommen:

Ausgangswert (Vorbehandlung):

Den Patienten wird eine Blutentnahme zu Forschungszwecken durchgeführt. Wenn der Proband nach seiner Einwilligung, aber vor Beginn der Anti-PD-1-Therapie eine Standardbiopsie erhält, wird jeder Versuch unternommen, Gewebe aus dieser Biopsie zu Forschungszwecken zu entnehmen. Wenn für den Patienten in diesem Zeitraum keine Standardbiopsie vorgesehen ist, wird ihm lediglich Blut entnommen.

Während der Behandlung:

Während der Anti-PD-1-Therapie werden die Patienten zum Zeitpunkt ihres ersten Restaging-Scans optional einer Gewebebiopsie und einer Blutentnahme unterzogen. Dem Patienten wird während der Anti-PD-1-Therapie zum Zeitpunkt seines zweiten Restaging-Scans eine weitere Forschungsblutentnahme unterzogen. Läsionen, die zuvor biopsiert wurden, werden bei der Behandlungsbiopsie priorisiert. Gewebe, das einer Strahlentherapie unterzogen wurde, wird für die Probenahme nicht berücksichtigt. Patienten, die Hinweise auf eine stabile Erkrankung oder ein stabiles Ansprechen haben, können nach Ermessen des PI zu Zeitpunkten nach dem zweiten Staging-Scan einer erneuten Blutentnahme unterzogen werden. Wenn Patienten länger als 12 Monate eine Anti-PD-1-Therapie erhalten, kann der PI nach 12 Monaten Behandlung zusätzliche Blutabnahmen verlangen.

Nach der Behandlung:

Zum Zeitpunkt des Abbruchs der Anti-PD-1-Therapie aufgrund von Toxizität oder Krankheitsprogression wird dem Patienten eine Blutabnahme durchgeführt. Wenn der Patient im Verlauf einer Standardbiopsie unterzogen wird, wird überschüssiges Gewebe aus dieser Biopsie für Forschungszwecke entnommen.

Probengewinnung, -verarbeitung und -speicherung:

Für alle Probanden wird archiviertes, in Formalin fixiertes, in Paraffin eingebettetes (FFPE) Tumorgewebe gesammelt (sofern verfügbar). Verfügbare Gewebeblöcke werden bewertet und bis zu 40 Objektträger werden für die IHC-, DNA- und RNA-Extraktion gesammelt. Tumorbiopsien während der Behandlung werden nur bei Patienten durchgeführt, die eine Tumorläsion haben, die für eine sichere Biopsie geeignet ist, und werden schockgefroren. Gefrorene Proben werden für die gesamte Tumor-RNA und die anschließende Transkriptionsanalyse verarbeitet. Die archivierten Gewebeproben, bei denen festgestellt wurde, dass sie sich an externen Institutionen befinden, werden vom Studienteam angefordert und im Hanks-Labor aufbewahrt. Tumorgewebe-Objektträger erfordern eine pathologische Untersuchung durch einen staatlich geprüften Pathologen, wobei schätzungsweise mindestens 10 % des Tumorgewebes pro Objektträger bestätigt werden.

Die Verwendung von Gewebeblöcken, die zur Erschöpfung des verfügbaren Gewebes führen würden, wird vermieden, es sei denn, es wird bestätigt, dass der Patient nicht mehr lebt.

Patientenproben, die Vollblut enthalten, werden im Duke Cancer Center Research Lab (CCRL) gesammelt und verarbeitet. Vier 10-ml-EDTA-Röhrchen werden für doppelt zentrifugiertes, plättchenarmes Plasma und mononukleäre Zellen des peripheren Blutes (PBMC) verwendet. Alle vier 10-ml-EDTA-Röhrchen werden zur Buffy-Coat-Isolierung verwendet. Der während dieser Vorbereitung für die genomische DNA-Isolierung gesammelte Buffy Coat wird für zukünftige Studien zur genomischen DNA-Sequenzierung transportiert und bei -80 °C im Hanks Laboratory (LSRC, C164-167) gelagert. Das Plasma wird isoliert und bei -80 °C im Hanks-Labor für nachfolgende Multianalyt-ELISA-Studien, ctDNA-Analyse, ctRNA-Analyse und/oder Exosomenisolierung und -analyse gelagert. Für PBMCs werden drei 8,5-ml-ACD-Röhrchen verwendet. Diese werden vom Substrate Services Core and Research Support (SSCRS) verarbeitet und gespeichert. PBMCs werden von der Duke Immune Profiling Core-Einrichtung unter der Leitung von Dr. Kent Weinhold analysiert.

Vorgeschlagene Forschung:

1. Bis zu 70 Patienten werden in Kohorte A aufgenommen.

2. Blutproben können untersucht werden auf:

   1. Plasma-EDTA-Proben können zur genomischen Profilierung der zirkulierenden Tumor-DNA an einen externen Mitarbeiter gesendet werden. Alternative CLIA-zertifizierte Tests auf zirkulierende Tumor-DNA können in Betracht gezogen werden.
   2. Zirkulierende Proteinbiomarker für Immunfunktion, Entzündung, Angiogenese und Gefäßaktivierung werden durch Multiplex-ELISA-Assays analysiert.
   3. PBMC-Proben werden mithilfe hochdimensionaler Durchflusszytometrie im Duke Immune Profiling Core (DIPC)-Labor auf Immunzell-Subtypisierung analysiert. Ein 28-Parameter-Durchflusszytometrie-Panel wird verwendet, um Veränderungen in den Subtypen der Immunzellen zu analysieren, die voraussichtlich durch die Behandlung verändert werden, einschließlich T-Zell-Aktivierung, -Reifung und -Erschöpfung sowie regulatorischer T-Zellen (Treg) und polymorphkerniger Zellen Frequenzen myeloischer Suppressorzellen (PMN-MDSC).
3. Es werden blutbasierte Analyten zwischen Respondern und Non-Respondern verglichen. Aufgrund der geringen Stichprobengröße sind die Ergebnisse beschreibend.

4. Klinische und demografische Daten (Kohorten A und C) werden aus der Krankenakte für jeden Probanden extrahiert, einschließlich, aber nicht beschränkt auf Folgendes:

   1. Alter
   2. Geschlecht
   3. Wettrennen
   4. PLZ
   5. Anzahl vorangegangener Therapien
   6. Klinische Ergebnisse von Standard- und Prüftherapien (bestes Ansprechen, Dauer des Ansprechens und Grund für den Abbruch)
   7. Klinische Ergebnisse von Immun-Checkpoint-Inhibitor-Therapien (bestes Ansprechen, Dauer des Ansprechens und Grund für den Abbruch)
   8. Ergebnisse blutbasierter und gewebebasierter Profilierungsstudien
   9. Molekulare Marker, die die Empfindlichkeit oder Resistenz gegenüber einer Anti-PD-1-Therapie vorhersagen können, einschließlich, aber nicht beschränkt auf, Tumormutationslast, PD-L1, MSI-Status, POLE-STATUS
5. Gewebeproben (Kohorten A und C) können von externen Krankenhäusern erworben werden, wenn bei Patienten, die gemäß diesem Protokoll aufgenommen wurden, vor der Übergabe der Pflege an Duke Biopsien in Krankenhäusern außerhalb des Duke Health-Krankenhaussystems durchgeführt und gelagert wurden.
6. Frisch gefrorene Gewebeproben (nur Kohorte A) werden auf RNA extrahiert und eine nachgeschaltete Transkriptionsanalyse wird durchgeführt. Verfügbare Gewebeblöcke werden bewertet und bis zu 40 Objektträger werden für die RNA-Extraktion und die weitere nachgelagerte Verarbeitung gesammelt, um das gesamte Tumortranskriptom zu bestimmen, wenn kein frisches Gewebe verfügbar ist.

Kohorte B: Mit ICI behandelte Melanompatienten

Die unter Pro00059349 gesammelten Proben stammten von Probanden der folgenden Gruppen:

1. Arm 1 – Patienten mit Melanom im Stadium IV/nicht resezierbarem Stadium III, die sich vor Beginn der Immuntherapie eingeschrieben haben.

2. Arm 2 – Patienten mit adjuvantem Melanom im Stadium III/IV

   Bei den Probanden in beiden Armen wurden Daten aus ihren Krankenakten gesammelt und dies wird möglicherweise auch weiterhin der Fall sein. Die Informationen wurden unter Pro00059349 gesammelt und können im Rahmen dieses Protokolls weiterhin überwacht werden.

   Kohorte C: Retrospektive Identifizierung und Sammlung von archiviertem Gewebe Das Softwaretool DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) wird zur Identifizierung von Patienten mit gastroösophagealem Adenokarzinom oder Plattenepithelkarzinomen oder Melanomen eingesetzt, die mit einer Anti-PD-1-Antikörper-Immuntherapie am Duke University Medical Center initiiert wurden und dem Duke Cancer Institute zwischen dem 1. Januar 2011 und dem 31. August 2023 sowie Patienten, die für eine Immuntherapie nicht in Frage kamen und im gleichen Zeitraum eine Chemotherapie erhielten. Anti-PD-1-Antikörpertherapien umfassen Pembrolizumab, Nivolumab oder einen anderen Checkpoint-Inhibitor. Die Patienten müssen zum Zeitpunkt des Behandlungsbeginns ≥ 18 Jahre alt sein. Die objektive Beurteilung des Ansprechens dieser Patienten erfolgt auf der Grundlage der standardmäßigen CT- oder PET-CT-Schnittbildgebung der Woche 12. Für diese Patienten wird zusätzlich eine entsprechende Krankengeschichte erhoben und in einer Datenbank gespeichert. Dazu gehören unter anderem Demografie, primäre und metastasierende Krankheitsherde, Vorerkrankungen und Krebsbehandlung. Gewebeblöcke und Krankengeschichte werden nur gemäß einer Einwilligungsverzichtserklärung für diese retrospektive Komponente erhoben, da die Entnahme eine Aktivität mit minimalem Risiko darstellt und es nicht möglich ist, Patienten, die im Nachhinein identifiziert wurden, einzuwilligen. Die archivierte Gewebesammlung erfolgt wie für Kohorte A.

   Screening-Zeitraum Während des Screening-Zeitraums werden die Probanden für die Studie eingewilligt und einem Screening unterzogen. Vor Beginn eines Screening-Verfahrens, das ausschließlich zum Zweck der Feststellung der Eignung für diese Studie durchgeführt wird, muss eine Einverständniserklärung eingeholt werden. Bewertungen, die im Rahmen der Routinepflege vor der Einwilligung nach Aufklärung durchgeführt werden, können als Screening-Bewertungen betrachtet werden, wenn sie innerhalb des definierten Screening-Zeitraums durchgeführt werden und sofern die Richtlinien des örtlichen Institutional Review Board (IRB)/Independent Ethics Committee (IEC) dies zulassen. Die Studienberechtigung basiert auf der Erfüllung aller Einschlusskriterien und keines der Ausschlusskriterien (siehe Abschnitt 4.0), bevor die Blutabnahmen und/oder Biopsien durchgeführt werden.

   Die folgenden Studienverfahren müssen innerhalb von 28 Tagen vor der Blutentnahme und/oder Biopsie durchgeführt werden:

   • Einverständniserklärung
   • Demografie
   • Kranken- und Krebsgeschichte
   • Begleitmedikation
   • Überschüssige Gewebeentnahme aus der Standardbiopsie; falls zutreffend, sicher und machbar. Der Screening-Zeitraum endet zum Zeitpunkt der Blutentnahme oder Biopsie oder der endgültigen Feststellung, dass der Proband für die Studie nicht geeignet ist.

   5.1.1 Zur Studienzeit

   • Vor Beginn einer Checkpoint-Inhibitor- oder Chemotherapie

     • Blutabnahmen

       • Insgesamt ca. 40 cm³ in 4 x 10 ml EDTA-Röhrchen
       • Insgesamt ca. 25,5 cm³ in 3 x 8,5 ml ACD-Röhrchen

   • Innerhalb von +/- 7 Tagen nach der 1. und 2. Neuinszenierung

     o Blutabnahmen

     • Insgesamt ca. 40 cm³ in 4 x 10 ml EDTA-Röhrchen
     • Insgesamt ca. 25,5 cm³ in 3 x 8,5 ml ACD-Röhrchen
     • Optionale Tumorbiopsie (nur 1. Restaging)
     • PT/INR vor der Biopsie (nur 1. Restaging)
     • Blutbild vor der Biopsie (nur 1. Restaging)

   • Innerhalb von +/- 7 Tagen nach weiteren Nachinszenierungsbesuchen auf PI-Anfrage

     o Blutabnahmen

     • Insgesamt ca. 40 cm³ in 4 x 10 ml EDTA-Röhrchen
     • Insgesamt ca. 25,5 cm³ in 3 x 8,5 ml ACD-Röhrchen

   • Jederzeit während der Behandlung

     o Wenn der Patient zu irgendeinem Zeitpunkt während der Behandlung einer Standardbiopsie unterzogen wird, wird überschüssiges Gewebe aus dieser Biopsie für Forschungszwecke entnommen, sofern dies sicher und machbar ist.

     o Klinische Daten werden aus der Krankenakte (gemäß Abschnitt 3.0) für jeden Probanden bis zu 3 Monate nach Abschluss einer Checkpoint-Inhibitor-Therapie oder Chemotherapie während des Studiums extrahiert.

   • Innerhalb von +/- 7 Tagen nach Absetzen der Anti-PD-1-Therapie aufgrund von Toxizität oder Progression o Blutabnahmen – insgesamt etwa 40 ml in 4 x 10 ml EDTA-Röhrchen

     • Ungefähr 25,5 cm³ insgesamt in 3 x 8,5 ml ACD-Röhrchen. o Wenn der Patient bei Progression einer Standardbiopsie unterzogen wird, wird überschüssiges Gewebe aus dieser Biopsie für Forschungszwecke entnommen.

       • Wenn der Patient die Immuntherapie aufgrund einer vollständigen Remission (Complete Response, CR) abbricht, werden Blutabnahmen zum Zeitpunkt des Absetzens und während zweier nachfolgender SOC-Re-Staging-Besuche oder bis zur Progression durchgeführt, je nachdem, was zuerst eintritt.

   • Ende des Studiums

     • Sofern verfügbar, wird am Ende der Studie von allen Probanden archiviertes FFPE-Gewebe entnommen

   Kohorte B Die Probensammlung für Kohorte B wurde unter Pro00059349 abgeschlossen. Die Analyse ist noch nicht abgeschlossen und wird im Rahmen dieses Protokolls fortgesetzt. Es werden keine neuen Probanden in Kohorte B aufgenommen und es werden auch keine neuen Proben von diesen Probanden entnommen. Es werden jedoch weiterhin Daten aus ihren elektronischen Krankenakten erfasst.

   Kohorte C-Probanden für die retrospektive Kohorte werden wie oben beschrieben identifiziert. Die Ermittler werden diese Probanden im Rahmen einer Einwilligungsverzichtserklärung einschreiben, die in Abschnitt 3.0 aufgeführten Daten sammeln und archiviertes Gewebe erhalten. Für diese Fächer wird es keine separaten Screening- oder F/Up-Zeiträume geben.

   Betreff Abkündigung

   Die Probanden werden weiterhin beobachtet, bis sie die Behandlung mit Immun-Checkpoint-Inhibitoren abgeschlossen haben und die endgültigen Blut- und Gewebeproben entnommen wurden. Die Probanden können jedoch jederzeit unbeschadet die Studienbehandlung abbrechen oder ihre Einwilligung zur Teilnahme an der Studie widerrufen. Jedem Probanden, der sein Einverständnis für Pro0059349 widerruft, werden auch seine Proben und Daten aus dieser Studie entzogen. Alle Gründe für einen Abbruch oder Rückzug aus der Studie werden aufgezeichnet. Zu den Gründen für den Abbruch des Probanden durch den Prüfer können unter anderem die folgenden gehören:

   • Tod

   • Erhebliche Nichteinhaltung durch den Probanden oder den Prüfer

   • Der Prüfer oder leitende PI stellt fest, dass eine weitere Teilnahme nicht mehr sicher und/oder nicht mehr im besten Interesse des Probanden ist

   • Widerruf der Einwilligung
   • Für die Nachverfolgung verloren
   • Frauen, die schwanger werden oder stillen
   • Antrag der Aufsichtsbehörden auf Beendigung der Behandlung eines einzelnen Probanden oder aller Probanden im Rahmen des Protokolls.