Biobankowanie guzów górnego odcinka przewodu pokarmowego w celu oceny odpowiedzi (BURGER Z BEKONEM)

Badanie zostanie podzielone na trzy kohorty: 1) Kohorta A, do której zostaną włączeni pacjenci przed leczeniem inhibitorem punktu kontrolnego układu odpornościowego lub samą chemioterapią; 2) Kohorta B, która będzie analizować próbki pobrane od pacjentów z czerniakiem w ramach Pro00059349; oraz 3) Kohorta C, część retrospektywna, która umożliwi zebranie danych i zarchiwizowanych tkanek;

Kohorta A: Pacjenci z GE leczeni ICI

Uczestnicy biorący udział w badaniu zostaną włączeni przed rozpoczęciem leczenia według schematu obejmującego inhibitor punktu kontrolnego układu odpornościowego lub samą chemioterapię w przypadku kohorty niekwalifikującej się do immunoterapii. Od wszystkich pacjentów, jeśli będzie dostępna, zostaną pobrane zarchiwizowane tkanki nowotworowe utrwalone w formalinie i zatopione w parafinie (FFPE). Pacjenci będą mieli opcjonalną, świeżą biopsję do celów badawczych, jeśli istnieje zmiana kwalifikująca się do bezpiecznej biopsji, która zostanie zamrożona do dalszych badań. Dodatkowo można pobrać i szybko zamrozić nadmiar tkanki z biopsji standardowych wykonanych podczas badania pacjenta. Obiektywna ocena odpowiedzi u tych pacjentów zostanie przeprowadzona na podstawie oceny lekarza medycyny na podstawie standardowego obrazowania przekrojowego CT lub MRI. Próbki krwi i/lub tkanek zostaną pobrane odpowiednio w następujących punktach czasowych:

Wartość bazowa (przed leczeniem):

Pacjenci zostaną poddani badaniu krwi. Jeśli pacjent otrzyma standardową biopsję po wyrażeniu zgody, ale przed rozpoczęciem terapii anty-PD-1, zostanie podjęta każda próba pobrania tkanki z tej biopsji do celów badawczych. Jeśli w tym okresie pacjent nie zostanie zaplanowany na standardową biopsję, zostanie mu jedynie pobrana krew.

Podczas leczenia:

Pacjenci zostaną poddani opcjonalnej biopsji tkanki badawczej i pobraniu krwi do celów badawczych podczas leczenia anty-PD-1 w momencie pierwszego badania ponownej oceny. Pacjent zostanie poddany ponownemu pobraniu krwi do celów badawczych podczas leczenia anty-PD-1 podczas drugiego badania ponownej oceny. Zmiany, które zostały wcześniej poddane biopsji, będą traktowane priorytetowo podczas biopsji leczniczej. Żadna tkanka poddana radioterapii nie będzie brana pod uwagę przy pobieraniu próbek. U pacjentów, u których występują dowody stabilnej choroby lub odpowiedzi na leczenie, można według uznania PI powtórzyć pobranie krwi w punktach czasowych wykraczających poza drugie badanie oceniające stopień zaawansowania. Jeśli pacjenci kontynuują terapię anty-PD-1 przez ponad 12 miesięcy, lekarz prowadzący może zażądać dodatkowego pobrania krwi po 12 miesiącach leczenia.

Po zabiegu:

W momencie przerwania terapii anty-PD-1 z powodu toksyczności lub postępu choroby pacjentowi zostanie pobrana krew. Jeżeli w momencie progresji pacjent ma standardową biopsję, z tej biopsji zostanie pobrany nadmiar tkanki do badań.

Pobieranie, przetwarzanie i przechowywanie próbek:

Od wszystkich pacjentów zostaną pobrane zarchiwizowane tkanki nowotworowe utrwalone w formalinie i zatopione w parafinie (FFPE) (jeśli są dostępne). Zostaną ocenione dostępne bloki tkanek i pobranych zostanie maksymalnie 40 preparatów do IHC, ekstrakcji DNA i RNA. Biopsje nowotworu w trakcie leczenia będą wykonywane wyłącznie u pacjentów, u których zmiana nowotworowa kwalifikuje się do bezpiecznej biopsji i która zostanie szybko zamrożona. Zamrożone próbki zostaną poddane obróbce pod kątem RNA całego nowotworu i późniejszej analizie transkrypcji. Zespół badawczy poprosi o zarchiwizowane próbki tkanek zidentyfikowane jako znajdujące się w instytucjach zewnętrznych i będą one przechowywane w laboratorium Hanksa. Slajdy tkanki nowotworowej będą wymagały oceny patologicznej przez certyfikowanego patologa, a szacunkowo potwierdzone zostanie co najmniej 10% tkanki nowotworowej na preparat.

Należy unikać stosowania jakichkolwiek bloków tkankowych, które mogłyby spowodować wyczerpanie dostępnej tkanki, chyba że zostanie potwierdzone, że pacjent już nie żyje.

Próbki pacjentów zawierające pełną krew będą pobierane i przetwarzane w laboratorium badawczym Duke Cancer Center (CCRL). Cztery probówki 10 ml z EDTA zostaną użyte do podwójnie odwirowanego osocza ubogiego w płytki krwi i jednojądrzastych komórek krwi obwodowej (PBMC). Wszystkie cztery probówki EDTA o pojemności 10 ml zostaną użyte do izolacji kożuszka leukocytarnego. Kożuszek leukocytarny zebrany podczas przygotowań do izolacji genomowego DNA będzie transportowany i przechowywany w temperaturze -80°C w laboratorium Hanks (LSRC, C164-167) na potrzeby przyszłych badań sekwencjonowania genomowego DNA. Osocze będzie izolowane i przechowywane w temperaturze -80°C w laboratorium Hanks do kolejnych wieloanalitowych badań ELISA, analizy ctDNA, analizy ctRNA i/lub izolacji i analizy egzosomów. Do PBMC zostaną użyte trzy probówki ACD o pojemności 8,5 ml. Będą one przetwarzane i przechowywane przez dział Substrate Services Core and Research Support (SSCRS). PBMC będą analizowane w ośrodku Duke Immune Profiling Core pod kierunkiem dr Kenta Weinholda.

Proponowane badania:

1. Do kohorty A zostanie zapisanych maksymalnie 70 pacjentów.

2. Próbki krwi mogą być badane pod kątem:

   1. Próbki osocza-EDTA można przesłać do zewnętrznego współpracownika w celu profilowania genomowego krążącego DNA nowotworu. Można rozważyć alternatywne testy DNA krążących nowotworów z certyfikatem CLIA.
   2. Biomarkery białek krążących pod kątem funkcji odpornościowej, stanu zapalnego, angiogenezy i aktywacji naczyń zostaną przeanalizowane za pomocą multipleksowych testów ELISA.
   3. Próbki PBMC będą analizowane pod kątem podtypowania komórek odpornościowych przy użyciu wysokowymiarowej cytometrii przepływowej w laboratorium Duke Immune Profiling Core (DIPC). 28-parametrowe panele cytometrii przepływowej zostaną wykorzystane do analizy zmian w podtypach komórek odpornościowych, które, jak się oczekuje, ulegną zmianie w wyniku leczenia, w tym aktywacji, dojrzewania i wyczerpania limfocytów T, a także limfocytów T regulatorowych (Treg) i komórek wielojądrzastych. częstotliwości komórek supresorowych pochodzenia mieloidalnego (PMN-MDSC).
3. Analityki pochodzące z krwi zostaną porównane u osób odpowiadających i nieodpowiadających. Ze względu na małą liczebność próby wyniki będą miały charakter opisowy.

4. Dane kliniczne i demograficzne (kohorty A i C) zostaną pobrane z dokumentacji medycznej każdego pacjenta, w tym między innymi:

   1. Wiek
   2. Płeć
   3. Wyścig
   4. Kod pocztowy
   5. Liczba wcześniejszych terapii
   6. Wyniki kliniczne terapii standardowych i eksperymentalnych (najlepsza odpowiedź, czas trwania odpowiedzi i przyczyna przerwania leczenia)
   7. Wyniki kliniczne terapii inhibitorami punktów kontrolnych układu odpornościowego (najlepsza odpowiedź, czas trwania odpowiedzi i przyczyna przerwania leczenia)
   8. Wyniki badań profilowania krwi i tkanek
   9. Markery molekularne, które mogą przewidywać wrażliwość lub oporność na terapię anty-PD-1, w tym między innymi obciążenie mutacjami nowotworu, PD-L1, status MSI, POLE STATUS
5. Próbki tkanek (kohorty A i C) można pobrać ze szpitali zewnętrznych w przypadkach, gdy u pacjentów włączonych do niniejszego protokołu wykonano biopsję i przechowywano je w szpitalach poza systemem szpitalnym Duke Health przed przeniesieniem opieki do Duke Health.
6. Świeżo zamrożone próbki tkanek (tylko kohorta A) zostaną poddane ekstrakcji w celu wykrycia RNA i przeprowadzona zostanie dalsza analiza transkrypcji. Zostaną ocenione dostępne bloki tkanek i pobranych zostanie do 40 preparatów w celu ekstrakcji RNA i dalszego przetwarzania w celu określenia całego transkryptomu nowotworu, gdy świeża tkanka nie będzie dostępna.

Kohorta B: Pacjenci z czerniakiem leczeni ICI

Próbki zebrane w ramach Pro00059349 pochodziły od pacjentów z następujących grup:

1. Ramię 1 – pacjenci z czerniakiem w stopniu IV/nieresekcyjnym w stopniu III, którzy zostali włączeni przed rozpoczęciem immunoterapii.

2. Ramię 2 – Pacjenci z czerniakiem w stadium III/IV, leczeni uzupełniająco

   Dane pacjentów w obu ramionach zbierano i mogą nadal mieć dane z dokumentacji medycznej. Informacje zebrano pod Pro00059349 i mogą być nadal monitorowane w ramach niniejszego protokołu.

   Kohorta C: Retrospektywna identyfikacja i pobieranie zarchiwizowanych tkanek Narzędzie programowe DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) zostanie wykorzystane do identyfikacji pacjentów z gruczolakorakiem żołądka, płaskonabłonkowym lub czerniakiem, u których rozpoczęto immunoterapię przeciwciałami anty-PD-1 w Duke University Medical Center i Duke Cancer Institute w okresie od 1 stycznia 2011 r. do 31 sierpnia 2023 r. oraz pacjentów niekwalifikujących się do immunoterapii, którzy otrzymali chemioterapię w tym samym okresie. Terapia przeciwciałami anty-PD-1 będzie obejmować pembrolizumab, niwolumab lub inny inhibitor punktu kontrolnego. W chwili rozpoczęcia leczenia pacjenci muszą mieć ukończone 18 lat. Obiektywna ocena odpowiedzi u tych pacjentów zostanie przeprowadzona w oparciu o obrazowanie przekrojowe CT lub PET CT w 12. tygodniu standardowej opieki. W przypadku tych pacjentów zostanie zebrana dodatkowa historia medyczna i umieszczona w bazie danych. Obejmuje to między innymi dane demograficzne, lokalizację pierwotną choroby i przerzutów, wcześniejsze schorzenia i leczenie raka. Bloki tkanek i wywiad lekarski zostaną pobrane zgodnie z zrzeczeniem się zgody w przypadku tego komponentu retrospektywnego jedynie dlatego, że pobranie wiąże się z minimalnym ryzykiem i nie jest możliwe wyrażenie zgody na badanie pacjentów, których zidentyfikowano retrospektywnie. Archiwalne pobieranie tkanek będzie takie samo jak w przypadku Kohorty A.

   Okres badań przesiewowych W okresie badań przesiewowych uczestnicy wyrażają zgodę i są poddawani badaniu przesiewowemu. Przed rozpoczęciem jakiejkolwiek procedury przesiewowej przeprowadzanej wyłącznie w celu ustalenia kwalifikowalności do tego badania należy uzyskać świadomą zgodę. Oceny przeprowadzane w ramach rutynowej opieki przed świadomą zgodą można uznać za oceny przesiewowe, jeśli zostaną przeprowadzone w określonym okresie kontroli i jeśli zezwalają na to zasady lokalnej Instytucjonalnej Komisji Rewizyjnej (IRB)/Niezależnej Komisji Etyki (IEC). Kwalifikacja do badania opiera się na spełnieniu wszystkich kryteriów włączenia i żadnego z kryteriów wykluczenia (patrz punkt 4.0) przed wykonaniem pobrania krwi i/lub biopsji.

   W ciągu 28 dni przed pobraniem krwi i/lub biopsją należy wykonać następujące procedury badawcze:

   • Świadoma zgoda
   • Demografia
   • Historia medycyny i raka
   • Leki towarzyszące
   • Pobranie nadmiaru tkanki z biopsji standardowej; jeśli ma to zastosowanie, jest bezpieczny i wykonalny. Okres badań przesiewowych kończy się w momencie pobrania krwi, biopsji lub ostatecznego ustalenia, że ​​uczestnik nie kwalifikuje się do badania.

   5.1.1 W okresie nauki

   • Przed rozpoczęciem stosowania inhibitora punktu kontrolnego lub chemioterapii

     • Pobiera krew

       • Łącznie około 40 ml w 4 probówkach EDTA x 10 mL
       • Łącznie około 25,5 cm3 w 3 probówkach ACD o pojemności 8,5 mL

   • W ciągu +/- 7 dni od pierwszego i drugiego odnowienia

     o Pobieranie krwi

     • Łącznie około 40 ml w 4 probówkach EDTA x 10 mL
     • Łącznie około 25,5 cm3 w 3 probówkach ACD o pojemności 8,5 mL
     • Opcjonalna biopsja guza (tylko pierwsza ponowna ocena)
     • PT/INR przed biopsją (tylko pierwsza ponowna ocena)
     • CBC przed biopsją (tylko pierwsza ponowna ocena)

   • W ciągu +/- 7 dni od dodatkowych wizyt uzupełniających na żądanie PI

     o Pobieranie krwi

     • Łącznie około 40 ml w 4 probówkach EDTA x 10 mL
     • Łącznie około 25,5 cm3 w 3 probówkach ACD o pojemności 8,5 mL

   • W dowolnym momencie leczenia

     o Jeśli u pacjenta w dowolnym momencie leczenia zostanie wykonana standardowa biopsja, nadmiar tkanki z tej biopsji zostanie pobrany do badań, jeśli jest to bezpieczne i wykonalne.

     o Dane kliniczne zostaną pobrane z dokumentacji medycznej (zgodnie z sekcją 3.0) każdego uczestnika przez okres do 3 miesięcy po zakończeniu linii terapii inhibitorami punktu kontrolnego lub chemioterapii w trakcie badania.

   • W ciągu +/- 7 dni od zaprzestania terapii anty-PD-1 z powodu toksyczności lub progresji o Pobieranie krwi – łącznie około 40 ml w 4 probówkach EDTA x 10 mL

     • Łącznie około 25,5 cm3 w 3 probówkach ACD o pojemności 8,5 ml. o Jeśli pacjent w momencie progresji ma standardową biopsję, z tej biopsji zostanie pobrany nadmiar tkanki do badań.

       • Jeśli pacjent przerwie immunoterapię w celu uzyskania całkowitej odpowiedzi (CR), krew zostanie pobrana w momencie przerwania leczenia i podczas 2 kolejnych wizyt SOC w celu ustalenia stopnia zaawansowania lub do czasu progresji, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.

   • Koniec studiów

     • Jeśli to możliwe, na koniec badania od wszystkich uczestników zostanie pobrana zarchiwizowana tkanka FFPE

   Kohorta B Pobieranie próbek dla kohorty B zostało zakończone pod Pro00059349. Analiza jest w toku i będzie kontynuowana zgodnie z niniejszym protokołem. Do kohorty B nie zostaną przyjęci nowi pacjenci ani nie zostaną pobrane od nich żadne nowe próbki. Dane będą jednak nadal zbierane z ich elektronicznej dokumentacji medycznej.

   Kohorta C Pacjenci do kohorty retrospektywnej zostaną zidentyfikowani w sposób opisany powyżej. Badacze włączą te osoby do badania w ramach zrzeczenia się zgody, zbiorą dane wymienione w sekcji 3.0 i uzyskają zarchiwizowane tkanki. Dla tych przedmiotów nie będzie odrębnych okresów sprawdzania i uzupełniania.

   Przerwanie tematu

   Pacjenci będą nadal obserwowani do czasu zakończenia leczenia inhibitorem punktu kontrolnego odporności i pobrania końcowych próbek krwi i tkanek. Jednakże uczestnicy mogą przerwać leczenie objęte badaniem lub wycofać zgodę na udział w badaniu w dowolnym momencie bez żadnych uszczerbków. Próbki i dane każdego uczestnika, który wycofa zgodę na Pro0059349, zostaną również usunięte z tego badania. Wszystkie przyczyny przerwania lub wycofania się z badania zostaną odnotowane. Powody przerwania badania przez Badacza mogą obejmować między innymi:

   • Śmierć

   • Znaczące nieprzestrzeganie zasad przez podmiot lub badacza

   • Ustalenie przez badacza lub głównego badacza, że ​​dalsze uczestnictwo nie jest już bezpieczne i/lub nie leży już w najlepszym interesie osoby badanej

   • Wycofanie zgody
   • Straciłem możliwość śledzenia
   • Kobiety, które zajdą w ciążę lub karmią piersią
   • Wniosek organów regulacyjnych o zakończenie leczenia pojedynczego pacjenta lub wszystkich pacjentów objętych protokołem.