Biobanco de tumores gastrointestinais superiores para avaliar a resposta (BURGER com BACON)

O estudo será dividido em três coortes: 1) Coorte A, que inscreverá indivíduos antes do tratamento com um inibidor de ponto de controle imunológico ou apenas quimioterapia; 2) Coorte B, que analisará amostras coletadas de pacientes com melanoma sob Pro00059349; e 3) Coorte C, uma porção retrospectiva que permitirá a coleta de dados e tecidos arquivados;

Coorte A: Indivíduos GE tratados com ICI

Os participantes participantes serão inscritos antes de iniciar o tratamento com um regime que inclui um inibidor do ponto de controle imunológico ou apenas quimioterapia no caso da coorte inelegível para imunoterapia. O tecido tumoral arquivado fixado em formalina e embebido em parafina (FFPE) será coletado para todos os indivíduos, se disponível. Os pacientes farão uma biópsia opcional apenas para pesquisa recente se houver uma lesão passível de biópsia segura que será congelada para estudos posteriores. Além disso, o excesso de tecido pode ser coletado e congelado rapidamente a partir de biópsias padrão que ocorrem enquanto o paciente está em estudo. Avaliações de resposta objetiva para esses pacientes serão feitas por avaliação de MD, com base em imagens transversais de TC ou ressonância magnética padrão. Amostras de sangue e/ou tecido serão coletadas adequadamente nos seguintes momentos:

Linha de base (pré-tratamento):

Os pacientes serão submetidos a uma coleta de sangue para pesquisa. Se o sujeito receber uma biópsia padrão após consentir, mas antes de iniciar a terapia anti-PD-1, todas as tentativas serão feitas para coletar tecido desta biópsia para fins de pesquisa. Se o paciente não estiver agendado para biópsia padrão durante esse período, ele será submetido apenas à coleta de sangue.

Durante o tratamento:

Os pacientes serão submetidos a uma biópsia de tecido de pesquisa opcional e uma coleta de sangue de pesquisa durante o tratamento com terapia anti-PD-1 no momento do primeiro reestadiamento. O paciente será submetido a outra coleta de sangue para pesquisa durante a terapia anti-PD-1 no momento da segunda varredura de reestadiamento. Lesões que foram biopsiadas anteriormente serão priorizadas para biópsia de tratamento. Qualquer tecido que tenha sido submetido à radioterapia não será considerado para amostragem. Aqueles pacientes que apresentam evidência de doença ou resposta estável podem ser submetidos a uma nova coleta de sangue em momentos além do segundo exame de estadiamento, a critério do PI. Se os pacientes permanecerem em terapia anti-PD-1 por mais de 12 meses, o PI poderá solicitar coletas de sangue adicionais após 12 meses de tratamento.

Depois do tratamento:

No momento da descontinuação da terapia anti-PD-1 devido à toxicidade ou progressão da doença, o paciente será submetido a uma coleta de sangue. Se o paciente fizer uma biópsia padrão na progressão, o excesso de tecido dessa biópsia será obtido para pesquisa.

Aquisição, processamento e armazenamento de amostras:

Tecido tumoral arquivado fixado em formalina e embebido em parafina (FFPE) será coletado para todos os indivíduos (se disponível). Blocos de tecido disponíveis serão avaliados e até 40 lâminas serão coletadas para extração de IHQ, DNA e RNA. As biópsias tumorais durante o tratamento serão realizadas apenas em pacientes que apresentam uma lesão tumoral passível de biópsia segura e serão congeladas rapidamente. As amostras congeladas serão processadas para RNA tumoral completo e posterior análise transcricional. Essas amostras de tecido arquivadas identificadas como localizadas em instituições externas serão solicitadas pela equipe do estudo e armazenadas no laboratório Hanks. As lâminas de tecido tumoral exigirão revisão patológica por um patologista certificado, e um mínimo estimado de 10% de tecido tumoral por lâmina será confirmado.

O uso de quaisquer blocos de tecido que possam resultar na exaustão do tecido disponível será evitado, a menos que se confirme que o paciente não vive mais.

Amostras de pacientes contendo sangue total serão coletadas e processadas no Duke Cancer Center Research Lab (CCRL). Quatro tubos de EDTA de 10 mL serão usados ​​​​para plasma pobre em plaquetas e células mononucleares do sangue periférico (PBMC). Todos os quatro tubos de EDTA de 10 mL serão usados ​​para isolamento da camada leucocitária. A camada leucocitária coletada durante esta preparação para isolamento de DNA genômico será transportada e armazenada a -80°C no Laboratório Hanks (LSRC, C164-167) para futuros estudos de sequenciamento de DNA genômico. O plasma será isolado e armazenado a -80°C no Laboratório Hanks para estudos subsequentes de ELISA multianalito, análise de ctDNA, análise de ctRNA e/ou isolamento e análise de exossomo. Três tubos ACD de 8,5mL serão usados ​​para PBMCs. Eles serão processados ​​e armazenados pelo Núcleo de Serviços de Substrato e Apoio à Pesquisa (SSCRS). Os PBMCs serão analisados ​​​​pela instalação Duke Immune Profiling Core sob a direção do Dr. Kent Weinhold.

Pesquisa Proposta:

1. Até 70 pacientes serão inscritos na Coorte A.

2. As amostras de sangue podem ser investigadas para:

   1. Amostras de plasma-EDTA podem ser enviadas a um colaborador externo para perfil genômico do DNA tumoral circulante. Podem ser considerados ensaios alternativos de DNA tumoral circulante certificados pela CLIA.
   2. Biomarcadores de proteínas circulantes para função imunológica, inflamação, angiogênese e ativação vascular serão analisados ​​​​por ensaios ELISA multiplex.
   3. Amostras de PBMC serão analisadas para subtipagem de células imunes usando citometria de fluxo de alta dimensão no laboratório Duke Immune Profiling Core (DIPC). Painéis de citometria de fluxo de 28 parâmetros serão usados ​​para analisar mudanças nos subtipos de células imunes que devem ser alteradas pelo tratamento, incluindo ativação, maturação e exaustão de células T, bem como células T regulatórias (Treg) e polimorfonucleares. Frequências de células supressoras derivadas de mieloides (PMN-MDSC).
3. Analitos baseados em sangue entre respondedores e não respondedores serão comparados. Devido ao pequeno tamanho da amostra, os resultados serão descritivos.

4. Os dados clínicos e demográficos (Coortes A e C) serão extraídos do prontuário médico de cada sujeito, incluindo, mas não se limitando ao seguinte:

   1. Idade
   2. Gênero
   3. Corrida
   4. CEP
   5. Número de terapias anteriores
   6. Resultados clínicos de terapias padrão e experimentais (melhor resposta, duração da resposta e motivo da descontinuação)
   7. Resultados clínicos de terapias com inibidores de checkpoint imunológico (melhor resposta, duração da resposta e motivo da descontinuação)
   8. Resultados de estudos de perfis baseados em sangue e tecidos
   9. Marcadores moleculares que podem prever a sensibilidade ou resistência à terapia anti-PD-1, incluindo, entre outros, carga mutacional tumoral, PD-L1, status MSI, POLE STATUS
5. Amostras de tecido (Coortes A e C) podem ser adquiridas de hospitais externos nos casos em que os pacientes inscritos neste protocolo tiveram biópsias realizadas e armazenadas em hospitais fora do sistema hospitalar Duke Health antes da transição dos cuidados para Duke.
6. Amostras de tecido fresco congelado (somente Coorte A) serão extraídas para RNA e a análise transcricional a jusante será realizada. Os blocos de tecido disponíveis serão avaliados e até 40 lâminas serão coletadas para extração de RNA e posterior processamento posterior para determinar o transcriptoma do tumor em massa quando tecido fresco não estiver disponível.

Coorte B: Indivíduos com Melanoma Tratados com ICI

As amostras coletadas sob Pro00059349 vieram de indivíduos dos seguintes grupos:

1. Braço 1 - pacientes com melanoma estágio IV/estágio III irressecável que se inscreveram antes de iniciar a imunoterapia.

2. Braço 2 - Pacientes com melanoma adjuvante em estágio III/IV

   Os indivíduos em ambos os braços tiveram e podem continuar a ter dados coletados de seus registros médicos. As informações foram coletadas sob Pro00059349 e podem continuar a ser monitoradas sob este protocolo.

   Coorte C: Identificação retrospectiva e coleta de tecido arquivado A ferramenta de software DEDUCE (Duke Enterprise Data Unified Content Explorer) será utilizada para identificar pacientes com adenocarcinoma gastroesofágico ou células escamosas ou melanoma iniciados em imunoterapia com anticorpo anti-PD-1 no Duke University Medical Center e o Duke Cancer Institute entre 1º de janeiro de 2011 e 31 de agosto de 2023, e pacientes inelegíveis para imunoterapia que receberam quimioterapia durante o mesmo período. As terapias com anticorpos anti-PD-1 incluirão pembrolizumabe, nivolumabe ou outro inibidor de checkpoint. Os pacientes devem ter ≥18 anos de idade no momento do início do tratamento. Avaliações de resposta objetiva para esses pacientes serão feitas com base em imagens transversais de TC padrão da semana 12 ou PET CT. Histórico médico correspondente adicional será coletado e armazenado em banco de dados para esses pacientes. Isso inclui, entre outros, dados demográficos, locais primários e metastáticos de doenças, condições médicas anteriores e tratamento de câncer. Blocos de tecido e histórico médico serão obtidos de acordo com uma Renúncia de Consentimento para este componente retrospectivo apenas porque a coleta representa uma atividade de risco mínimo e não é viável consentir pacientes que foram identificados retrospectivamente. A coleta de tecidos arquivados será a mesma da Coorte A.

   Período de triagem Durante o período de triagem, os sujeitos são consentidos e selecionados para o estudo. O consentimento informado deve ser obtido antes do início de qualquer procedimento de triagem realizado exclusivamente com o propósito de determinar a elegibilidade para este estudo. As avaliações realizadas como parte dos cuidados de rotina antes do consentimento informado podem ser consideradas avaliações de triagem se forem feitas dentro do período de triagem definido e se forem permitidas pelas políticas locais do Conselho de Revisão Institucional (IRB)/Comitê de Ética Independente (IEC). A elegibilidade do estudo é baseada no cumprimento de todos os critérios de inclusão e nenhum dos critérios de exclusão (consulte a seção 4.0) antes da realização das coletas de sangue e/ou biópsias.

   Os seguintes procedimentos de estudo devem ser realizados dentro de 28 dias antes da coleta de sangue e/ou biópsia:

   • Consentimento Informado
   • Demografia
   • História médica e de câncer
   • Medicamentos concomitantes
   • Excesso de coleta de tecido da biópsia padrão; se aplicável, seguro e viável O período de triagem termina no momento da coleta de sangue ou biópsia ou da determinação final de que o sujeito é inelegível para o estudo.

   5.1.1 No Período de Estudo

   • Antes de iniciar inibidor de checkpoint ou quimioterapia

     • Tira sangue

       • Aproximadamente 40 cc no total em 4 tubos de EDTA de 10 mL
       • Aproximadamente 25,5 cc no total em 3 tubos ACD de 8,5 mL

   • Dentro de +/- 7 dias após a 1ª e 2ª reestabelecimento

     o Sangue tira

     • Aproximadamente 40 cc no total em 4 tubos de EDTA de 10 mL
     • Aproximadamente 25,5 cc no total em 3 tubos ACD de 8,5 mL
     • Biópsia tumoral opcional (apenas 1º reestadiamento)
     • PT/INR antes da biópsia (apenas 1º reestadiamento)
     • Hemograma antes da biópsia (apenas 1º reestadiamento)

   • Dentro de +/- 7 dias após visitas adicionais de reestabelecimento mediante solicitação do PI

     o Sangue tira

     • Aproximadamente 40 cc no total em 4 tubos de EDTA de 10 mL
     • Aproximadamente 25,5 cc no total em 3 tubos ACD de 8,5 mL

   • A qualquer momento durante o tratamento

     o Se o paciente fizer uma biópsia padrão a qualquer momento durante o tratamento, o excesso de tecido dessa biópsia será obtido para pesquisa, se for seguro e viável.

     o Os dados clínicos serão extraídos do prontuário médico (conforme seção 3.0) para cada sujeito até 3 meses após a conclusão de uma linha de terapia com inibidor de checkpoint ou quimioterapia durante o estudo.

   • Dentro de +/- 7 dias após a descontinuação da terapia anti-PD-1 por toxicidade ou progressão o Coletas de sangue - Aproximadamente 40 cc no total em 4 tubos de EDTA de 10 mL

     • Aproximadamente 25,5 cc no total em 3 tubos ACD de 8,5 mL o Se o paciente tiver uma biópsia padrão de tratamento na progressão, o excesso de tecido desta biópsia será obtido para pesquisa.

       • Se o paciente interromper a imunoterapia para resposta completa (CR), coletas de sangue ocorrerão no momento da descontinuação e durante 2 visitas subsequentes de reestadiamento do SOC ou até a progressão, o que ocorrer primeiro.

   • Fim do estudo

     • Se disponível, o tecido FFPE arquivado será obtido de todos os indivíduos no final do estudo

   Coorte B A coleta de amostras para a coorte B foi concluída sob Pro00059349. A análise está em andamento e continuará sob este protocolo. Não haverá novos indivíduos inscritos na coorte B, nem novas amostras coletadas desses indivíduos. No entanto, os dados continuarão a ser coletados de seus registros médicos eletrônicos.

   Coorte C Os indivíduos da coorte retrospectiva serão identificados conforme descrito acima. Os investigadores inscreverão esses sujeitos sob dispensa de consentimento, coletarão os dados listados na seção 3.0 e obterão tecido arquivado. Não haverá triagem separada ou períodos f/up para esses assuntos.

   Descontinuação do Assunto

   Os indivíduos continuarão a ser acompanhados até que concluam o tratamento com inibidor do ponto de controle imunológico e as amostras finais de sangue e tecido sejam coletadas. No entanto, os sujeitos podem descontinuar o tratamento do estudo ou retirar o seu consentimento para participar no estudo a qualquer momento, sem prejuízo. Qualquer sujeito que retirar o consentimento para Pro0059349 também terá suas amostras e dados retirados deste estudo. Todos os motivos para descontinuação ou retirada do estudo serão registrados. Os motivos para a descontinuação do assunto pelo investigador podem incluir, mas não estão limitados a, o seguinte:

   • Morte

   • Descumprimento significativo por sujeito ou investigador

   • Determinação do investigador ou PI principal de que não é mais seguro e/ou não é mais do melhor interesse do sujeito continuar a participação

   • Retirada do consentimento
   • Perdido para seguir
   • Mulheres que engravidam ou estão amamentando
   • Solicitação de agências reguladoras para encerramento do tratamento de um sujeito individual ou de todos os sujeitos do protocolo.