超長時間読み取りシーケンスによる困難な診断の解決 (SCHeDULeRS)

LRS の診断性能は、オックスフォード ナノポア テクノロジー (ONT) を適用することにより、リアルタイムのターゲット アプローチと超ロングリードの生成を通じて評価され、現在診断が困難な遺伝性疾患における病的バリアントの同定が行われます。偽遺伝子の存在 (1)、および臨床的重要性の定義のために aCGH によって同定された SV ブレークポイントの正確なマッピング (2)。

1. 分子診断が確立された患者は、以下の疾患ごとに収集されます: 常染色体優性多発性嚢胞腎 (ADPKD) の患者 10 名と CYP21 欠損症の患者 10 名。 結果が得られるまでの時間と正確な分子特性の観点から、ONT の改善の可能性をテストするためのあいまいな結果が得られたケースも含まれます。 各原因遺伝子 (それぞれ PKD1 および CYP21A2) に影響を与える変異の全範囲が含まれ、考えられるすべてのタイプの変化 (ミスセンス、ナンセンス、インデル、エキソンおよび遺伝子欠失) を包括的にカバーします。
2. 観察された臨床像の原因となっている可能性のある疾患遺伝子に近い CGH 定義のブレークポイント マッピングを持つコピー数バリアント (CNV) を保有する他の 10 人の患者のコレクション。

この提案の主な目的は、現在の遺伝子検査では正確な分子診断が不可能または困難で非常に時間がかかることが多い状況において、臨床ゲノミクスの日常業務で直面する診断上の課題を解決する際のONTの有効性を評価することです。 サンガーシークエンシング、NGS パネル、および MLPA は、多くの単一遺伝子性疾患の原因となる病原性多様体および CNV を特定するため、また、特定の臨床的疑いのない孤立性または症候群性知的障害を持つ aCGH 患者を対象とした分析に日常的に使用されています。 これらの分析は長く、技術的に手間がかかり、技術的な制限により結果があいまいになり、明確な診断が妨げられる可能性があるため、個別に決定的なものにならないことがよくあります。 その目的は、ONT がシーケンス中に臨床的に関連する領域の範囲を拡大するリアルタイムの標的アプローチを通じて、迅速性と感度の点で現在の診断ツールを上回り、診断プロセスの効率を大幅に向上させることを実証することです。 提案されたターゲット ONT アプローチの成功は、私たちの研究室ですでに研究されているより広範囲の疾患の診断にこの戦略を実装するための原理の証明を提供します。