Ratkaise haastavia diagnooseja erittäin pitkän lukujärjestyksen avulla (SCHeDULeRS)

LRS:n diagnostista suorituskykyä Oxford Nanopore Technologya (ONT) soveltamalla arvioidaan reaaliaikaisen kohdistetun lähestymistavan ja ultrapitkien lukujen luomisen avulla, jotta voidaan tunnistaa patogeneettiset variantit geneettisissä häiriöissä, joiden diagnoosi on tällä hetkellä haastava. pseudogeenien läsnäolo (1) ja aCGH:n tunnistamien SV-rajapisteiden tarkka kartoitus niiden kliinisen merkityksen määrittämiseksi (2).

1. Potilaat, joilla on vakiintunut molekyylidiagnoosi, kerätään kustakin seuraavista häiriöistä: 10, joilla on autosomaalinen dominantti polykystinen munuaissairaus (ADPKD) ja 10, joilla on CYP21-puutos. Mukaan otetaan myös tapaukset, joiden tulokset ovat epäselviä, jotta voidaan testata mahdollisia ONT-parannuksia tulosten saavuttamiseen kuluvan ajan ja tarkan molekyylin karakterisoinnin osalta. Mukaan otetaan koko joukko kutakin aiheuttajageeniä (PKD1 ja CYP21A2) vaikuttavat mutaatiot, jotka kattavat maailmanlaajuisesti kaikki mahdolliset muutokset (missense, nonsense, indels, eksoniset ja geenideleetiot).
2. Kokoelma 10 muusta potilaasta, joilla on kopiolukuvariantteja (CNV), joiden aCGH:n määrittämät raja-arvot kartoitetaan lähellä taudin geenejä, jotka mahdollisesti ovat vastuussa havaitusta kliinisestä kuvasta.

Tämän ehdotuksen päätavoitteena on arvioida ONT:n tehokkuutta kliinisen genomiikan rutiinien diagnostisten haasteiden ratkaisemisessa tilanteissa, joissa tarkka molekyylidiagnoosi on usein mahdotonta tai vaikeaa ja äärimmäisen aikaa vievää nykyisten geneettisten testien avulla. Sanger-sekvensointia, NGS-paneeleja ja MLPA:ta käytetään rutiininomaisesti tunnistamaan patogeeniset variantit ja CNV:t, jotka ovat vastuussa monista monogeenisistä sairauksista, ja analysoimaan aCGH-potilaita, joilla on eristetty tai syndrominen älyllinen vamma ilman erityistä kliinistä epäilystä. Nämä analyysit ovat pitkiä, teknisesti työläitä eivätkä useinkaan ole yksittäin ratkaisevia, koska tekniset rajoitukset voivat johtaa epäselviin tuloksiin ja estää varman diagnoosin. Tarkoituksena on osoittaa, että ONT ylittää nykyiset diagnostiset työkalut nopeuden ja herkkyyden suhteen reaaliaikaisen kohdistetun lähestymistavan avulla, jolla lisätään kattavuutta kliinisesti merkittävillä alueilla sekvensoinnin aikana, mikä parantaa merkittävästi diagnostiikkaprosessin tehokkuutta. Ehdotetun kohdennetun ONT-lähestymistavan onnistuminen on periaatetodiste tämän strategian toteuttamiselle laajemman laboratoriossamme jo tutkittujen häiriöiden diagnosoimiseksi.