Uitdagende diagnoses oplossen via ultralange leessequenties (SCHeDULeRS)

De diagnostische prestaties van LRS, door Oxford Nanopore Technology (ONT) toe te passen, zullen worden geëvalueerd door middel van een real-time gerichte aanpak en het genereren van ultralange metingen, voor de identificatie van pathogenetische varianten in genetische aandoeningen met een momenteel uitdagende diagnose vanwege de aanwezigheid van pseudogenen (1) en op het nauwkeurig in kaart brengen van SV-breekpunten geïdentificeerd door aCGH voor de definitie van hun klinische betekenis (2).

1. Patiënten met een vastgestelde moleculaire diagnose zullen worden verzameld voor elk van de volgende aandoeningen: 10 met autosomaal dominante polycystische nierziekte (ADPKD) en 10 met CYP21-deficiëntie. Gevallen met dubbelzinnige resultaten om mogelijke ONT-verbeteringen in termen van tijd tot resultaten en nauwkeurige moleculaire karakterisering te testen, zullen worden opgenomen. Het hele scala aan mutaties die elk veroorzakend gen beïnvloeden (respectievelijk PKD1 en CYP21A2), die globaal alle mogelijke soorten veranderingen (missense, nonsens, indels, exonische en gen-deleties) omvatten, zullen worden opgenomen.
2. Verzameling van andere 10 patiënten die drager zijn van kopienummervarianten (CNV's) met door aCGH gedefinieerde breekpunten die dicht bij de ziektegenen liggen die mogelijk verantwoordelijk zijn voor het waargenomen klinische beeld.

Het belangrijkste doel van dit voorstel is om de werkzaamheid van ONT te evalueren bij het oplossen van diagnostische uitdagingen waarmee de klinische genomica-routine wordt geconfronteerd, in situaties waarin een precieze moleculaire diagnose vaak onmogelijk of moeilijk is en extreem tijdrovend met de huidige genetische tests. Sanger-sequencing, NGS-panels en MLPA worden routinematig gebruikt om pathogene varianten en CNV's te identificeren die verantwoordelijk zijn voor veel monogene aandoeningen en voor de analyse via aCGH-patiënten met geïsoleerde of syndromale verstandelijke beperking zonder een specifieke klinische verdachte. Deze analyses zijn lang, technisch bewerkelijk en vaak niet individueel sluitend, omdat technische beperkingen tot dubbelzinnige resultaten kunnen leiden en een definitieve diagnose kunnen verhinderen. De bedoeling is om aan te tonen dat ONT, door middel van een realtime gerichte aanpak om de dekking in klinisch relevante regio's tijdens sequencing te vergroten, beter presteert dan de huidige diagnostische hulpmiddelen in termen van snelheid en gevoeligheid, waardoor de efficiëntie van het diagnostische proces aanzienlijk wordt verbeterd. Het succes van de voorgestelde target-ONT-aanpak zal het proof-of-principle opleveren om deze strategie te implementeren voor de diagnose van een breder spectrum van aandoeningen die al in ons laboratorium zijn bestudeerd.