Rozwiązywanie trudnych diagnoz poprzez bardzo długie sekwencjonowanie odczytu (SCHeDULeRS)

Skuteczność diagnostyczna LRS dzięki zastosowaniu technologii Oxford Nanopore (ONT) zostanie oceniona poprzez ukierunkowane podejście w czasie rzeczywistym i generowanie bardzo długich odczytów, w celu identyfikacji wariantów patogenetycznych w zaburzeniach genetycznych, których diagnoza jest obecnie trudna ze względu na obecności pseudogenów (1) oraz dokładnego mapowania punktów granicznych SV zidentyfikowanych przez aCGH w celu określenia ich znaczenia klinicznego (2).

1. Zbierani będą pacjenci z ustaloną diagnozą molekularną w kierunku każdego z następujących zaburzeń: 10 z autosomalną dominującą wielotorbielowatością nerek (ADPKD) i 10 z niedoborem CYP21. Uwzględnione zostaną przypadki z niejednoznacznymi wynikami w celu przetestowania możliwych ulepszeń ONT pod względem czasu uzyskania wyników i dokładnej charakterystyki molekularnej. Uwzględniony zostanie cały zakres mutacji wpływających na każdy gen sprawczy (odpowiednio PKD1 i CYP21A2), który globalnie obejmuje wszystkie możliwe typy zmian (zmiany sensu, nonsensy, indele, delecje eksonowe i genowe).
2. Zbiór pozostałych 10 pacjentów noszących warianty liczby kopii (CNV) z mapowaniem punktów przerwania zdefiniowanych przez aCGH w pobliżu genów chorobowych prawdopodobnie odpowiedzialnych za obserwowany obraz kliniczny.

Głównym celem tej propozycji jest ocena skuteczności ONT w rozwiązywaniu problemów diagnostycznych stojących przed rutynową genomiką kliniczną, w sytuacjach, gdy dokładna diagnoza molekularna jest często niemożliwa lub trudna i niezwykle czasochłonna przy użyciu obecnych testów genetycznych. Sekwencjonowanie Sangera, panele NGS i MLPA są rutynowo stosowane do identyfikacji wariantów patogennych i CNV odpowiedzialnych za wiele zaburzeń monogenowych oraz do analizy pacjentów z aCGH z izolowaną lub syndromiczną niepełnosprawnością intelektualną bez konkretnego podejrzanego klinicznego. Analizy te są długie, pracochłonne technicznie i często nie są indywidualnie rozstrzygające, ponieważ ograniczenia techniczne mogą prowadzić do niejednoznacznych wyników i uniemożliwiać postawienie ostatecznej diagnozy. Celem jest wykazanie, że ONT, poprzez ukierunkowane podejście w czasie rzeczywistym, mające na celu zwiększenie zasięgu w klinicznie istotnych regionach podczas sekwencjonowania, przewyższa obecne narzędzia diagnostyczne pod względem szybkości i czułości, znacznie poprawiając efektywność procesu diagnostycznego. Sukces proponowanego docelowego podejścia ONT dostarczy dowodu na zasadność wdrożenia tej strategii w diagnostyce szerszego spektrum zaburzeń już zbadanych w naszym laboratorium