Løse utfordrende diagnoser gjennom ultralang lesesekvensering (SCHeDULeRS)

Den diagnostiske ytelsen til LRS, ved å bruke Oxford Nanopore Technology (ONT), vil bli evaluert gjennom en sanntidsmålrettet tilnærming og generering av ultralange avlesninger, for identifisering av patogenetiske varianter i genetiske lidelser med en for tiden utfordrende diagnose på grunn av tilstedeværelse av pseudogener (1) og til den nøyaktige kartleggingen av SV-bruddpunkter identifisert av aCGH for definisjon av deres kliniske betydning (2).

1. Pasienter med etablert molekylær diagnose vil bli samlet inn for hver av følgende lidelser: 10 med autosomal dominant polycystisk nyresykdom (ADPKD) og 10 med CYP21-mangel. Saker med tvetydige resultater for å teste mulige ONT-forbedringer når det gjelder tid til resultater og presis molekylær karakterisering vil bli inkludert. Hele spekteret av mutasjoner som påvirker hvert årsaksgen (henholdsvis PKD1 og CYP21A2), som globalt dekker alle mulige typer endringer (missense, nonsens, indels, eksoniske og gendelesjoner) vil bli inkludert.
2. Samling av andre 10 pasienter som bærer kopinummervarianter (CNV) med aCGH-definerte bruddpunkter som kartlegger nær sykdomsgener som muligens er ansvarlige for det observerte kliniske bildet.

Hovedmålet med dette forslaget er å evaluere ONT-effektivitet for å løse diagnostiske utfordringer i den kliniske genomikkrutinen, i situasjoner der en presis molekylær diagnose ofte er umulig eller vanskelig og ekstremt tidkrevende med gjeldende genetiske tester. Sanger-sekvensering, NGS-paneler og MLPA brukes rutinemessig til å identifisere patogene varianter og CNV-er som er ansvarlige for mange monogene lidelser og for analyse gjennom aCGH-pasienter med isolert eller syndromisk intellektuell funksjonshemming uten en spesifikk klinisk mistenkt. Disse analysene er lange, teknisk arbeidskrevende og ofte ikke individuelt avgjørende fordi tekniske begrensninger kan føre til tvetydige resultater og forhindre sikker diagnose. Hensikten er å demonstrere at ONT, gjennom en målrettet tilnærming i sanntid for å øke dekningen i klinisk relevante regioner under sekvensering, utkonkurrerer gjeldende diagnostiske verktøy når det gjelder hurtighet og sensitivitet, og forbedrer effektiviteten av den diagnostiske prosessen betraktelig. Suksessen til den foreslåtte mål-ONT-tilnærmingen vil gi prinsippbeviset for å implementere denne strategien for diagnostisering av et bredere spekter av lidelser som allerede er studert i laboratoriet vårt