Resolvendo diagnósticos desafiadores por meio de sequenciamento de leitura ultralongo (SCHeDULeRS)

O desempenho diagnóstico do LRS, aplicando a Oxford Nanopore Technology (ONT), será avaliado através de uma abordagem direcionada em tempo real e geração de leituras ultralongas, para a identificação de variantes patogenéticas em doenças genéticas com um diagnóstico atualmente desafiador devido ao presença de pseudogenes (1) e ao mapeamento preciso dos breakpoints de VS identificados pelo aCGH para definição de seu significado clínico (2).

1. Pacientes com diagnóstico molecular estabelecido serão coletados para cada um dos seguintes distúrbios: 10 com doença renal policística autossômica dominante (ADPKD) e 10 com deficiência de CYP21. Serão incluídos casos com resultados ambíguos para testar possíveis melhorias do ONT em termos de tempo para resultados e caracterização molecular precisa. Será incluída toda a gama de mutações que afetam cada gene causador (PKD1 e CYP21A2, respectivamente), que cobrem globalmente todos os tipos possíveis de alterações (missense, absurdo, indels, exônicas e deleções genéticas).
2. Coleta de outros 10 pacientes portadores de variantes de número de cópias (CNVs) com pontos de interrupção definidos por aCGH mapeados próximos aos genes da doença possivelmente responsáveis ​​pelo quadro clínico observado.

O principal objetivo desta proposta é avaliar a eficácia do ONT na resolução dos desafios diagnósticos enfrentados na rotina da genômica clínica, em situações em que um diagnóstico molecular preciso é muitas vezes impossível ou difícil e extremamente demorado com os testes genéticos atuais. Sequenciamento Sanger, painéis NGS e MLPA são usados ​​rotineiramente para identificar variantes patogênicas e CNVs responsáveis ​​por muitos distúrbios monogênicos e para a análise de pacientes com aCGH com deficiência intelectual isolada ou sindrômica sem suspeita clínica específica. Estas análises são longas, tecnicamente laboriosas e muitas vezes não individualmente conclusivas porque as limitações técnicas podem levar a resultados ambíguos e impedir o diagnóstico definitivo. A intenção é demonstrar que o ONT, através de uma abordagem direcionada em tempo real para aumentar a cobertura em regiões clinicamente relevantes durante o sequenciamento, supera as ferramentas de diagnóstico atuais em termos de rapidez e sensibilidade, melhorando consideravelmente a eficiência do processo de diagnóstico. O sucesso da abordagem ONT alvo proposta fornecerá a prova de princípio para implementar esta estratégia para o diagnóstico de um espectro mais amplo de distúrbios já estudados em nosso laboratório