Решение сложных диагнозов с помощью сверхдлинного секвенирования считывания (SCHeDULeRS)

Диагностическая эффективность LRS с применением Оксфордской технологии нанопор (ONT) будет оцениваться с помощью целевого подхода в реальном времени и создания сверхдлинных считываний для идентификации патогенетических вариантов генетических нарушений с в настоящее время сложной диагностикой из-за наличие псевдогенов (1) и точному картированию точек разрыва SV, идентифицированных aCGH, для определения их клинической значимости (2).

1. Пациенты с установленным молекулярным диагнозом будут собраны по каждому из следующих заболеваний: 10 с аутосомно-доминантным поликистозом почек (ADPKD) и 10 с дефицитом CYP21. Будут включены случаи с неоднозначными результатами для проверки возможных улучшений ONT с точки зрения времени получения результатов и точной молекулярной характеристики. Будет включен весь спектр мутаций, затрагивающих каждый причинный ген (PKD1 и CYP21A2 соответственно), которые глобально охватывают все возможные типы изменений (миссенс, нонсенс, инделы, экзонные и генные делеции).
2. Коллекция других 10 пациентов, несущих варианты числа копий (CNV) с контрольными точками, определенными aCGH, картирующими близкими к генам заболевания, возможно, ответственным за наблюдаемую клиническую картину.

Основная цель этого предложения — оценить эффективность ONT в решении диагностических задач, с которыми сталкиваются в повседневной клинической геномике, в ситуациях, когда точный молекулярный диагноз часто невозможен или труден и требует чрезвычайно много времени с использованием современных генетических тестов. Секвенирование Сэнгера, панели NGS и MLPA обычно используются для идентификации патогенных вариантов и CNV, ответственных за многие моногенные заболевания, а также для анализа пациентов с aCGH с изолированной или синдромальной умственной отсталостью без конкретного клинического подозреваемого. Эти анализы длительны, технически трудоемки и часто не дают окончательных результатов, поскольку технические ограничения могут привести к неоднозначным результатам и помешать точному диагнозу. Цель состоит в том, чтобы продемонстрировать, что ONT благодаря целенаправленному подходу в реальном времени для увеличения охвата клинически значимых областей во время секвенирования превосходит современные диагностические инструменты с точки зрения скорости и чувствительности, значительно повышая эффективность диагностического процесса. Успех предлагаемого целевого подхода ONT станет доказательством принципа реализации этой стратегии для диагностики более широкого спектра расстройств, уже изученных в нашей лаборатории.