Resolviendo diagnósticos desafiantes mediante secuenciación de lectura ultralarga (SCHeDULeRS)

El rendimiento diagnóstico de LRS, mediante la aplicación de la tecnología Oxford Nanopore (ONT), se evaluará mediante un enfoque dirigido en tiempo real y la generación de lecturas ultralargas, para la identificación de variantes patogénicas en trastornos genéticos con un diagnóstico actualmente desafiante debido a la presencia de pseudogenes (1) y al mapeo preciso de los puntos de corte del SV identificados por aCGH para la definición de su importancia clínica (2).

1. Se recolectarán pacientes con un diagnóstico molecular establecido para cada uno de los siguientes trastornos: 10 con poliquistosis renal autosómica dominante (PQRAD) y 10 con deficiencia de CYP21. Se incluirán casos con resultados ambiguos para probar posibles mejoras de la ONT en términos de tiempo de obtención de resultados y caracterización molecular precisa. Se incluirá toda la gama de mutaciones que afectan a cada gen causante (PKD1 y CYP21A2, respectivamente), que abarcan globalmente todos los posibles tipos de alteraciones (missense, nonsense, indeles, exónicas y deleciones genéticas).
2. Colección de otros 10 pacientes que portan variantes del número de copias (CNV) con puntos de corte definidos por aCGH que se mapean cerca de los genes de la enfermedad posiblemente responsables del cuadro clínico observado.

El objetivo principal de esta propuesta es evaluar la eficacia de la ONT para resolver los desafíos de diagnóstico que enfrenta la rutina de la genómica clínica, en situaciones en las que un diagnóstico molecular preciso es a menudo imposible o difícil y requiere mucho tiempo con las pruebas genéticas actuales. La secuenciación de Sanger, los paneles NGS y MLPA se utilizan habitualmente para identificar variantes patogénicas y CNV responsables de muchos trastornos monogénicos y para el análisis de pacientes con aCGH con discapacidad intelectual aislada o sindrómica sin un sospechoso clínico específico. Estos análisis son largos, técnicamente laboriosos y a menudo no son concluyentes individualmente porque las limitaciones técnicas pueden conducir a resultados ambiguos e impedir un diagnóstico definitivo. La intención es demostrar que la ONT, a través de un enfoque dirigido en tiempo real para aumentar la cobertura en regiones clínicamente relevantes durante la secuenciación, supera a las herramientas de diagnóstico actuales en términos de rapidez y sensibilidad, mejorando considerablemente la eficiencia del proceso de diagnóstico. El éxito del enfoque ONT objetivo propuesto proporcionará la prueba de principio para implementar esta estrategia para el diagnóstico de un espectro más amplio de trastornos ya estudiados en nuestro laboratorio.