Résoudre des diagnostics difficiles grâce à un séquençage de lecture ultra-long (SCHeDULeRS)

Les performances diagnostiques du LRS, en appliquant la technologie Oxford Nanopore (ONT), seront évaluées grâce à une approche ciblée en temps réel et à la génération de lectures ultra-longues, pour l'identification de variantes pathogénétiques dans les troubles génétiques avec un diagnostic actuellement difficile en raison de la présence de pseudogènes (1) et à la cartographie précise des points d'arrêt SV identifiés par aCGH pour la définition de leur signification clinique (2).

1. Les patients avec un diagnostic moléculaire établi seront collectés pour chacun des troubles suivants : 10 avec maladie polykystique rénale autosomique dominante (PKRAD) et 10 avec déficit en CYP21. Des cas avec des résultats ambigus pour tester d'éventuelles améliorations de l'ONT en termes de délai d'obtention des résultats et de caractérisation moléculaire précise seront inclus. L'ensemble des mutations affectant chaque gène causal (PKD1 et CYP21A2, respectivement), qui couvrent globalement tous les types d'altérations possibles (faux-sens, non-sens, indels, exoniques et délétions de gènes) sera incluse.
2. Collection de 10 autres patients porteurs de variantes du nombre de copies (CNV) avec des points d'arrêt définis par aCGH cartographiant près des gènes de la maladie éventuellement responsables du tableau clinique observé.

L'objectif principal de cette proposition est d'évaluer l'efficacité de l'ONT pour résoudre les défis diagnostiques rencontrés dans la routine de génomique clinique, dans des situations où un diagnostic moléculaire précis est souvent impossible ou difficile et extrêmement long avec les tests génétiques actuels. Le séquençage Sanger, les panels NGS et le MLPA sont couramment utilisés pour identifier les variants pathogènes et les CNV responsables de nombreux troubles monogéniques et pour l'analyse des patients aCGH présentant une déficience intellectuelle isolée ou syndromique sans suspect clinique spécifique. Ces analyses sont longues, techniquement laborieuses et souvent non concluantes individuellement, car les limitations techniques peuvent conduire à des résultats ambigus et empêcher un diagnostic définitif. L'objectif est de démontrer que l'ONT, grâce à une approche ciblée en temps réel pour augmenter la couverture dans les régions cliniquement pertinentes pendant le séquençage, surpasse les outils de diagnostic actuels en termes de rapidité et de sensibilité, améliorant considérablement l'efficacité du processus de diagnostic. Le succès de l'approche cible ONT proposée fournira la preuve de principe pour mettre en œuvre cette stratégie pour le diagnostic d'un spectre plus large de troubles déjà étudiés dans notre laboratoire.