Řešení náročných diagnóz pomocí sekvenování ultra dlouhého čtení (SCHeDULeRS)
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Diagnostická výkonnost LRS pomocí aplikace Oxford Nanopore Technology (ONT) bude hodnocena prostřednictvím cíleného přístupu v reálném čase a generování ultradlouhých odečtů, až po identifikaci patogenetických variant u genetických poruch se současnou náročnou diagnózou kvůli přítomnost pseudogenů (1) a přesné mapování zlomových bodů SV identifikovaných pomocí aCGH pro definici jejich klinického významu (2).
- Pacienti se stanovenou molekulární diagnózou budou shromážděni pro každou z následujících poruch: 10 s autozomálně dominantním polycystickým onemocněním ledvin (ADPKD) a 10 s nedostatkem CYP21. Budou zahrnuty případy s nejednoznačnými výsledky pro testování možných zlepšení ONT z hlediska doby dosažení výsledků a přesné molekulární charakterizace. Bude zahrnuta celá řada mutací ovlivňujících každý kauzativní gen (PKD1, resp. CYP21A2), které globálně pokrývají všechny možné typy alterací (missense, nesmysl, indely, exonické a genové delece).
- Soubor dalších 10 pacientů nesoucích varianty počtu kopií (CNV) s aCGH-definovanými hraničními body mapujícími blízko k chorobným genům, které mohou být zodpovědné za pozorovaný klinický obraz.
Hlavním cílem tohoto návrhu je zhodnotit účinnost ONT při řešení diagnostických problémů, kterým čelí rutina klinické genomiky, v situacích, kdy je přesná molekulární diagnóza často nemožná nebo obtížná a extrémně časově náročná se současnými genetickými testy. Sangerovo sekvenování, NGS panely a MLPA se běžně používají k identifikaci patogenních variant a CNV odpovědných za mnoho monogenních poruch a k analýze prostřednictvím pacientů s aCGH s izolovaným nebo syndromickým mentálním postižením bez konkrétního klinického podezření. Tyto analýzy jsou dlouhé, technicky pracné a často nejsou jednotlivě průkazné, protože technická omezení mohou vést k nejednoznačným výsledkům a bránit definitivní diagnóze. Záměrem je demonstrovat, že ONT, prostřednictvím cíleného přístupu v reálném čase ke zvýšení pokrytí v klinicky relevantních oblastech během sekvenování, překonává současné diagnostické nástroje z hlediska rychlosti a citlivosti, což výrazně zlepšuje efektivitu diagnostického procesu. Úspěch navrhovaného cílového přístupu ONT poskytne důkaz principu implementace této strategie pro diagnostiku širšího spektra poruch již studovaných v naší laboratoři
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
Bologna
-
Bologna, Bologna, Itálie, 40138
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Popis
Kritéria pro zařazení
- Pacienti s patogenními změnami v genu PKD1 ve věku 30 až 70 let
- Pacienti s patogenními změnami v genu CYP21A2 nebo s nejasně definovaným genotypem, ve věku od jednoho měsíce do 50 let
- Pacienti nesoucí potenciálně patogenní CNV (např. nový nástup a/nebo v blízkosti genů spojených s onemocněním), ve věku od jednoho měsíce do 70 let
- Dostupnost vhodného krevního vzorku na IRCCS Medical Genetics Unit AOUBO
- Získání informovaného souhlasu.
Kritéria vyloučení
- Žádný
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: Nerandomizované
- Intervenční model: Paralelní přiřazení
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Cíl
Sekvenování ve vzorcích se změnami v genech PKD1 nebo CYP21A2 nebo s delecemi identifikovanými pomocí aCGH, LRS bude omezeno na geny/lokusy zájmu.
|
Provedená technologie patří k sekvenačním strategiím třetí generace a je schopna analyzovat velmi dlouhé fragmenty DNA a RNA.
|
|
Experimentální: Genomika
Celý genom bude analyzován ve vzorcích s duplikacemi, aby se přesně identifikovaly genomové oblasti, do kterých byly vloženy duplikované části
|
Provedená technologie patří k sekvenačním strategiím třetí generace a je schopna analyzovat velmi dlouhé fragmenty DNA a RNA.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Genetické anomálie
Časové okno: 24 měsíců
|
K určení citlivosti LRS při detekci genetických variant v obtížně analyzovatelných genomických oblastech a k umožnění přesného mapování nevyvážených genomických alterací identifikovaných rutinními diagnostickými technikami.
|
24 měsíců
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Mapování bodů zlomu CNV
Časové okno: 24 měsíců
|
Ověřit, zda nová sekvenační technologie ovlivňuje dobu analýzy a vykazování.
|
24 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Pamela Magini, Biologist, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Policlinico di Sant'Orsola
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Aktuální)
Dokončení studie (Odhadovaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další identifikační čísla studie
- SCHeDULeRS
- Horizon 2020 (Jiné číslo grantu/financování: European Commission)
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .