Lösung anspruchsvoller Diagnosen durch ultralange Lesesequenzierung (SCHeDULeRS)
Studienübersicht
Status
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Die diagnostische Leistung von LRS durch Anwendung der Oxford Nanopore Technology (ONT) wird durch einen gezielten Echtzeitansatz und die Generierung ultralanger Lesevorgänge zur Identifizierung pathogenetischer Varianten bei genetischen Störungen evaluiert, deren Diagnose derzeit schwierig ist Vorhandensein von Pseudogenen (1) und zur genauen Kartierung der durch aCGH identifizierten SV-Breakpoints zur Definition ihrer klinischen Bedeutung (2).
- Patienten mit einer etablierten molekularen Diagnose werden für jede der folgenden Erkrankungen gesammelt: 10 mit autosomal-dominanter polyzystischer Nierenerkrankung (ADPKD) und 10 mit CYP21-Mangel. Fälle mit unklaren Ergebnissen werden einbezogen, um mögliche ONT-Verbesserungen im Hinblick auf die Zeit bis zum Erreichen der Ergebnisse und eine präzise molekulare Charakterisierung zu testen. Das gesamte Spektrum an Mutationen, die jedes verursachende Gen (PKD1 bzw. CYP21A2) betreffen und global alle möglichen Arten von Veränderungen (Missense, Nonsense, Indels, exonische und Gendeletionen) abdecken, wird einbezogen.
- Sammlung weiterer 10 Patienten, die Kopienzahlvarianten (CNVs) mit aCGH-definierten Haltepunkten tragen, die in der Nähe von Krankheitsgenen liegen, die möglicherweise für das beobachtete klinische Bild verantwortlich sind.
Das Hauptziel dieses Vorschlags besteht darin, die Wirksamkeit von ONT bei der Lösung diagnostischer Herausforderungen in der Routine der klinischen Genomik zu bewerten, in Situationen, in denen eine präzise molekulare Diagnose mit aktuellen Gentests oft unmöglich oder schwierig und äußerst zeitaufwändig ist. Sanger-Sequenzierung, NGS-Panels und MLPA werden routinemäßig verwendet, um pathogene Varianten und CNVs zu identifizieren, die für viele monogene Störungen verantwortlich sind, und für die Analyse bei aCGH-Patienten mit isolierter oder syndromaler geistiger Behinderung ohne spezifischen klinischen Verdacht. Diese Analysen sind langwierig, technisch aufwändig und oft nicht individuell aussagekräftig, da technische Einschränkungen zu mehrdeutigen Ergebnissen führen und eine eindeutige Diagnose verhindern können. Ziel ist es zu zeigen, dass ONT durch einen gezielten Echtzeitansatz zur Erhöhung der Abdeckung in klinisch relevanten Regionen während der Sequenzierung aktuelle Diagnosewerkzeuge in Bezug auf Schnelligkeit und Empfindlichkeit übertrifft und die Effizienz des Diagnoseprozesses erheblich verbessert. Der Erfolg des vorgeschlagenen Ziel-ONT-Ansatzes wird den Grundsatzbeweis für die Umsetzung dieser Strategie zur Diagnose eines breiteren Spektrums von Erkrankungen liefern, die bereits in unserem Labor untersucht wurden
Studientyp
Einschreibung (Tatsächlich)
Phase
- Unzutreffend
Kontakte und Standorte
Studienorte
-
-
Bologna
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Bologna, Bologna, Italien, 40138
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
-
-
Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Kind
- Erwachsene
- Älterer Erwachsener
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Beschreibung
Einschlusskriterien
- Patienten mit pathogenen Veränderungen im PKD1-Gen im Alter zwischen 30 und 70 Jahren
- Patienten mit pathogenen Veränderungen im CYP21A2-Gen oder mit einem nicht klar definierten Genotyp im Alter zwischen einem Monat und 50 Jahren
- Patienten mit potenziell pathogenen CNVs (z. B. Neuauftreten und/oder in der Nähe krankheitsassoziierter Gene), im Alter zwischen einem Monat und 70 Jahren
- Verfügbarkeit einer geeigneten Blutprobe bei der IRCCS Medical Genetics Unit AOUBO
- Einholung der Einwilligung nach Aufklärung.
Ausschlusskriterien
- Keine
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Hauptzweck: Diagnose
- Zuteilung: Nicht randomisiert
- Interventionsmodell: Parallele Zuordnung
- Maskierung: Keine (Offenes Etikett)
Waffen und Interventionen
Teilnehmergruppe / Arm |
Intervention / Behandlung |
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Experimental: Ziel
Bei der Sequenzierung von Proben mit Veränderungen in den PKD1- oder CYP21A2-Genen oder mit durch aCGH identifizierten Deletionen wird LRS auf die Gene/Loci von Interesse beschränkt.
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Die verwendete Technologie gehört zu den Sequenzierungsstrategien der dritten Generation und ist in der Lage, sehr lange DNA- und RNA-Fragmente zu analysieren.
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Experimental: Genomik
Das gesamte Genom wird in Proben mit Duplikationen analysiert, um die Genomregionen genau zu identifizieren, in die sich die duplizierten Teile eingefügt haben
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Die verwendete Technologie gehört zu den Sequenzierungsstrategien der dritten Generation und ist in der Lage, sehr lange DNA- und RNA-Fragmente zu analysieren.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Genetische Anomalien
Zeitfenster: 24 Monate
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Um die Empfindlichkeit der LRS beim Nachweis genetischer Varianten in schwer analysierbaren Genomregionen zu bestimmen und eine präzise Kartierung unausgeglichener genomischer Veränderungen zu ermöglichen, die durch routinemäßige diagnostische Techniken identifiziert wurden.
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24 Monate
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Die Bruchpunkte von CNVs kartieren
Zeitfenster: 24 Monate
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Um zu überprüfen, ob die neue Sequenzierungstechnologie die Analyse- und Berichtszeiten beeinflusst.
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24 Monate
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Mitarbeiter und Ermittler
Ermittler
- Hauptermittler: Pamela Magini, Biologist, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Policlinico di Sant'Orsola
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
Studienabschluss (Geschätzt)
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Andere Studien-ID-Nummern
- SCHeDULeRS
- Horizon 2020 (Andere Zuschuss-/Finanzierungsnummer: European Commission)
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
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Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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