健康なボランティアの牛乳消費と血液微生物叢 (MAMI)

Edna（Ecological DNA）は、生態系に存在するすべての生物の包括的な説明を作成するための人気を獲得している概念です。 腸内微生物は、EDNAの特定のバリアントと見なすことができます。 理論的には、腸内微生物叢の説明には、細菌、ウイルス、古細菌、菌類、その他の生物など、胃腸管にすべての異なる種類の微生物を含める必要があります（例： ワームとファージ）。 実際には、そのような説明をすることは、疑いのある時間的変化と技術的課題のために挑戦的です（たとえば、一般的に使用される16S rRNAアプローチは多くの生物を無視します）。 それにもかかわらず、腸内マイクロビオームが宿主の恒常性と健康を維持する上で重要な役割を果たすことが一般に受け入れられているため、正確な説明をすることが不可欠です。

腸内微生物叢のサンプリングにおける課題を克服するために、ほとんどの研究者は現在、糞便の調査に依存しています。 改善された技術的アプローチの開発において、この分野を開拓しました。たとえば、私たちは以前、この微生物叢全体を特徴付けるために、健康なボランティアを対象とした二重バルーン内視鏡研究を実施しました。 糞便微生物叢の問題には、付着性植物相の捕獲が不十分（人間の生理学に関して最も関連性が高いようです）、それは非常に不均一であり、糞便サンプルのどの部分が採取されたかによって結果が異なる可能性があり、多くの真核生物はDNA分離プロトコルに非常に耐性があるため、技術的な課題があります。 さらに、糞便微生物叢は食事によって支配されており、これは人間で日々異なる場合があります。 たとえば、朝食に由来する糞便材料は、夕食に由来するものと比較して、微生物組成が大幅に異なる場合があります。 したがって、代替案が必要です。

血液微生物叢は、微生物叢を調査する新たに発見された方法であり、あらゆる種類のボディサイト、特に腸管のコロニー形成を統合しています。 さまざまな微生物のDNAフラグメントが、まだ完全に理解されているメカニズムを介して循環に入ると推測されています。 胃腸微生物叢は、特にさまざまな慢性疾患で発生する可能性のある腸の障壁障害の場合、血液微生物叢の主要な供給源と見なされます。

非ヒト起源に由来する細胞を含まないDNA断片の全身の説明は、生物を構成するのではなく、その残骸を構成しているにもかかわらず、血液微生物叢と呼ばれます。 血液微生物叢の署名は、がんの患者を健康な人と区別するための予測可能なバイオマーカーとして報告されており、異なる癌タイプを区別するためでさえあります。 しかし、このアプローチは、バイオインフォマティックな落とし穴のために非常に議論の余地があります。 関係する問題を解決するためにかなりのエネルギーを投資していますが、この分野では、進歩するために正式な概念の証明が必要です。 現在の研究はこれを提供することを目的としています。