Spotřeba mléka a krevní mikrobiom u zdravých dobrovolníků (MAMI)

Edna (ekologická DNA) je koncept, který získává popularitu pro vytváření komplexních popisů všech organismů přítomných v ekosystému. Střevní mikrobiomy lze považovat za specifickou variantu EDNA. Teoreticky by popis střevního mikrobiomu měl obsahovat všechny různé druhy mikroorganismů v našem gastrointestinálním traktu, včetně bakterií, virů, archaea, hub a dalších organismů (např. červi a fágy). V praxi je takové popisy náročné kvůli falešným časovým změnám a technickým výzvám (např. Běžně používaný 16S rRNA přístup ignoruje mnoho organismů). Přesné popisy je však nezbytné, protože je obecně přijímáno, že střevní mikrobiom hraje kritickou roli při udržování hostitelské homeostázy a zdraví.

K překonání problémů při vzorkování střevního mikrobiomu se většina vyšetřovatelů v současné době spoléhá na sondovou stolici. Pokolovali jsme pole při vývoji zlepšených technických přístupů; Například jsme dříve provedli endoskopickou studii s dvojitou balónou u zdravých dobrovolníků, která tento mikrobiom charakterizuje v celém rozsahu. Problémy s fekálním mikrobiomem zahrnují jeho špatné zachycení adherentní flóry (která se jeví jako nejdůležitější o fyziologii člověka), je vysoce heterogenní a může způsobit, že se výsledky liší v závislosti na tom, která část fekálních vzorků byla přijata a technologické výzvy, protože mnoho eukaryotů je docela odolné vůči protokolům DNA. Fekální mikrobiom navíc dominuje strava, která se u lidí může u lidí podstatně lišit. Například fekální materiál pocházející ze snídaně může mít výrazně odlišné mikrobiologické složení ve srovnání s materiálem odvozeným z večeře. Proto existuje výzva k alternativám.

Krevní mikrobiom je nově objevený způsob zkoumání mikrobiomu a integrace kolonizace všech druhů tělesných míst, zejména střevního traktu. Spekuluje se, že fragmenty DNA různých mikroorganismů vstupují do oběhu prostřednictvím mechanismů, které jsou dosud plně pochopeny. Gastrointestinální mikrobiom je považován za hlavní zdroj krevního mikrobiomu, zejména v případě zhoršené střevní bariéry, která se může vyskytnout u různých chronických onemocnění.

Popis celého těla bezbuněčných fragmentů DNA, které pocházejí z nehumánního původu, se nazývá krevní mikrobiom, i když nepředstavuje živé organismy, ale spíše jejich zbytky. Podpis mikrobiomu v krvi byl hlášen jako předvídatelný biomarker u pacientů s rakovinou od zdravých jedinců a dokonce i pro rozlišení mezi různými typy rakoviny. Tento přístup však zůstává velmi kontroverzní kvůli bioinformatických úskalích. Přestože jsme investovali značnou energii do vyřešení souvisejících problémů, pole vyžaduje formální důkaz konceptu k pokroku. Účelem současné studie to má poskytnout.