Consommation de lait et microbiome sanguin chez des volontaires sains (MAMI)

Edna (ADN écologique) est un concept qui gagne en popularité pour faire des descriptions complètes de tous les organismes présents dans un écosystème. Les microbiomes intestinaux peuvent être considérés comme une variante spécifique de l'EDNA. En théorie, une description du microbiome intestinal doit contenir toutes les différentes types de micro-organismes dans notre tractus gastro-intestinal, y compris les bactéries, les virus, les archées, les champignons et d'autres organismes (par exemple Vers et phages). Dans la pratique, faire de telles descriptions est difficile en raison de changements temporels parasites et de défis techniques (par exemple, l'approche d'ARNr 16S couramment utilisée ignore de nombreux organismes). Néanmoins, faire des descriptions précises est essentielle car il est généralement admis que le microbiome intestinal joue un rôle critique dans le maintien de l'homéostasie et de la santé de l'hôte.

Pour surmonter les défis de l'échantillonnage du microbiome intestinal, la plupart des chercheurs comptent actuellement sur des fèces à sonder. Nous avons été les pionniers du domaine dans le développement d'approches techniques améliorées; Par exemple, nous avons précédemment effectué une étude endoscopique à double ballon chez des volontaires sains pour caractériser ce microbiome dans son intégralité. Les problèmes avec le microbiome fécal incluent sa mauvaise capture de la flore adhérente (qui semble la plus pertinente concernant la physiologie humaine), il est très hétérogène et peut faire différer les résultats en fonction de la partie des échantillons fécaux et des défis technologiques, car de nombreux eucaryotes sont assez résistants aux protocoles d'isolement ADN. De plus, le microbiome fécal est dominé par le régime alimentaire, qui peut varier considérablement d'un jour à l'autre chez l'homme. Par exemple, le matériel fécal dérivant du petit déjeuner peut avoir une composition microbiologique significativement différente de celle dérivée du dîner. Par conséquent, il y a un appel à des alternatives.

Le microbiome sanguin est un moyen nouvellement découvert de sonder le microbiome, intégrant la colonisation de toutes sortes de sites corporels, en particulier le tractus intestinal. On suppose que les fragments d'ADN de divers micro-organismes entrent dans la circulation par des mécanismes qui sont encore entièrement compris. Le microbiome gastro-intestinal est considéré comme une source majeure de microbiome sanguin, en particulier dans le cas d'une barrière intestinale altérée, qui peut se produire dans diverses maladies chroniques.

La description de tout le corps des fragments d'ADN sans cellules qui dérivent d'origine non humaine est appelé le microbiome sanguin, même s'il ne constitue pas des organismes vivants, mais plutôt leurs restes. La signature du microbiome sanguin a été signalée comme un biomarqueur prévisible dans la différenciation des patients atteints de cancer des individus en bonne santé et même pour la distinction entre différents types de cancer. Cependant, l'approche reste très controversée en raison des pièges bioinformatiques. Bien que nous ayons investi une énergie substantielle dans la résolution des problèmes concernés, le domaine nécessite une preuve de concept formelle pour progresser. La présente étude vise à fournir cela.