Spożycie mleka i mikrobiom krwi u zdrowych ochotników (MAMI)

EDNA (ekologiczne DNA) to koncepcja, która zyskuje popularność w tworzeniu kompleksowych opisów wszystkich organizmów obecnych w ekosystemie. Mikrobiomy jelit można uznać za specyficzny wariant EDNA. Teoretycznie opis mikrobiomu jelitowego powinien zawierać różne rodzaje mikroorganizmów w naszym przewodzie pokarmowym, w tym bakterie, wirusy, archaea, grzyby i inne organizmy (np. robaki i fagi). W praktyce tworzenie takich opisów jest trudne z powodu fałszywych zmian czasowych i wyzwań technicznych (np. Powszechnie stosowane podejście 16S rRNA ignoruje wiele organizmów). Niemniej jednak dokonywanie dokładnych opisów jest niezbędne, ponieważ ogólnie przyjmuje się, że mikrobiom jelitowy odgrywa krytyczną rolę w utrzymywaniu homeostazy gospodarza i zdrowia.

Aby przezwyciężyć wyzwania związane z próbkowaniem mikrobiomu jelitowego, większość badaczy opiera się obecnie na sondowaniu kału. Pioniega się w tej dziedzinie w opracowywaniu ulepszonych podejść technicznych; Na przykład wcześniej przeprowadziliśmy podwójny balonowy badanie endoskopowe u zdrowych ochotników w celu scharakteryzowania tego mikrobiomu w całości. Problemy z mikrobiomem kałowym obejmują złe wychwytywanie przylegającej flory (która wydaje się najbardziej istotna w zakresie fizjologii człowieka), jest ona wysoce heterogeniczna i może powodować, że wyniki różnią się w zależności od tego, która część próbek kałowych została podjęta, oraz wyzwania technologiczne, ponieważ wiele eukariotów jest dość opornych na protokoły izolacji DNA. Ponadto mikrobiom kałowy jest zdominowany przez dietę, która może się znacznie różnić z dnia na dzień u ludzi. Na przykład materiał kałowy pochodzący z śniadania może mieć znacznie inny skład mikrobiologiczny w porównaniu z tym pochodzącym z obiadu. Dlatego istnieje wezwanie do alternatyw.

Mikrobiom krwi jest nowo odkrytym sposobem na badanie mikrobiomu, integrację kolonizacji wszelkiego rodzaju miejsc ciała, szczególnie przewodu jelitowego. Spekuluje się, że fragmenty DNA różnych mikroorganizmów wchodzą do krążenia poprzez mechanizmy, które są jeszcze w pełni zrozumiane. Mikrobiom żołądkowo -jelitowy jest uważany za główne źródło mikrobiomu krwi, szczególnie w przypadku upośledzonej bariery jelitowej, która może wystąpić w różnych chorobach przewlekłych.

Opis całego korpusu fragmentów DNA bez komórek pochodzących z pochodzenia nie-ludzkiego nazywa się mikrobiomem krwi, nawet jeśli nie stanowi on żywych organizmów, ale raczej ich resztki. Signatura mikrobiomu we krwi została zgłoszona jako przewidywalny biomarker w różnicowaniu pacjentów z rakiem od zdrowych osób, a nawet w celu rozróżnienia różnych rodzajów raka. Podejście to pozostaje jednak bardzo kontrowersyjne z powodu bioinformatycznych pułapek. Chociaż zainwestowaliśmy znaczną energię w rozwiązywanie zaangażowanych problemów, dziedzina wymaga formalnego dowodu koncepcyjnego dla postępu. Obecne badanie ma to zapewnić.