Mjölkförbrukning och blodmikrobiom hos friska frivilliga (MAMI)

EDNA (ekologisk DNA) är ett koncept som får popularitet för att göra omfattande beskrivningar av alla organismer som finns i ett ekosystem. Gutmikrobiom kan betraktas som en specifik variant av EDNA. I teorin bör en beskrivning av tarmmikrobiomet innehålla alla olika typer av mikroorganismer i våra gastrointestinala kanaler, inklusive bakterier, virus, archaea, svampar och andra organismer (t.ex. Maskar och fager). I praktiken är det utmanande att göra sådana beskrivningar på grund av falska temporära förändringar och tekniska utmaningar (t.ex. den vanligt använda 16S rRNA -metoden ignorerar många organismer). Icke desto mindre är det att göra exakta beskrivningar avgörande eftersom det allmänt accepteras att tarmmikrobiomet spelar kritiska roller för att upprätthålla värdhomeostas och hälsa.

För att övervinna utmaningarna i att ta prov på tarmmikrobiomet förlitar de flesta utredare för närvarande på att undersöka avföring. Vi har varit banbrytande för att utveckla förbättrade tekniska tillvägagångssätt; Till exempel genomförde vi tidigare en dubbelballong endoskopisk studie i friska frivilliga för att karakterisera detta mikrobiom i sin helhet. Problem med fekalmikrobiomet inkluderar dess dåliga fångst av den vidhäftande floraen (som verkar vara de mest relevanta när det gäller mänsklig fysiologi), det är mycket heterogena och kan orsaka resultat som skiljer sig beroende på vilka del av avföringsprover som togs och tekniska utmaningar, eftersom många eukaryoter är ganska resistenta mot DNA -isoleringsprotokoler. Dessutom domineras fekalmikrobiomet av diet, som kan variera väsentligt från dag till dag hos människor. Till exempel kan fekalt material som härrör från frukost ha en betydligt annorlunda mikrobiologisk sammansättning jämfört med det som härrör från middagen. Därför finns det en uppmaning till alternativ.

Blodmikrobiomet är ett nyligen upptäckt sätt att undersöka mikrobiomet och integrera koloniseringen av alla slags kroppsplatser, särskilt tarmkanalen. Det spekuleras i att DNA -fragmenten från olika mikroorganismer kommer in i cirkulationen genom mekanismer som ännu är helt förstått. Det gastrointestinala mikrobiomet anses vara en viktig källa till blodmikrobiom, särskilt när det gäller en nedsatt tarmbarriär, som kan förekomma vid olika kroniska sjukdomar.

Beskrivningen av hela kroppen av cellfria DNA-fragment som härrör från icke-humant ursprung kallas blodmikrobiomet, även om det inte utgör levande organismer, utan snarare deras rester. Blodmikrobiomsignaturen har rapporterats som en förutsägbar biomarkör för att differentiera patienter med cancer från friska individer och till och med för att skilja mellan olika cancertyper. Tillvägagångssättet förblir emellertid mycket kontroversiellt på grund av bioinformatiska fallgropar. Medan vi har investerat betydande energi i att lösa de berörda frågorna, kräver fältet ett formellt bevis för framsteg. Den nuvarande studien är avsedd att tillhandahålla detta.