Melkeforbruk og blodmikrobiom hos friske frivillige (MAMI)

EDNA (økologisk DNA) er et konsept som får popularitet for å lage omfattende beskrivelser av alle organismer som er til stede i et økosystem. Tarmmikrobiomer kan betraktes som en spesifikk variant av EDNA. I teorien skal en beskrivelse av tarmmikrobiomet inneholde alle forskjellige typer mikroorganismer i mage -tarmkanalen vår, inkludert bakterier, virus, archaea, sopp og andre organismer (f.eks. ormer og fager). I praksis er det å lage slike beskrivelser utfordrende på grunn av falske tidsmessige endringer og tekniske utfordringer (f.eks. Den ofte brukte 16S rRNA -tilnærmingen ignorerer mange organismer). Likevel er det viktig å lage nøyaktige beskrivelser, da det generelt aksepteres at tarmen mikrobiom spiller kritiske roller for å opprettholde vertshomeostase og helse.

For å overvinne utfordringene med å ta prøvetaking av tarmmikrobiomet, er de fleste etterforskere for tiden avhengige av sondering av avføring. Vi har pioner på feltet for å utvikle forbedrede tekniske tilnærminger; For eksempel har vi tidligere utført en endoskopisk studie med dobbeltballong hos friske frivillige for å karakterisere dette mikrobiomet i sin helhet. Problemer med det fekale mikrobiomet inkluderer dens dårlige fangst av den tilhørende floraen (som virker den mest relevante angående menneskets fysiologi), det er svært heterogen og kan føre til at resultater varierer avhengig av hvilken del av fekale prøver ble tatt, og teknologiske utfordringer, da mange eukaryoter er ganske motstandsdyktige mot DNA -isolasjonsprotokoller. I tillegg domineres det fekale mikrobiomet av kosthold, noe som kan variere vesentlig fra dag til dag hos mennesker. For eksempel kan fekalt materiale som stammer fra frokost ha en betydelig annen mikrobiologisk sammensetning sammenlignet med den som stammer fra middag. Derfor er det en oppfordring til alternativer.

Blodmikrobiomet er en nyoppdaget måte å undersøke mikrobiomet, og integrere koloniseringen av alle slags kroppssteder, spesielt tarmkanalen. Det spekuleres i at DNA -fragmentene av forskjellige mikroorganismer kommer inn i sirkulasjonen gjennom mekanismer som ennå er fullstendig forstått. Det gastrointestinale mikrobiomet regnes som en viktig kilde til blodmikrobiom, spesielt når det gjelder en nedsatt tarmbarriere, som kan oppstå ved forskjellige kroniske sykdommer.

Beskrivelsen av hele kroppen av cellefrie DNA-fragmenter som stammer fra ikke-menneskelig opprinnelse kalles blodmikrobiomet, selv om det ikke utgjør levende organismer, men snarere deres rester. Blodmikrobiomsignaturen er rapportert som en forutsigbar biomarkør hos å differensiere pasienter med kreft fra friske individer og til og med for å skille mellom forskjellige krefttyper. Tilnærmingen er imidlertid veldig kontroversiell på grunn av bioinformatiske fallgruver. Mens vi har investert betydelig energi i å løse problemene som er involvert, krever feltet et formelt bevis-av-konsept for fremgang. Den nåværende studien er ment å gi dette.