Consumo di latte e microbioma del sangue in volontari sani (MAMI)

EDNA (DNA ecologico) è un concetto che sta guadagnando popolarità per fare descrizioni complete di tutti gli organismi presenti in un ecosistema. I microbiomi intestinali possono essere considerati una variante specifica di Edna. In teoria, una descrizione del microbioma intestinale dovrebbe contenere tutti i diversi tipi di microrganismi nel nostro tratto gastrointestinale, tra cui batteri, virus, archaea, funghi e altri organismi (ad es. vermi e fagi). In pratica, fare tali descrizioni è una sfida a causa dei cambiamenti temporali spuri e delle sfide tecniche (ad esempio l'approccio di rRNA 16S comunemente usato ignora molti organismi). Tuttavia, fare descrizioni accurate è essenziale in quanto è generalmente accettato che il microbioma intestinale svolge ruoli critici nel mantenere l'omeostasi e la salute dell'ospite.

Per superare le sfide nel campionamento del microbioma intestinale, la maggior parte degli investigatori si basa attualmente sul sondaggio. Abbiamo aperto la strada al campo nello sviluppo di approcci tecnici migliorati; Ad esempio, in precedenza abbiamo condotto uno studio endoscopico a doppio pallone in volontari sani per caratterizzare questo microbioma nella sua interezza. I problemi con il microbioma fecale includono la sua scarsa cattura della flora aderente (che sembra la più rilevante riguardante la fisiologia umana), è altamente eterogeneo e può far differire i risultati a seconda della parte dei campioni fecali e delle sfide tecnologiche, come molti eucarioti sono abbastanza resistenti alla protezione dell'isolamento del DNA. Inoltre, il microbioma fecale è dominato dalla dieta, che può variare sostanzialmente di giorno in giorno nell'uomo. Ad esempio, il materiale fecale che deriva dalla colazione può avere una composizione microbiologica significativamente diversa rispetto a quella derivata dalla cena. Quindi, c'è una richiesta di alternative.

Il microbioma del sangue è un modo recentemente scoperto di sondrare il microbioma, integrando la colonizzazione di tutti i tipi di siti del corpo, in particolare il tratto intestinale. Si ipotizza che i frammenti di DNA di vari microrganismi entrino nella circolazione attraverso meccanismi che sono ancora completamente compresi. Il microbioma gastrointestinale è considerato una delle principali fonti di microbioma ematico, specialmente nel caso di una barriera intestinale compromessa, che può verificarsi in varie malattie croniche.

La descrizione dell'intero corpo di frammenti di DNA senza cellule che derivano dall'origine non umana è chiamata microbioma del sangue, anche se non costituisce organismi viventi, ma piuttosto i loro resti. La firma del microbioma del sangue è stata riportata come biomarcatore prevedibile nel differenziare i pazienti con cancro da individui sani e persino per distinguere tra diversi tipi di cancro. Tuttavia, l'approccio rimane molto controverso a causa di insidie ​​bioinformatiche. Mentre abbiamo investito un'energia sostanziale nel risolvere i problemi coinvolti, il campo richiede una prova formale di concetto per progredire. L'attuale studio ha lo scopo di fornire questo.