신속한 전체 게놈 시퀀싱 연구 (rWGS)
2021년 12월 7일 업데이트: David Dimmock, MD, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
신속한 전체 게놈 시퀀싱(rWGS): 급성 질환 환자를 위한 신속한 게놈 시퀀싱과 생물학적 샘플, 게놈 및 임상 데이터의 수집, 보관, 분석 및 배포
신속한 전체 게놈 시퀀싱(rWGS)은 임상 전체 엑솜 시퀀싱(WES) 및 표준 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 포함한 기존 임상 테스트보다 훨씬 빠른 진단을 제공하는 것으로 입증되었습니다.
이 공동 연구는 rWGS를 전국의 추가 소아과 병원에 연구 테스트로 제공하여 유전적 상태가 의심되는 급성 질환 아동의 신속한 진단을 지원하고자 합니다.
이 연구는 rWGS의 잠재적 비용 효율성을 포함하여 진단율, 유전자 진단 결과로 인한 임상 치료의 변화 및 건강 경제학을 조사할 것입니다.
이 연구는 또한 게놈 시퀀싱에서 생성된 샘플 및 데이터에 대한 향후 연구를 위한 생물 저장소 역할을 할 것입니다.
연구 개요
상세 설명
Rapid Whole Genome Sequencing(rWGS)은 단 26시간 만에 소아기 발병 유전 질환의 증상 기반 진단을 제공할 수 있는 신기술입니다. RCIGM의 연구자들은 rWGS가 유전적 진단이 의심되는 급성 질환을 앓는 영아에서 기존의 분자 검사보다 진단율이 최대 57% 더 높다는 것을 보여주었습니다. 유사하게, 영아 인구에서 RCIGM 연구자들은 이러한 진단이 임상 치료를 지시하는 데 유용하며 진단을 받은 영아의 최대 70%가 후속 관리 변경을 갖는 것으로 나타났습니다. 어떤 경우에는 시기 적절한 진단으로 생명을 구하는 치료가 이루어집니다. RCIGM 조사관은 진단을 받은 영아의 최대 25%가 이환율을 예방하는 후속 관리 변경을 가짐을 보여주었습니다. 이러한 결과가 다른 기관, 다른 민족 및 인종 그룹, 더 많은 수의 환자에서 발견되는지 확인하려면 더 많은 데이터가 필요합니다. 신생아와 소아 모두에서 이러한 검사의 급성 및 장기적 임상적 유용성을 조사하고 다른 기관에 대한 이 검사의 비용 효율성을 결정하기 위해서는 더 많은 데이터가 필요합니다. 따라서 이 연구는 rWGS의 데이터와 경험을 과학계는 물론 병원 행정, 보험 회사 및 rWGS를 1차 임상 시험으로 홍보하는 데 관심이 있는 기타 주요 이해 관계자와 공유하기 위한 여러 사이트의 협력이 될 것입니다. 미래.
이 연구는 피험자가 이러한 추가 결과를 거부하지 않는 한 선택적 부수적 결과를 포함하여 영향을 받는 환자의 증상과 관련된 임상 실험실에서 확인된 결과를 제공하여 이러한 연구 결과를 임상 치료에 사용할 수 있도록 합니다. 또한, 이 연구는 진단률, 진단 정확도 및 진단 시간의 차이를 식별할 뿐만 아니라 이 검사 및 후속 변경의 비용 효율성을 결정하기 위해 여러 사이트의 표준 임상 유전자 검사와 비용 측정에 관한 데이터를 집계할 것입니다. 케어 매니지먼트에서. 임상적 유용성은 표준 임상 검사 및 rWGS를 포함하여 유전자 검사(양성 및 음성 모두) 결과에서 직접적으로 따르는 치료의 변화로 정의됩니다. 이 데이터는 이 테스트의 분석, 진단 및 임상적 유용성과 비용 효율성을 추가로 조사하는 데 사용됩니다.
rWGS 방법은 계속 개선되고 있으며 소아 게놈 의학은 매우 새로운 의료 행위 분야입니다. 이 연구는 또한 전통적인 의학적 결과와 환자 중심 결과 측면에서 모범 사례에 대해 연구자에게 알릴 것입니다. 결과적으로, 이 연구는 또한 연구자들 사이에서 게놈 및 표현형 데이터를 공유하는 능력이 소아 게놈 의학의 초기 분야에 대한 우리의 이해를 발전시키는 데 중요하기 때문에 샘플 및 데이터를 위한 생물 저장소 역할을 할 것입니다.
특정 목표:
- 유전적 질환이 있을 수 있는 급성 소아 환자 및 그 가족(Phenome)으로부터 생물학적 샘플 및 관련 임상 데이터를 수집합니다.
- 생물학적 샘플에서 게놈 데이터를 생성, 분석 및 저장합니다. 게놈 데이터에는 게놈(gDNA) 서열, RNA 서열 및/또는 기타 관련 '오믹 데이터(약물유전체학, 전사체학 및 후성유전체학을 포함하되 이에 국한되지 않음)가 포함됩니다. rWGS의 게놈 데이터에는 SNV(single nucleotide call), 카피 수 테스트, 게놈 재배열, 유전자 발현과 같은 구조적 변이, "전체 전사체" 또는 특정 유전자 또는 유전자의 모든 엑손의 보다 제한된 DNA 시퀀싱 패널(" 엑솜").
- 표준 임상 유전자 검사와 비교하여 여러 사이트에서 등록한 급성 질환 인구에서 rWGS에 의한 유전 질환의 진단율을 평가합니다.
- 환자의 치료 및 관리에서 신속한 유전자 진단의 임상적 유용성을 평가합니다.
- 여러 현장에서 이 신속한 테스트의 건강 경제성 및 비용 효율성을 조사합니다.
- 소아 질병 및 잠재적 치료 반응과 관련된 이해 및 테스트 능력을 향상시키기 위해 유전체학 기술 및 소프트웨어를 조사하고 개선합니다.
- 자격을 갖춘 연구원과 협력자가 표본과 데이터를 사용할 수 있도록 하여 희귀 아동 질병 및 치료 반응에 대한 이해를 심화합니다.
- 다양한 인구 및 임상 프레젠테이션에서 게놈 데이터를 수집하고 연관시킵니다.
- 후속 IRB 승인과 함께 게놈 기반 연구 연구를 위한 균일한 동의, 수집 방법, 저장을 통해 샘플 및 데이터 수집을 제공합니다.
- 새로운 연구 기술을 사용하여 임상적으로 확인된 게놈 진단 및 치료 지침을 분석하고 보고합니다.
- 새로운 유전자 및 질병 과정을 식별하고 연구합니다.
연구 유형
중재적
등록 (예상)
100000
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 장소
-
-
California
-
San Diego, California, 미국, 92123
- Rady Children's Institute for Genomic Medicine
-
-
참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
연구 대상 성별
모두
설명
포함 기준:
- 리포지토리는 증상이 있는 환자, (증상이 있거나 무증상인) 생물학적 가족 구성원으로 보고된 개인 및 대조군 개인의 샘플로 구성됩니다. 이러한 맥락에서 "증상이 있는 환자"는 그의 치료 의사가 유전적 장애에 잠재적으로 기인할 수 있는 질병의 표현형 특징 및/또는 징후를 식별한 환자로 특징지어집니다("영향" 또는 "촉진"이라고도 함). 이 Biorepository 연구에는 연령, 성별, 인종 또는 건강 제한이 없습니다. 다만, 본 연구는 소아병원에서 실시할 예정이며, 생후 4개월 미만의 소아에서 유전적 질환이 나타날 가능성이 높기 때문에 우선적으로 등록할 가능성이 높다. 또한 급성 질환을 앓고 있고, 유전적 상태가 의심되며, 진단 결과 임상 관리가 변경될 수 있는 사람에게 우선권이 주어집니다.
제외 기준:
- 연구에 동의하지 않는 참가자는 제외됩니다.
환자의 임상 양상을 설명하는 이전 진단이 있는 경우, 의뢰 시점에 다른 전통적인 임상 유전자 검사가 더 적절한 경우, 의뢰 시점에 임상 양상이 유전적 병인을 시사하기에 불충분한 경우, 환자는 자격이 없는 것으로 결정될 수 있습니다. 부모가 참여를 허가할 수 없거나 제공할 의사가 없는 경우, 아동 보호 서비스가 사건에 관련되어 있는 경우, 아동의 생명이 즉각적인 위험에 처해 있고 연구가 아동의 건강이나 복지에 중요한 직접적인 이익의 전망을 제시하지 않는 경우 의학적 결정에 대해 법적으로 책임이 있는 당사자로부터 허가를 받는 경우 연구의 맥락에서만 사용할 수 있습니다.
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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실험적: 등록자
소아 게놈 생물 저장소에 대한 샘플 및 데이터를 수집하기 위한 건강하고 영향을 받는 피험자의 등록.
데이터에는 게놈 시퀀싱 및 그에 따른 분자 진단 결과(있는 경우)가 포함됩니다.
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샘플은 소아 게놈 생체 저장소에 저장됩니다.
샘플의 하위 집합은 유전자/게놈 분석을 받게 됩니다.
다른 이름들:
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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연간 등록된 샘플 수
기간: 연구 완료를 통해 매년 40년으로 추정됩니다.
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소아 인구의 게놈/정밀 의학 사용을 위한 생물 저장소 구축.
이를 통해 희귀 유전 질환, 선별 방법, 진단 방법, 기타 "omics" 및 가능한 치료를 위한 벤치 연구를 연구하는 데 사용할 수 있는 샘플을 만들 수 있습니다.
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연구 완료를 통해 매년 40년으로 추정됩니다.
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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분자 진단을 받는 데 걸리는 시간
기간: 등록일부터 문서화된 임상 실험실 진단 날짜 또는 모든 원인으로 인한 사망 날짜 중 먼저 도래한 날짜까지 최대 10년으로 평가됩니다.
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등록일부터 문서화된 임상 실험실 진단 날짜 또는 모든 원인으로 인한 사망 날짜 중 먼저 도래한 날짜까지 최대 10년으로 평가됩니다.
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분자 진단을 받는 어린이의 비율
기간: 연구 완료를 통해 40년으로 추정됩니다.
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최첨단 기술을 활용하여 희귀 유전 질환의 진단 속도와 진단 시간을 모두 개선합니다.
증상 중심의 결과 반환 및 임상적 유용성 분석.
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연구 완료를 통해 40년으로 추정됩니다.
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인간 표현형 온톨로지(HPO) 용어가 분자 진단을 정확하게 예측하는 아동의 비율
기간: 연구 완료를 통해 40년으로 추정됩니다.
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연구 완료를 통해 40년으로 추정됩니다.
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게놈 시퀀싱의 피험자의 주요 제공자의 인지된 임상적 유용성
기간: 결과 반환 후 1개월 이내.
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환자의 서비스 제공자가 완료한 "임상의 평가" 척도에 기반한 시퀀싱의 인지된 유용성/이점.
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결과 반환 후 1개월 이내.
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싱글톤 분석과 트리오 분석 간의 진단율 비교
기간: 등록 후 30일 이내.
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생물학적 부모가 모두 있는 경우 단일 및 트리오 수준의 분석 후 의료 기록에 게시된 임상적으로 확인된 진단 수를 기준으로 단일 분석보다 진단 수율이 약간 증가합니다.
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등록 후 30일 이내.
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
수사관
- 수석 연구원: David Dimmock, MD, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
- 연구 책임자: Stephen Kingsmore, Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
- Owen MJ, Niemi AK, Dimmock DP, Speziale M, Nespeca M, Chau KK, Van Der Kraan L, Wright MS, Hansen C, Veeraraghavan N, Ding Y, Lenberg J, Chowdhury S, Hobbs CA, Batalov S, Zhu Z, Nahas SA, Gilmer S, Knight G, Lefebvre S, Reynders J, Defay T, Weir J, Thomson VS, Fraser L, Lajoie BR, McPhail TK, Mehtalia SS, Kunard CM, Hall KP, Kingsmore SF. Rapid Sequencing-Based Diagnosis of Thiamine Metabolism Dysfunction Syndrome. N Engl J Med. 2021 Jun 3;384(22):2159-2161. doi: 10.1056/NEJMc2100365. No abstract available.
- Friedman J, Bird LM, Haas R, Robbins SL, Nahas SA, Dimmock DP, Yousefzadeh MJ, Witt MA, Niedernhofer LJ, Chowdhury S. Ending a diagnostic odyssey: Moving from exome to genome to identify cockayne syndrome. Mol Genet Genomic Med. 2021 Jul;9(7):e1623. doi: 10.1002/mgg3.1623. Epub 2021 Jun 2.
- Rossignol F, Duarte Moreno MS, Benoist JF, Boehm M, Bourrat E, Cano A, Chabrol B, Cosson C, Diaz JLD, D'Harlingue A, Dimmock D, Freeman AF, Garcia MT, Garganta C, Goerge T, Halbach SS, de Laffolie J, Lam CT, Martin L, Martins E, Meinhardt A, Melki I, Ombrello AK, Perez N, Quelhas D, Scott A, Slavotinek AM, Soares AR, Stein SL, Sussmuth K, Thies J, Ferreira CR, Schiff M. Quantitative analysis of the natural history of prolidase deficiency: description of 17 families and systematic review of published cases. Genet Med. 2021 Sep;23(9):1604-1615. doi: 10.1038/s41436-021-01200-2. Epub 2021 May 26.
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- Rusert JM, Juarez EF, Brabetz S, Jensen J, Garancher A, Chau LQ, Tacheva-Grigorova SK, Wahab S, Udaka YT, Finlay D, Seker-Cin H, Reardon B, Grobner S, Serrano J, Ecker J, Qi L, Kogiso M, Du Y, Baxter PA, Henderson JJ, Berens ME, Vuori K, Milde T, Cho YJ, Li XN, Olson JM, Reyes I, Snuderl M, Wong TC, Dimmock DP, Nahas SA, Malicki D, Crawford JR, Levy ML, Van Allen EM, Pfister SM, Tamayo P, Kool M, Mesirov JP, Wechsler-Reya RJ. Functional Precision Medicine Identifies New Therapeutic Candidates for Medulloblastoma. Cancer Res. 2020 Dec 1;80(23):5393-5407. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-1655. Epub 2020 Oct 12.
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- Clark MM, Hildreth A, Batalov S, Ding Y, Chowdhury S, Watkins K, Ellsworth K, Camp B, Kint CI, Yacoubian C, Farnaes L, Bainbridge MN, Beebe C, Braun JJA, Bray M, Carroll J, Cakici JA, Caylor SA, Clarke C, Creed MP, Friedman J, Frith A, Gain R, Gaughran M, George S, Gilmer S, Gleeson J, Gore J, Grunenwald H, Hovey RL, Janes ML, Lin K, McDonagh PD, McBride K, Mulrooney P, Nahas S, Oh D, Oriol A, Puckett L, Rady Z, Reese MG, Ryu J, Salz L, Sanford E, Stewart L, Sweeney N, Tokita M, Van Der Kraan L, White S, Wigby K, Williams B, Wong T, Wright MS, Yamada C, Schols P, Reynders J, Hall K, Dimmock D, Veeraraghavan N, Defay T, Kingsmore SF. Diagnosis of genetic diseases in seriously ill children by rapid whole-genome sequencing and automated phenotyping and interpretation. Sci Transl Med. 2019 Apr 24;11(489):eaat6177. doi: 10.1126/scitranslmed.aat6177.
- Kingsmore SF, Ramchandar N, James K, Niemi AK, Feigenbaum A, Ding Y, Benson W, Hobbs C, Nahas S, Chowdhury S, Dimmock D. Mortality in a neonate with molybdenum cofactor deficiency illustrates the need for a comprehensive rapid precision medicine system. Cold Spring Harb Mol Case Stud. 2020 Feb 3;6(1):a004705. doi: 10.1101/mcs.a004705. Print 2020 Feb.
- Friedman J, Smith DE, Issa MY, Stanley V, Wang R, Mendes MI, Wright MS, Wigby K, Hildreth A, Crawford JR, Koehler AE, Chowdhury S, Nahas S, Zhai L, Xu Z, Lo WS, James KN, Musaev D, Accogli A, Guerrero K, Tran LT, Omar TEI, Ben-Omran T, Dimmock D, Kingsmore SF, Salomons GS, Zaki MS, Bernard G, Gleeson JG. Biallelic mutations in valyl-tRNA synthetase gene VARS are associated with a progressive neurodevelopmental epileptic encephalopathy. Nat Commun. 2019 Feb 12;10(1):707. doi: 10.1038/s41467-018-07067-3.
연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2017년 8월 29일
기본 완료 (예상)
2050년 12월 31일
연구 완료 (예상)
2050년 12월 31일
연구 등록 날짜
최초 제출
2017년 12월 13일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2017년 12월 27일
처음 게시됨 (실제)
2017년 12월 29일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2021년 12월 23일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2021년 12월 7일
마지막으로 확인됨
2021년 12월 1일
추가 정보
이 정보는 변경 없이 clinicaltrials.gov 웹사이트에서 직접 가져온 것입니다. 귀하의 연구 세부 정보를 변경, 제거 또는 업데이트하도록 요청하는 경우 register@clinicaltrials.gov. 문의하십시오. 변경 사항이 clinicaltrials.gov에 구현되는 즉시 저희 웹사이트에도 자동으로 업데이트됩니다. .