Studio di sequenziamento rapido dell'intero genoma (rWGS)

Il Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) è una nuova tecnologia in grado di fornire diagnosi basate sui sintomi delle malattie genetiche ad esordio infantile in appena 26 ore. Gli investigatori dell'RCIGM hanno dimostrato che rWGS ha tassi diagnostici più elevati rispetto ai tradizionali test molecolari nei neonati con malattie acute sospettate di una diagnosi genetica, con tassi diagnostici fino al 57%. Allo stesso modo, nella popolazione infantile, i ricercatori RCIGM hanno dimostrato che queste diagnosi sono utili per dirigere l'assistenza clinica, con fino al 70% dei bambini che ricevono una diagnosi che hanno un successivo cambiamento nella gestione. In alcuni casi, una diagnosi tempestiva si traduce in trattamenti salvavita. I ricercatori di RCIGM hanno dimostrato che fino al 25% dei bambini che ricevono una diagnosi hanno un successivo cambiamento nella gestione che previene la morbilità. Sono necessari più dati per determinare se questi risultati si trovano in altre istituzioni, tra altri gruppi etnici e razziali, e in un numero maggiore di pazienti. Sono necessari ulteriori dati per esaminare l'utilità clinica acuta ea lungo termine di tali test, sia nei neonati che nei bambini più grandi, nonché per determinare il rapporto costo-efficacia di questi test per altre istituzioni. Pertanto, questo studio sarà una collaborazione di più siti per condividere dati ed esperienze di rWGS con la comunità scientifica, nonché le amministrazioni ospedaliere, le compagnie assicurative e altre parti interessate chiave che potrebbero essere interessate a promuovere rWGS come test clinico di prima linea in il futuro.

Lo studio fornirà risultati clinici confermati dal laboratorio relativi ai sintomi del paziente affetto, inclusi risultati incidentali facoltativi a meno che i soggetti non decidano di rinunciare a questi risultati aggiuntivi, per consentire l'utilizzo di questi risultati della ricerca nell'assistenza clinica. Inoltre, questo studio aggregherà i dati relativi ai test genetici clinici standard da più siti, nonché le misure dei costi non solo per identificare le differenze nei tassi diagnostici, l'accuratezza diagnostica e i tempi delle diagnosi, ma anche per determinare il rapporto costo-efficacia di questo test e le successive modifiche nella gestione delle cure. L'utilità clinica sarà definita come i cambiamenti nelle cure che seguono direttamente dai risultati dei test genetici (sia positivi che negativi), compresi i test clinici standard e rWGS. Questi dati verranno utilizzati per esaminare ulteriormente l'utilità analitica, diagnostica e clinica e l'efficacia in termini di costi di questo test.

I metodi rWGS continuano a migliorare e la medicina genomica pediatrica è un campo molto nuovo della pratica medica. Questo studio informerà anche gli investigatori sulle migliori pratiche, sia in termini di risultati medici tradizionali che di risultati incentrati sul paziente. Di conseguenza, questo studio fungerà anche da biorepository per campioni e dati poiché la capacità di condividere dati genomici e fenotipici tra i ricercatori è fondamentale per far progredire la nostra comprensione del campo nascente della medicina genomica pediatrica.

Obiettivi specifici:

1. Raccogliere campioni biologici e dati clinici associati da pazienti pediatrici in fase acuta che possono avere una malattia genetica e dai loro familiari (Phenome).
2. Creare, analizzare e archiviare i dati genomici dai campioni biologici. I dati genomici includeranno sequenze genomiche (gDNA), sequenze di RNA e/o altri dati 'omici correlati (inclusi, ma non limitati a, farmacogenomica, trascrittomica ed epigenomica). I dati genomici da rWGS includeranno le chiamate a singolo nucleotide (SNV), le varianti strutturali come il test del numero di copie, i riarrangiamenti genomici, l'espressione genica, il "trascrittoma intero" o pannelli di sequenziamento del DNA più limitati di geni specifici o di tutti gli esoni dei geni (il " Esoma").
3. Valutare il tasso di diagnosi di malattie genetiche mediante rWGS in una popolazione gravemente malata che si iscrive da più siti con confronti con test genetici clinici standard.
4. Valutare l'utilità clinica delle diagnosi genetiche rapide nella cura e nella gestione dei pazienti.
5. Per esaminare l'economia sanitaria e l'efficacia in termini di costi di questi test rapidi in molti siti.
6. Indagare e migliorare le tecnologie e il software di genomica per migliorare la comprensione e testare le capacità relative alle malattie infantili e alle potenziali risposte terapeutiche.
7. Rendere disponibili campioni e dati a ricercatori e collaboratori qualificati per approfondire la comprensione delle malattie infantili rare e le risposte terapeutiche.
8. Raccogliere e correlare dati genomici da un'ampia varietà di popolazioni e presentazioni cliniche.
9. Fornire raccolte di campioni e dati con consenso uniforme, metodi di acquisizione, archiviazione per studi di ricerca basati sul genoma con successive approvazioni IRB.
10. Analizzare e segnalare diagnosi genomiche confermate clinicamente e indicazioni terapeutiche attraverso l'uso di nuove tecnologie di ricerca.
11. Identificare e studiare nuovi geni e processi patologici.