Rapid Whole Genome Sequencing Study (rWGS)

Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) är en ny teknik som kan leverera symtomdrivna diagnoser av genetiska sjukdomar som debuterar i barndomen på så lite som 26 timmar. Utredare vid RCIGM har visat att rWGS har högre diagnostiska frekvenser än traditionella molekylära tester hos akut sjuka spädbarn som misstänks för en genetisk diagnos, med diagnostiska frekvenser upp till 57%. På liknande sätt, i spädbarnspopulationen, har RCIGM-forskare visat att dessa diagnoser är användbara för att styra klinisk vård, med upp till 70 % av spädbarn som får en diagnos som har en efterföljande förändring i hanteringen. I vissa fall resulterar en snabb diagnos i behandlingar som är livräddande. RCIGM-utredare har visat att upp till 25 % av spädbarn som får en diagnos har en efterföljande förändring i hanteringen som förhindrar sjuklighet. Mer data behövs för att avgöra om dessa resultat finns på andra institutioner, bland andra etniska grupper och rasgrupper, och hos ett större antal patienter. Mer data behövs för att undersöka den akuta och långsiktiga kliniska användbarheten av sådana tester, både hos nyfödda och äldre barn, samt för att fastställa kostnadseffektiviteten av denna testning för andra institutioner. Som sådan kommer denna studie att vara ett samarbete mellan flera platser för att dela data och erfarenheter av rWGS med forskarvärlden såväl som sjukhusadministrationer, försäkringsbolag och andra nyckelintressenter som kan vara intresserade av att marknadsföra rWGS som ett första linjens kliniskt test i framtiden.

Studien kommer att ge kliniska laboratoriebekräftade resultat relaterade till den drabbade patientens symtom, inklusive valfria tillfälliga fynd om inte försökspersoner väljer bort dessa ytterligare resultat, för att dessa forskningsresultat ska kunna användas i klinisk vård. Dessutom kommer denna studie att samla data om vanliga kliniska genetiska tester från flera platser såväl som kostnadsmått för att inte bara identifiera skillnader i diagnostiska hastigheter, diagnostisk noggrannhet och tider till diagnoser, utan för att fastställa kostnadseffektiviteten för denna testning och efterföljande förändringar inom vårdledning. Klinisk nytta kommer att definieras som förändringar i vården som följer direkt av resultat av genetiska tester (både positiva och negativa), inklusive kliniska standardtester och rWGS. Dessa data kommer att användas för att ytterligare undersöka den analytiska, diagnostiska och kliniska användbarheten och kostnadseffektiviteten av detta test.

rWGS-metoderna fortsätter att förbättras, och pediatrisk genomisk medicin är ett mycket nytt medicinskt område. Denna studie kommer också att informera utredarna om bästa praxis, både när det gäller traditionella medicinska resultat och patientcentrerade resultat. Följaktligen kommer denna studie också att fungera som ett biolager för prover och data eftersom förmågan att dela genomisk och fenotypisk data mellan forskare är avgörande för att utveckla vår förståelse av det begynnande området för pediatrisk genomisk medicin.

Specifika mål:

1. Att samla in biologiska prover och tillhörande kliniska data från akut sjuka pediatriska patienter som kan ha en genetisk sjukdom och deras familjemedlemmar (Phenome).
2. Att skapa, analysera och lagra genomisk data från de biologiska proverna. Genomiska data kommer att inkludera genomiska (gDNA)-sekvenser, RNA-sekvenser och/eller andra relaterade omiska data (inklusive, men inte begränsat till, farmakogenomik, transkriptomik och epigenomik). Genomdata från rWGS kommer att inkludera enkla nukleotidanrop (SNVs), strukturella varianter som kopienummertestning, genomiska omarrangemang, genuttryck, "hela transkriptomet" eller mer begränsade DNA-sekvenseringspaneler av specifika gener eller av alla exoner av gener (den " Exome").
3. Att utvärdera diagnosfrekvensen för genetiska sjukdomar av rWGS i en akut sjuk befolkning som registrerar sig från flera platser med jämförelser med vanliga kliniska genetiska tester.
4. Att bedöma den kliniska nyttan av snabba genetiska diagnoser vid vård och behandling av patienter.
5. För att undersöka hälsoekonomin och kostnadseffektiviteten för dessa snabba tester på många platser.
6. Att undersöka och förbättra genomikteknologier och mjukvara för att förbättra förståelsen och testa förmågor relaterade till barnsjukdomar och potentiella behandlingssvar.
7. Att göra prover och data tillgängliga för kvalificerade forskare och medarbetare för att främja förståelsen av sällsynta barnsjukdomar och behandlingssvar.
8. Att samla in och korrelera genomisk data från en mängd olika populationer och kliniska presentationer.
9. Att tillhandahålla prov- och datainsamlingar med enhetligt samtycke, metoder för förvärv, lagring för genombaserade forskningsstudier med efterföljande IRB-godkännanden.
10. Att analysera och rapportera kliniskt bekräftade genomiska diagnoser och behandlingsvägledning genom användning av ny forskningsteknologi.
11. Att identifiera och studera nya gen- och sjukdomsprocesser.