Rapid Whole Genome Sequencing Study (rWGS)

Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) er en ny teknologi som er i stand til å levere symptomdrevne diagnoser av genetiske sykdommer som oppstår i barndommen på så lite som 26 timer. Etterforskere ved RCIGM har vist at rWGS har høyere diagnostiske frekvenser enn tradisjonell molekylær testing hos akutt syke spedbarn mistenkt for en genetisk diagnose, med diagnostiske frekvenser på opptil 57 %. Tilsvarende har RCIGM-forskere i spedbarnspopulasjonen vist at disse diagnosene er nyttige for å styre klinisk behandling, med opptil 70 % av spedbarn som får en diagnose som har endret ledelsen. I noen tilfeller resulterer en rettidig diagnose i behandlinger som er livreddende. RCIGM-etterforskere har vist at opptil 25 % av spedbarn som får en diagnose har en påfølgende endring i behandling som forhindrer sykelighet. Mer data er nødvendig for å avgjøre om disse resultatene finnes ved andre institusjoner, blant andre etniske grupper og rasegrupper, og hos et større antall pasienter. Mer data er nødvendig for å undersøke den akutte og langsiktige kliniske nytten av slik testing, både hos nyfødte og eldre barn, samt for å bestemme kostnadseffektiviteten til denne testingen for andre institusjoner. Som sådan vil denne studien være et samarbeid mellom flere nettsteder for å dele data og erfaringer fra rWGS med det vitenskapelige samfunnet så vel som sykehusadministrasjoner, forsikringsselskaper og andre nøkkelinteressenter som kan være interessert i å promotere rWGS som en førstelinjes klinisk test i fremtiden.

Studien vil gi kliniske laboratoriebekreftede resultater relatert til den berørte pasientens symptomer, inkludert valgfrie tilfeldige funn med mindre forsøkspersonene velger bort disse tilleggsresultatene, for å tillate at disse forskningsfunnene kan brukes i klinisk behandling. Videre vil denne studien samle data angående standard klinisk genetisk testing fra flere steder, så vel som kostnadsmål for ikke bare å identifisere forskjeller i diagnostiske rater, diagnostisk nøyaktighet og tid til diagnoser, men for å bestemme kostnadseffektiviteten til denne testen og påfølgende endringer i omsorgsledelse. Klinisk nytte vil bli definert som endringer i omsorg som følger direkte av resultater av genetisk testing (både positive og negative), inkludert standard kliniske tester og rWGS. Disse dataene vil bli brukt til å undersøke den analytiske, diagnostiske og kliniske nytten og kostnadseffektiviteten til denne testen.

rWGS-metoder fortsetter å forbedres, og pediatrisk genomisk medisin er et veldig nytt felt innen medisinsk praksis. Denne studien vil også informere etterforskere om beste praksis, både når det gjelder tradisjonelle medisinske utfall og pasientsentrerte utfall. Følgelig vil denne studien også fungere som et biodepot for prøver og data, da evnen til å dele genomiske og fenotypiske data blant forskere er avgjørende for å utvikle vår forståelse av det begynnende feltet av pediatrisk genomisk medisin.

Spesifikke mål:

1. Å samle biologiske prøver og tilhørende kliniske data fra akutt syke pediatriske pasienter som kan ha en genetisk sykdom og deres familiemedlemmer (fenom).
2. Å lage, analysere og lagre genomiske data fra de biologiske prøvene. Genomiske data vil inkludere genomiske (gDNA)-sekvenser, RNA-sekvenser og/eller andre relaterte omiske data (inkludert, men ikke begrenset til, farmakogenomikk, transkriptomikk og epigenomikk). Genomiske data fra rWGS vil inkludere enkeltnukleotidanrop (SNV-er), strukturelle varianter som kopinummertesting, genomiske omorganiseringer, genuttrykk, "hele transkriptomet" eller mer begrensede DNA-sekvenseringspaneler av spesifikke gener eller av alle eksoner av gener (den " Exome").
3. For å evaluere diagnosefrekvensen for genetiske sykdommer av rWGS i en akutt syk befolkning som melder seg inn fra flere steder med sammenligninger med standard klinisk genetisk testing.
4. Å vurdere den kliniske nytten av raske genetiske diagnoser i pleie og behandling av pasienter.
5. For å undersøke helseøkonomien og kostnadseffektiviteten til denne raske testingen på tvers av mange nettsteder.
6. Å undersøke og forbedre genomiske teknologier og programvare for å forbedre forståelsen og teste evner relatert til barnesykdommer og potensielle behandlingsresponser.
7. Å gjøre prøver og data tilgjengelig for kvalifiserte forskere og samarbeidspartnere for å fremme forståelsen av sjeldne barnesykdommer og behandlingsresponser.
8. Å samle inn og korrelere genomiske data fra et bredt spekter av populasjoner og kliniske presentasjoner.
9. Å gi prøve- og datasamlinger med enhetlig samtykke, metoder for anskaffelse, lagring for genombaserte forskningsstudier med påfølgende IRB-godkjenninger.
10. Å analysere og rapportere klinisk bekreftede genomiske diagnoser og behandlingsveiledning ved bruk av nye forskningsteknologier.
11. Å identifisere og studere nye gen- og sykdomsprosesser.