Snelle studie van de sequentiebepaling van het hele genoom (rWGS)

Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) is een nieuwe technologie die symptoomgestuurde diagnoses kan stellen van genetische ziekten die in de kindertijd ontstaan ​​in slechts 26 uur. Onderzoekers bij RCIGM hebben aangetoond dat rWGS hogere diagnostische percentages heeft dan traditionele moleculaire tests bij acuut zieke baby's die verdacht worden van een genetische diagnose, met diagnostische percentages tot 57%. Evenzo hebben RCIGM-onderzoekers in de babypopulatie aangetoond dat deze diagnoses nuttig zijn bij het sturen van de klinische zorg, waarbij tot 70% van de baby's die een diagnose krijgen een daaropvolgende verandering in management hebben. In sommige gevallen resulteert een tijdige diagnose in behandelingen die levensreddend zijn. RCIGM-onderzoekers hebben aangetoond dat tot 25% van de baby's die een diagnose krijgen, een daaropvolgende verandering in het management hebben die morbiditeit voorkomt. Er zijn meer gegevens nodig om te bepalen of deze resultaten worden gevonden bij andere instellingen, bij andere etnische en raciale groepen en bij grotere aantallen patiënten. Er zijn meer gegevens nodig om het acute en klinische nut van dergelijke tests op de lange termijn te onderzoeken, zowel bij pasgeborenen als bij oudere kinderen, en om de kosteneffectiviteit van deze tests voor andere instellingen te bepalen. Als zodanig zal deze studie een samenwerking zijn van meerdere sites om gegevens en ervaringen van rWGS te delen met de wetenschappelijke gemeenschap, evenals met ziekenhuisadministraties, verzekeringsmaatschappijen en andere belangrijke belanghebbenden die mogelijk geïnteresseerd zijn in het promoten van rWGS als eerstelijns klinische test in de toekomst.

De studie zal klinisch laboratoriumbevestigde resultaten opleveren met betrekking tot de symptomen van de getroffen patiënt, inclusief optionele incidentele bevindingen, tenzij proefpersonen afzien van deze aanvullende resultaten, zodat deze onderzoeksresultaten in de klinische zorg kunnen worden gebruikt. Bovendien zal deze studie gegevens verzamelen met betrekking tot standaard klinische genetische tests van meerdere locaties, evenals kostenmaatregelen om niet alleen verschillen in diagnostische tarieven, diagnostische nauwkeurigheid en tijden tot diagnoses te identificeren, maar ook om de kosteneffectiviteit van deze tests en daaropvolgende wijzigingen te bepalen. bij zorgmanagement. Klinische bruikbaarheid wordt gedefinieerd als veranderingen in de zorg die rechtstreeks volgen uit de resultaten van genetische tests (zowel positieve als negatieve), inclusief standaard klinische tests en rWGS. Deze gegevens zullen worden gebruikt om de analytische, diagnostische en klinische bruikbaarheid en kosteneffectiviteit van deze tests verder te onderzoeken.

rWGS-methoden blijven verbeteren, en pediatrische genomische geneeskunde is een heel nieuw gebied van medische praktijk. Deze studie zal onderzoekers ook informeren over best practices, zowel wat betreft traditionele medische uitkomsten als patiëntgerichte uitkomsten. Bijgevolg zal deze studie ook fungeren als een biorepository voor monsters en gegevens, aangezien het vermogen om genomische en fenotypische gegevens tussen onderzoekers te delen van cruciaal belang is om ons begrip van het ontluikende gebied van pediatrische genomische geneeskunde te vergroten.

Specifieke doelstellingen:

1. Om biologische monsters en bijbehorende klinische gegevens te verzamelen van acuut zieke pediatrische patiënten die mogelijk een genetische ziekte hebben en hun familieleden (Phenome).
2. Om genomische gegevens van de biologische monsters te creëren, analyseren en op te slaan. Genomische gegevens omvatten genomische (gDNA) sequenties, RNA-sequenties en/of andere gerelateerde 'omische gegevens' (inclusief, maar niet beperkt tot, farmacogenomica, transcriptomica en epigenomica). Genomische gegevens van rWGS omvatten single nucleotide calls (SNV's), structurele varianten zoals het testen van het aantal kopieën, genomische herschikkingen, genexpressie, het "hele transcriptoom" of meer beperkte DNA-sequencingpanelen van specifieke genen of van alle exons van genen (de " Exoom").
3. Evalueren van het diagnosepercentage van genetische ziekten door rWGS in een acuut zieke populatie die zich op meerdere locaties inschrijft, met vergelijkingen met standaard klinische genetische testen.
4. Om het klinische nut van snelle genetische diagnoses in de zorg en het beheer van patiënten te beoordelen.
5. De gezondheidseconomie en kosteneffectiviteit van deze snelle tests op veel locaties onderzoeken.
6. Genomics-technologieën en -software onderzoeken en verbeteren om het begrip en de testmogelijkheden met betrekking tot kinderziekten en mogelijke behandelingsreacties te verbeteren.
7. Specimens en gegevens beschikbaar maken voor gekwalificeerde onderzoekers en medewerkers om het begrip van zeldzame kinderziekten en behandelingsreacties te vergroten.
8. Om genomische gegevens van een grote verscheidenheid aan populaties en klinische presentaties te verzamelen en te correleren.
9. Om monster- en gegevensverzamelingen te voorzien van uniforme toestemming, verwervingsmethoden, opslag voor op genoom gebaseerde onderzoeksstudies met daaropvolgende IRB-goedkeuringen.
10. Klinisch bevestigde genomische diagnoses en behandelrichtlijnen analyseren en rapporteren door gebruik te maken van nieuwe onderzoekstechnologieën.
11. Nieuwe gen- en ziekteprocessen identificeren en bestuderen.